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- EMDB-47470: Cryo-EM structure of yeast CMG helicase stalled at G4-containing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47470
タイトルCryo-EM structure of yeast CMG helicase stalled at G4-containing DNA template, state 1
マップデータComposite Map
試料
  • 複合体: Yeast CMG-CTM G4 stall state 1
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 4種
キーワードhelicase / DNA replication / cell division / fork stalling / translocation / REPLICATION / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Unwinding of DNA / maintenance of DNA repeat elements / replication fork arrest / meiotic chromosome segregation / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding ...Unwinding of DNA / maintenance of DNA repeat elements / replication fork arrest / meiotic chromosome segregation / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication checkpoint signaling / CMG complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / replication fork protection complex / double-strand break repair via break-induced replication / single-stranded DNA helicase activity / mitotic DNA replication initiation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / DNA strand elongation involved in DNA replication / replication fork processing / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / meiotic cell cycle / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-templated DNA replication / heterochromatin formation / single-stranded DNA binding / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless, N-terminal / Timeless / Timeless protein / : / PSF3 N-terminal domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 ...Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless, N-terminal / Timeless / Timeless protein / : / PSF3 N-terminal domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / : / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / MCM3 winged helix domain / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / MCM4, winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 / Topoisomerase 1-associated factor 1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Chromosome segregation in meiosis protein 3 ...DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 / Topoisomerase 1-associated factor 1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / Cell division control protein 45 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Allwein B / Batra S / Remus D / Hite R
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM152094 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM126907 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA008748 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: G-quadruplex-stalled eukaryotic replisome structure reveals helical inchworm DNA translocation.
著者: Sahil Batra / Benjamin Allwein / Charanya Kumar / Sujan Devbhandari / Jan-Gert Brüning / Soon Bahng / Chong M Lee / Kenneth J Marians / Richard K Hite / Dirk Remus /
要旨: DNA G-quadruplexes (G4s) are non-B-form DNA secondary structures that threaten genome stability by impeding DNA replication. To elucidate how G4s induce replication fork arrest, we characterized fork ...DNA G-quadruplexes (G4s) are non-B-form DNA secondary structures that threaten genome stability by impeding DNA replication. To elucidate how G4s induce replication fork arrest, we characterized fork collisions with preformed G4s in the parental DNA using reconstituted yeast and human replisomes. We demonstrate that a single G4 in the leading strand template is sufficient to stall replisomes by arresting the CMG helicase. Cryo-electron microscopy structures of stalled yeast and human CMG complexes reveal that the folded G4 is lodged inside the central CMG channel, arresting translocation. The G4 stabilizes the CMG at distinct translocation intermediates, suggesting an unprecedented helical inchworm mechanism for DNA translocation. These findings illuminate the eukaryotic replication fork mechanism under normal and perturbed conditions.
履歴
登録2024年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47470.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47470.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 448 pix.
= 370.048 Å		0.83 Å/pix.
x 448 pix.
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x 448 pix.
= 370.048 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-0.54844624 - 1.1402695
平均 (標準偏差)0.00061609864 (±0.036529325)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 370.04797 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast CMG-CTM G4 stall state 1

全体名称: Yeast CMG-CTM G4 stall state 1
要素
  • 複合体: Yeast CMG-CTM G4 stall state 1
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
    • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 5
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF1
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein SLD5
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 45
    • DNA: Leading strand DNA template
    • DNA: Lagging strand DNA template
    • タンパク質・ペプチド: Topoisomerase 1-associated factor 1
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome segregation in meiosis protein 3
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: Yeast CMG-CTM G4 stall state 1

超分子名称: Yeast CMG-CTM G4 stall state 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
詳細: Yeast CMG stalled at G4-containing DNA substrate, state1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 692.02 KDa

+
分子 #1: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 98.911539 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSDNRRRRRE EDDSDSENEL PPSSPQQHFR GGMNPVSSPI GSPDMINPEG DDNEVDDVPD IDEVEEQMNE VDLMDDNMYE DYAADHNRD RYDPDQVDDR EQQELSLSER RRIDAQLNER DRLLRNVAYI DDEDEEQEGA AQLDEMGLPV QRRRRRRQYE D LENSDDDL ...文字列:
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UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM2

