EMDB-47335: Cryo-EM focused map masking butyrolactol A binding site of the C....

基本情報

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-47335

• タイトル: Cryo-EM focused map masking butyrolactol A binding site of the C. neoformans lipid flippase Apt1-Cdc50 bound with butyrolactol A in the E2P state
• マップデータ: Focused map

試料

• 複合体: Apt1-Cdc50 heterodimer bound with butyrolactol A

• キーワード: Cryptococcus neoformans / lipid flippase / P4-ATPase / Cdc50 protein / butyrolactol A / LIPID TRANSPORT
• 生物種: Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類)
• 手法: 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
• データ登録者: Duan HD / Li H

資金援助

米国, 1件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA231466	米国

• 引用: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025; タイトル: Butyrolactol A is a phospholipid flippase inhibitor that potentiates the bioactivity of caspofungin against resistant fungi.; 著者: Xuefei Chen / H Diessel Duan / Michael J Hoy / Kalinka Koteva / Michaela Spitzer / Allison K Guitor / Emily Puumala / Guanggan Hu / Bonnie Yiu / Sommer Chou / Zhuyun Bian / Amelia Bing Ya Guo / Sheng Sun / Nicole Robbins / Michael A Cook / Ray Truant / Lesley T MacNeil / Eric D Brown / James W Kronstad / Leah E Cowen / Joseph Heitman / Huilin Li / Gerard D Wright; 要旨: Fungal infections cause millions of deaths annually and are challenging to treat due to limited antifungal options and increasing drug resistance. Cryptococci are intrinsically resistant to the latest generation of antifungals, echinocandins, while , a notorious global threat, is also increasingly resistant. We performed a natural product extract screen for rescue of the activity of the echinocandin caspofungin against H99, identifying butyrolactol A, which restores echinocandin efficacy against resistant fungal pathogens, including . Mode of action studies revealed that butyrolactol A inhibits the phospholipid flippase Apt1-Cdc50, blocking phospholipid transport. Cryoelectron-microscopy analysis of the Apt1●butyrolactol A complex revealed that the flippase is locked in a dead-end state. Apt1 inhibition disrupts membrane asymmetry, vesicular trafficking, and cytoskeletal organization, thereby enhancing echinocandin uptake and potency. This study identifies flippases as promising antifungal targets and demonstrates the potential of revisiting natural products to expand the antifungal arsenal and combat resistance.

履歴

登録	2024年10月17日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年2月5日	-
マップ公開	2025年2月5日	-
更新	2025年2月5日	-
現状	2025年2月5日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

マップ

• ファイル: ダウンロード / ファイル: emd_47335.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
• 注釈: Focused map
• ボクセルのサイズ: X=Y=Z: 0.828 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.01
最小 - 最大	-0.001822755 - 2.3154423
平均 (標準偏差)	0.0015744044 (±0.029307295)

• 対称性: 空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状	Axis order X Y Z Origin 0 0 0 サイズ 300 300 300 Spacing 300 300 300
セル	A=B=C: 248.40001 Å α=β=γ: 90.0 °

添付データ

マスク #1

• ファイル: emd_47335_msk_1.map

ハーフマップ: Half map B

• ファイル: emd_47335_half_map_1.map
• 注釈: Half map B

ハーフマップ: Half map A

• ファイル: emd_47335_half_map_2.map
• 注釈: Half map A

試料の構成要素

全体 : Apt1-Cdc50 heterodimer bound with butyrolactol A

• 全体: 名称: Apt1-Cdc50 heterodimer bound with butyrolactol A

要素

• 複合体: Apt1-Cdc50 heterodimer bound with butyrolactol A

超分子 #1: Apt1-Cdc50 heterodimer bound with butyrolactol A

• 超分子: 名称: Apt1-Cdc50 heterodimer bound with butyrolactol A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
• 由来(天然): 生物種: Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類)
• 分子量: 理論値: 222 KDa

実験情報

構造解析

• 手法: クライオ電子顕微鏡法
• 解析: 単粒子再構成法
• 試料の集合状態: particle

試料調製

• 緩衝液: pH: 7.4
• 凍結: 凍結剤: ETHANE

電子顕微鏡法

• 顕微鏡: TFS KRIOS
• 撮影: フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Ų
• 電子線: 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
• 電子光学系: 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
• 実験機器: モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

画像解析

• 初期モデル: モデルのタイプ: INSILICO MODEL
• 最終 再構成: 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 169849
• 初期 角度割当: タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
• 最終 角度割当: タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD