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- EMDB-47338: Cryo-EM structure of the C. neoformans lipid flippase Apt1-Cdc50 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47338
タイトルCryo-EM structure of the C. neoformans lipid flippase Apt1-Cdc50 bound with butyrolactol A in the E2P state
マップデータComposite map
試料
  • 複合体: Apt1-Cdc50 heterodimer bound with butyrolactol A
    • タンパク質・ペプチド: Transcription regulator
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (3R,4R,5S)-3,4-dihydroxy-5-[(1R,2R,3S,4S,5R,6R,8E,10E,14E,16Z)-1,2,3,4,5-pentahydroxy-6,20,20-trimethylhenicosa-8,10,14,16-tetraen-1-yl]oxolan-2-one
キーワードCryptococcus neoformans / lipid flippase / P4-ATPase / Cdc50 protein / butyrolactol A / TRANSLOCASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylethanolamine flippase activity / P-type phospholipid transporter / phospholipid translocation / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site ...CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription regulator / Phospholipid-transporting ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Duan HD / Li H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA231466 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Butyrolactol A is a phospholipid flippase inhibitor that potentiates the bioactivity of caspofungin against resistant fungi.
著者: Xuefei Chen / H Diessel Duan / Michael J Hoy / Kalinka Koteva / Michaela Spitzer / Allison K Guitor / Emily Puumala / Guanggan Hu / Bonnie Yiu / Sommer Chou / Zhuyun Bian / Amelia Bing Ya Guo ...著者: Xuefei Chen / H Diessel Duan / Michael J Hoy / Kalinka Koteva / Michaela Spitzer / Allison K Guitor / Emily Puumala / Guanggan Hu / Bonnie Yiu / Sommer Chou / Zhuyun Bian / Amelia Bing Ya Guo / Sheng Sun / Nicole Robbins / Michael A Cook / Ray Truant / Lesley T MacNeil / Eric D Brown / James W Kronstad / Leah E Cowen / Joseph Heitman / Huilin Li / Gerard D Wright
要旨: Fungal infections cause millions of deaths annually and are challenging to treat due to limited antifungal options and increasing drug resistance. Cryptococci are intrinsically resistant to the ...Fungal infections cause millions of deaths annually and are challenging to treat due to limited antifungal options and increasing drug resistance. Cryptococci are intrinsically resistant to the latest generation of antifungals, echinocandins, while , a notorious global threat, is also increasingly resistant. We performed a natural product extract screen for rescue of the activity of the echinocandin caspofungin against H99, identifying butyrolactol A, which restores echinocandin efficacy against resistant fungal pathogens, including . Mode of action studies revealed that butyrolactol A inhibits the phospholipid flippase Apt1-Cdc50, blocking phospholipid transport. Cryoelectron-microscopy analysis of the Apt1●butyrolactol A complex revealed that the flippase is locked in a dead-end state. Apt1 inhibition disrupts membrane asymmetry, vesicular trafficking, and cytoskeletal organization, thereby enhancing echinocandin uptake and potency. This study identifies flippases as promising antifungal targets and demonstrates the potential of revisiting natural products to expand the antifungal arsenal and combat resistance.
履歴
登録2024年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47338.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47338.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map
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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
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x 300 pix.
= 248.4 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.4 Å		0.83 Å/pix.
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表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大0.0 - 2.3154423
平均 (標準偏差)0.0015071733 (±0.0270967)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 248.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Apt1-Cdc50 heterodimer bound with butyrolactol A

全体名称: Apt1-Cdc50 heterodimer bound with butyrolactol A
要素
  • 複合体: Apt1-Cdc50 heterodimer bound with butyrolactol A
    • タンパク質・ペプチド: Transcription regulator
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (3R,4R,5S)-3,4-dihydroxy-5-[(1R,2R,3S,4S,5R,6R,8E,10E,14E,16Z)-1,2,3,4,5-pentahydroxy-6,20,20-trimethylhenicosa-8,10,14,16-tetraen-1-yl]oxolan-2-one

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超分子 #1: Apt1-Cdc50 heterodimer bound with butyrolactol A

超分子名称: Apt1-Cdc50 heterodimer bound with butyrolactol A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類)
分子量理論値: 222 KDa

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分子 #1: Transcription regulator

分子名称: Transcription regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類)
分子量理論値: 45.937961 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAIFNRKPKA RLDGEPAPTE KEKVKWSKRP ANTAFKQQRL KAWQPILTPK SVLPTLLIIG IIFAPIGALI VWGSGKVTTI TLDYTECDV DAPTDGSYQA MPNSAYQYDL ATSSSVSESS IASPTWTFSN DSSREVGETA RCEIEFEVPY DLGPGLFLYY K LTNYYQNH ...文字列:
MAIFNRKPKA RLDGEPAPTE KEKVKWSKRP ANTAFKQQRL KAWQPILTPK SVLPTLLIIG IIFAPIGALI VWGSGKVTTI TLDYTECDV DAPTDGSYQA MPNSAYQYDL ATSSSVSESS IASPTWTFSN DSSREVGETA RCEIEFEVPY DLGPGLFLYY K LTNYYQNH RRYSSSFDAT QLIGDSRSLS QINGGNCKPI TSRDGKPYYP CGLIANSLFN DTFPSVVLLN PTNGAQNQTY NF SESGIAW GGIKKNYAST LTYISPSDVL PPPNWALKYP NGYVDGFPNL REDEHFQVWM RVAALPTFRK LWARNDGEIM SQG RYRIVA NMNYPVKQFS GTKSIVISTV SWIGGKQPFL GWAYIAAAIL CVVLAVAGLI RHLVKPRKLG DMSLLSWNQP NANG LHHHH HHHHHH