+
分子 #2: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 107.653508 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MEGSTGFDGD ATTFFAPDAV FGDRVRRFQE FLDTFTSYRD SVRSIQVYNS NNAANYNDDQ DDADERDLLG DDDGDDLEKE KKAASSTSL NILPHRIIIS LDDLREFDRS FWSGILVEPA YFIPPAEKAL TDLADSMDDV PHPNASAVSS RHPWKLSFKG S FGAHALSP ...文字列:
MEGSTGFDGD ATTFFAPDAV FGDRVRRFQE FLDTFTSYRD SVRSIQVYNS NNAANYNDDQ DDADERDLLG DDDGDDLEKE KKAASSTSL NILPHRIIIS LDDLREFDRS FWSGILVEPA YFIPPAEKAL TDLADSMDDV PHPNASAVSS RHPWKLSFKG S FGAHALSP RTLTAQHLNK LVSVEGIVTK TSLVRPKLIR SVHYAAKTGR FHYRDYTDAT TTLTTRIPTP AIYPTEDTEG NK LTTEYGY STFIDHQRIT VQEMPEMAPA GQLPRSIDVI LDDDLVDKTK PGDRVNVVGV FKSLGAGGMN QSNSNTLIGF KTL ILGNTV YPLHARSTGV AARQMLTDFD IRNINKLSKK KDIFDILSQS LAPSIYGHDH IKKAILLMLM GGVEKNLENG SHLR GDINI LMVGDPSTAK SQLLRFVLNT ASLAIATTGR GSSGVGLTAA VTTDRETGER RLEAGAMVLA DRGVVCIDEF DKMTD VDRV AIHEVMEQQT VTIAKAGIHT TLNARCSVIA AANPVFGQYD VNRDPHQNIA LPDSLLSRFD LLFVVTDDIN EIRDRS ISE HVLRTHRYLP PGYLEGEPVR ERLNLSLAVG EDADINPEEH SNSGAGVENE GEDDEDHVFE KFNPLLQAGA KLAKNKG NY NGTEIPKLVT IPFLRKYVQY AKERVIPQLT QEAINVIVKN YTDLRNDDNT KKSPITARTL ETLIRLATAH AKVRLSKT V NKVDAKVAAN LLRFALLGED IGNDIDEEES EYEEALSKRS PQKSPKKRQR VRQPASNSGS PIKSTPRRST ASSVNATPS SARRILRFQD DEQNAGEDDN DIMSPLPADE EAELQRRLQL GLRVSPRRRE HLHAPEEGSS GPLTEVGTPR LPNVSSAGQD DEQQQSVIS FDNVEPGTIS TGRLSLISGI IARLMQTEIF EEESYPVASL FERINEELPE EEKFSAQEYL AGLKIMSDRN N LMVADDKV WRV

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM3

+
分子 #3: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 105.138375 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSQQSSSPTK EDNNSSSPVV PNPDSVPPQL SSPALFYSSS SSQGDIYGRN NSQNLSQGEG NIRAAIGSSP LNFPSSSQRQ NSDVFQSQG RQGRIRSSAS ASGRSRYHSD LRSDRALPTS SSSLGRNGQN RVHMRRNDIH TSDLSSPRRI VDFDTRSGVN T LDTSSSSA ...文字列:
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UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM4

+
分子 #4: Minichromosome maintenance protein 5

分子名称: Minichromosome maintenance protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 86.505734 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSFDRPEIYS APVLQGESPN DDDNTEIIKS FKNFILEFRL DSQFIYRDQL RNNILVKNYS LTVNMEHLIG YNEDIYKKLS DEPSDIIPL FETAITQVAK RISILSRAQS ANNNDKDPEN TSMDTDSLLL NSLPTFQLIL NSNANQIPLR DLDSEHVSKI V RLSGIIIS ...文字列:
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UniProtKB: Minichromosome maintenance protein 5

+
分子 #5: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 113.110211 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSSPFPADTP SSNRPSNSSP PPSSIGAGFG SSSGLDSQIG SRLHFPSSSQ PHVSNSQTGP FVNDSTQFSS QRLQTDGSAT NDMEGNEPA RSFKSRALNH VKKVDDVTGE KVREAFEQFL EDFSVQSTDT GEVEKVYRAQ IEFMKIYDLN TIYIDYQHLS M RENGALAM ...文字列:
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UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM6

+
分子 #6: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 95.049875 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
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UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM7

+
分子 #7: DNA replication complex GINS protein PSF1

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 24.230576 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
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UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF1

+
分子 #8: DNA replication complex GINS protein PSF2

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 25.096807 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
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UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF2

+
分子 #9: DNA replication complex GINS protein PSF3

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 24.437859 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMGYYDID DVLADGTEFP CKFQYDIPGL GYLENNPGRP ITKNTKLSLP LWLARILAIV GGDEALVDE EPVPFVELLP PDMFSTKVMN AIKTDPVALD LHSINSHFFS LAIKWIMLFS EKELANVVSE LLLQRAQELN H HASSLSID ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMGYYDID DVLADGTEFP CKFQYDIPGL GYLENNPGRP ITKNTKLSLP LWLARILAIV GGDEALVDE EPVPFVELLP PDMFSTKVMN AIKTDPVALD LHSINSHFFS LAIKWIMLFS EKELANVVSE LLLQRAQELN H HASSLSID LNADSTGKNS ANTNIATSTF LLKLEEMEKE IYKKSHESYK DTKRWMFKK

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF3

+
分子 #10: DNA replication complex GINS protein SLD5

分子名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 33.983617 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MDINIDDILA ELDKETTAVD STKITQGSSS TTHRDANTIV GSSLDLNDKT QIYVSPQQDF SDLMKSWKNE RCSPELLPYP HQLMKRLLN RISMQSQLIE NISMGFLDMQ NASNANPPMP NESKLPLLCM ETELERLKFV IRSYIRCRLS KIDKFSLYLR Q LNEDENSL ...文字列:
MDINIDDILA ELDKETTAVD STKITQGSSS TTHRDANTIV GSSLDLNDKT QIYVSPQQDF SDLMKSWKNE RCSPELLPYP HQLMKRLLN RISMQSQLIE NISMGFLDMQ NASNANPPMP NESKLPLLCM ETELERLKFV IRSYIRCRLS KIDKFSLYLR Q LNEDENSL ISLTDLLSKD EIKYHDTHSL IWLKLVNDSI LKYMPEELQA INDTEGSVNM IDEPDWNKFV FIHVNGPPDG KW NEDPLLQ ENEFGKPCYT VTIPDLKEEV ELTIGSIYVM RYEVIRDLLR DDKVALI

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein SLD5

+
分子 #11: Cell division control protein 45

分子名称: Cell division control protein 45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 74.324836 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MYYGISQFSE AYNKILRNSS SHSSCQLVIF VSCLNIDALC ATKMLSLLFK KQLVQSQIVP IFGYSELRRH YSQLDDNINS LLLVGFGGV IDLEAFLEID PQEYVIDTDE KSGEQSFRRD IYVLDAHRPW NLDNIFGSQI IQCFDDGTVD DTLGEQKEAY Y KLLELDEE ...文字列:
MYYGISQFSE AYNKILRNSS SHSSCQLVIF VSCLNIDALC ATKMLSLLFK KQLVQSQIVP IFGYSELRRH YSQLDDNINS LLLVGFGGV IDLEAFLEID PQEYVIDTDE KSGEQSFRRD IYVLDAHRPW NLDNIFGSQI IQCFDDGTVD DTLGEQKEAY Y KLLELDEE SGDDELSGDE NDNNGGDDEA TDADEVTDED EEDEDETISN KRGNSSIGPN DLSKRKQRKK QIHEYEGVLE EY YSQGTTV VNSISAQIYS LLSAIGETNL SNLWLNILGT TSLDIAYAQV YNRLYPLLQD EVKRLTPSSR NSVKTPDTLT LNI QPDYYL FLLRHSSLYD SFYYSNYVNA KLSLWNENGK KRLHKMFARM GIPLSTAQET WLYMDHSIKR ELGIIFDKNL DRYG LQDII RDGFVRTLGY RGSISASEFV EALTALLEVG NSTDKDSVKI NNDNNDDTDG EEEEDNSAQK LTNLRKRWVS NFWLS WDAL DDRKVELLNR GIQLAQDLQR AIFNTGVAIL EKKLIKHLRI YRLCVLQDGP DLDLYRNPLT LLRLGNWLIE CCAESE DKQ LLPMVLASID ENTDTYLVAG LTPRYPRGLD TIHTKKPILN NFSMAFQQIT AETDAKVRID NFESSIIEIR REDLSPF LE KLTLSGLL