UniProtKB: Transcription regulator

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分子 #2: Phospholipid-transporting ATPase

分子名称: Phospholipid-transporting ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type phospholipid transporter
由来(天然)生物種: Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類)
分子量理論値: 176.534609 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGASKPPLVP RSKKHNPSWL DRNIVKPLES LAPSKLFARR RSPPVPRSVF INEPLPSEYY DKKGKILRAH HFATNQNVTS KYTVITFIP KNLFEQFRRV ANCFFLAISI LQFFPKFSTI SPGLVILPLI IVLAITALKD GYEDIKRHQA DHRTNHAIVH V LGGQDYTN ...文字列:
MGASKPPLVP RSKKHNPSWL DRNIVKPLES LAPSKLFARR RSPPVPRSVF INEPLPSEYY DKKGKILRAH HFATNQNVTS KYTVITFIP KNLFEQFRRV ANCFFLAISI LQFFPKFSTI SPGLVILPLI IVLAITALKD GYEDIKRHQA DHRTNHAIVH V LGGQDYTN QNPMASKDKT FIPAIPLPKR RSKKAKKAEE EAALNMQGRS SSTENFAAEP VPGAEPRGQD ELQRMRSQVS NW DEDPEAG DSPGELGWHR TIWEDVKVGD FVKIYENEQF PADIVICATS EEEDVAYIET KNLDGETNLK SRNGVPGLSH LNT AEACAK AHLCIDLDAP ESNMFRLNGA VINLEEYDED EQHPIHPITL ETTMLRGCVL KNTAWVIGII VYTGEDTKII RNAG ATPSK RSKVEKQMNP QVIINLVILA AIAVVCAIVD HVNEVEWDRQ QAYWMLFADT SGDNPNINGL VTFANAFITF QNIVP ISLY ISIEAVRTIQ AAFIYWDRDI KYKKDGVTTR TTARSWNLSD DLGQIEYIFS DKTGTLTQNA MIFRQCSVGG KIYTGD GLP PSHPTITHQH QPPPVHQHDD QDDPIAKSAS ESDDSDPKKI STEDPDEIKV TLPKEVLATF HDAELDKDLE AHDSEQS RI LHGFFAVLGL CHTVLAAETE PGVIEYKAQS PDEAALVQSA ADVGFVFRGR DHNILRMSTP FSDVSDEYEL LHVLEFNS A RKRMSVILRK LDEDGRIFLL CKGADNVIFE RLTKDSNQRE MREKTDQDLQ YFASEGLRTL CLAYRILDPQ VYEQWAKEY HNATVALQDR EERIESVSSS IERDLILLGA TAIEDKLQDG VPDTISDLKR AGIKVWVATG DKLETAVAIG YTTNLLTKDT NLIVVREGR HSIGDQLREA LEEFFGEDAG LRTTLSRIDS RRNSMDPPRL TRVNTGVRSL VGRDNGTRPG GFSLVIEGHA L AHCFDDEE TEALLLALST RCNTVICCRV SPLQKAQIVH LIKDNLGVMC LAIGDGANDV SMIQAADVGV GISGEEGLQA VN SSDYAIA QFRYLKRLLL VHGHWSYFRN SSMILNFFYK NIIGIGVLFW FMIYCGWSTT YVFAYVYLLF WNVFWTLVPV IAI GLFDRN IDDETLMALP ELYRASREGK YFGLMRFAYY IFEGVYQSAV IYFFLNYTYV TTTARGDGYD VYMYEMSTTQ AIGA VMVAN LFSGLNIDAW TGWVWFAIWF GPFLIWVFTA VYSVIPPSSF YTGVYGNDVF LFRSAAYWFG WPFVTIIALL PRYLI KTFR QNIFPNDVDT MRLVRKYHPE VDLYNHPMLG GKLAPKKDED ESDYGEEPFD GPEGRRSSIK MANLRHSHGA FGRGDQ AGD MELGMGRKSL GNRPGLRSSM DSSRFGIHSG ARGSTVDMST GLEQPPSRGF GFTMEEGGVA IQRMQSRLSQ TSSHASR SR WPRFNNNSSS SHPFETKPPS SMSKLRSRAG SILTRKRADT TDTRNSDDKS LSSPVKTGFF GRHMPGQNHG QHEGRSMG T PLKSETGRGD NWEEEELEDE SLGRGFGVGQ NMAPPEIPRM DYKDDDDKI

UniProtKB: Phospholipid-transporting ATPase

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #8: (3R,4R,5S)-3,4-dihydroxy-5-[(1R,2R,3S,4S,5R,6R,8E,10E,14E,16Z)-1,...

分子名称: (3R,4R,5S)-3,4-dihydroxy-5-[(1R,2R,3S,4S,5R,6R,8E,10E,14E,16Z)-1,2,3,4,5-pentahydroxy-6,20,20-trimethylhenicosa-8,10,14,16-tetraen-1-yl]oxolan-2-one
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: A1BD6
分子量理論値: 526.659 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 639772
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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