UniProtKB: Cell division control protein 45

+
分子 #14: Topoisomerase 1-associated factor 1

分子名称: Topoisomerase 1-associated factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 141.296875 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSADLQQGTT NAADFSLTVL RARIALLATA IGGPDYTSQI DPPPYKLGDD CLACLKDLKR WFKLVDDQQK RWDVAMAVAE YRILTDDLL PILIDWENKC SLAAKLAKNN PDHEEFRNKA YYDKIALNCL QLLVLMTWPL IVTEQSSSNQ ITLYGELKKH Q LVYKKTIL ...文字列:
MSADLQQGTT NAADFSLTVL RARIALLATA IGGPDYTSQI DPPPYKLGDD CLACLKDLKR WFKLVDDQQK RWDVAMAVAE YRILTDDLL PILIDWENKC SLAAKLAKNN PDHEEFRNKA YYDKIALNCL QLLVLMTWPL IVTEQSSSNQ ITLYGELKKH Q LVYKKTIL SMESGKVLRA AIRLALDVIK IDRLSRTPRD NMVLKLVLNF FRNVIAIEPG EFTINTKKSM PKKGITSIDT LP PNVSMDD ISLNTVISSF HKNKVFGFLL TLTSSLSKEF DQDFINIPLL EIMFYFTKDV NQELLFPRQF ETGTHSKVVN KNE SSSANN IVTSAGFELS KLLQKEHQMR KNVIKHTSAR HSRFGGLLSI QTPDKTRLTV SGSQALVDEK IALQKLDDSK KWNK RIIKK HQSVAAEGLP NSLLNSQTGK AIFFTESNGK HFKEFINNFI DSGFNILLHS VTNYFTTEQD RMVTLEQVEY LLFFA WFVK YQLLRSKIDN SADIKQVSEA LKEVTFILVS SLLRSAYDLK NWTVTHAGMI AFNELLNLVS RTKAAQEEDS TDIEFI VSR LFSDERIQLL SNLPKIGSKY SLQFMKSCIE LTHSVLKVLE QYSDDKTLVI EGKSRRQKKF NISEGDITKL IEEENVD RD EALDILTSSL RSIEVNFQKV QANYMTEPVI ETYINFLERF RELEDDSIKK VFSFFHRVFV QAKEQALLFR FDLIILLR E MLSPDGLDRM SRSRKYVSQF SDYFLARLKK RLKKSPAWFV GLLFPPLHNS EVGFYQRYGE YNVLNNESMY AAPASQFKP IPDEEALPPS ILLDMKYGVL VSTLLDDGKT ELLDQLLKHI THTLDIFKSW LTVNVNAGKE TVNPPNEYFT LTGVLNNDPI FKDKDYRAL LLLIGYSIPR KINEPCFLPG TVEVSDLTVS CELVKKYLST PFETPNGLPS SSYLLRVRSE KDSFSHNEQD G WEGDDDYD YNDPYIVPDD QILSKSDAAY FKDLDNNASD KLKGTKFSKG IARSKKKDKR KRRKGEAKTN LPMFGDQDDE RP QTVRERH GVFSKEFISD SEDDEDLMNP IFFENETYMR WLLDKNNGQL TEDRYIQFAK FAAERMNNGG VVTGDYTSLF GGS IPSIES IRATESSSFA PDKSLISLAS HVASEMSIFD VNNNNNNQLS DDDVNSESRN SLGSSQPSNS QNMFQSEVYS RKES TKRSL EASAADESDE DEEAIRLFGK KSRVVLSQGD SDD

UniProtKB: Topoisomerase 1-associated factor 1

+
分子 #15: Chromosome segregation in meiosis protein 3

分子名称: Chromosome segregation in meiosis protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 10.939873 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列:
RRPQVKLTAE KLLSDKGLPY VLKNAHKRIR ISSKKNSYDN LSNIIQFYQL WAHELFPKAK FKDFMKICQT VGKTDPVLRE YRVSLFRDE MGM

UniProtKB: Chromosome segregation in meiosis protein 3

+
分子 #12: Leading strand DNA template

分子名称: Leading strand DNA template / タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.060594 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG) (DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG) (DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT) (DT) (DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)

+
分子 #13: Lagging strand DNA template

分子名称: Lagging strand DNA template / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.425189 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC) (DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DA)

+
分子 #16: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #17: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #18: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #19: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 5 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H17KN2O4SHEPES-KOH
100.0 mMCH3CO2KPotassium acetate
10.0 mMMg(CH3COO)2Magnesium acetate
2.5 mMC4H10O2S2DTT
0.02 %H(C2H4O)nO(C6H4)C9H19NP-40S
100.0 uMC10H17N6O12P3AMP-PNP
5.0 mMC10H16N5O13P3ATP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3975 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1895342
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.0) / 詳細: cryoSPARC non-uniform refinement / 使用した粒子像数: 66410
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.0)
詳細: Stochastic gradient descent (cryoSPARC ab initio model generation)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: ModelAngelo
詳細Initial fitting was performed de novo by ModelAngelo, then iteratively improved with ChimeraX/ISOLDE, Coot, and Phenix real-space refinement algorithms.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 79.47
得られたモデル

PDB-9e2w:
Cryo-EM structure of yeast CMG helicase stalled at G4-containing DNA template, state 1

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る