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- EMDB-47333: CryoEM structure of the human antibodies PIV3HN-05 and PIV3HN-13 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47333
タイトルCryoEM structure of the human antibodies PIV3HN-05 and PIV3HN-13 in complex with the parainfluenza virus hemagglutinin-neuraminidase protein
マップデータUnsharpened map from nonuniform refinement
試料
  • 複合体: Complex of the PIV3 HN protein with two human antibodies
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin-neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: Human antibody PIV3HN-05 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Human antibody PIV3HN-05 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Human antibody PIV3HN-13 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Human antibody PIV3HN-13 light chain
キーワードHemagglutinin-neuraminidase / human monoclonal antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin-neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Human respirovirus 3 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Mousa JJ / Miller RJ
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56AI181850 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI173416 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The structural basis of protective and nonprotective human monoclonal antibodies targeting the parainfluenza virus type 3 hemagglutinin-neuraminidase.
著者: Rose J Miller / Ian A Durie / Aaron D Gingerich / Mohamed A Elbehairy / Abigail G Branch / Riley G Davis / Nada Abbadi / Melinda A Brindley / Jarrod J Mousa /
要旨: Parainfluenza virus 3 (PIV3) infection poses a substantial risk to vulnerable groups including infants, the elderly, and immunocompromised individuals, and lacks effective treatments or vaccines. ...Parainfluenza virus 3 (PIV3) infection poses a substantial risk to vulnerable groups including infants, the elderly, and immunocompromised individuals, and lacks effective treatments or vaccines. This study focuses on targeting the hemagglutinin-neuraminidase (HN) protein, a structural glycoprotein of PIV3 critical for viral infection and egress. With the objective of targeting these activities of HN, we identified eight neutralizing human monoclonal antibodies (mAbs) with potent effects on viral neutralization, cell-cell fusion inhibition, and complement deposition. Three epitopes on PIV3 HN were delineated and one epitope, Site 2, elicits a mAb with cross-neutralizing ability against PIV1 and PIV3. Cryo-EM revealed the cross-neutralizing mAb utilizes a long CDR3 loop to bind inside the pocket of the sialic acid binding site. Additionally, we resolved the structure of a non-protective mAb binding to Site 1 near the HN:F-interaction site. The potent Site 2-directed mAb demonstrated clinical efficacy in hamsters, reducing viral replication prophylactically and therapeutically. These findings advance our understanding of PIV3 immunity and underscore the significance of targeting HN for clinical therapeutic development against PIV3.
履歴
登録2024年10月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47333.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47333.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map from nonuniform refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 400 pix.
= 412. Å		1.03 Å/pix.
x 400 pix.
= 412. Å		1.03 Å/pix.
x 400 pix.
= 412. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.117
最小 - 最大-0.0017620996 - 2.3009937
平均 (標準偏差)0.00042969378 (±0.014930101)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 412.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_47333_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unsharpened map from nonuniform refinement

ファイルemd_47333_half_map_1.map
注釈Unsharpened map from nonuniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unsharpened map from nonuniform refinement

ファイルemd_47333_half_map_2.map
注釈Unsharpened map from nonuniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of the PIV3 HN protein with two human antibodies

全体名称: Complex of the PIV3 HN protein with two human antibodies
要素
  • 複合体: Complex of the PIV3 HN protein with two human antibodies
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin-neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: Human antibody PIV3HN-05 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Human antibody PIV3HN-05 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Human antibody PIV3HN-13 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Human antibody PIV3HN-13 light chain

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超分子 #1: Complex of the PIV3 HN protein with two human antibodies

超分子名称: Complex of the PIV3 HN protein with two human antibodies
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Hemagglutinin-neuraminidase

分子名称: Hemagglutinin-neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 51.625516 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HHHHHHSLVP RGSISEITIR NDNQEVLPQR ITHDVGIKPL NPDDFWRCTS GLPSLMKTPK IRLMPGPGLL AMPTTVDGCV RTPSLVIND LIYAYTSNLI TRGCQDIGKS YQVLQIGIIT VNSDLVPDLN PRISHTFNIN DNRKSCSLAL LNTDVYQLCS T PKVDERSD ...文字列:
HHHHHHSLVP RGSISEITIR NDNQEVLPQR ITHDVGIKPL NPDDFWRCTS GLPSLMKTPK IRLMPGPGLL AMPTTVDGCV RTPSLVIND LIYAYTSNLI TRGCQDIGKS YQVLQIGIIT VNSDLVPDLN PRISHTFNIN DNRKSCSLAL LNTDVYQLCS T PKVDERSD YASSGIEDIV LDIVNYDGSI STTRFKNNNI SFDQPYAALY PSVGPGIYYK GKIIFLGYGG LEHPINENVI CN TTGCPGK TQRDCNQASH SPWFSDRRMV NSIIVADKGL NSIPKLKVWT ISMRQNYWGS EGRLLLLGNK IYIYTRSTSW HSK LQLGII DITDYSDIRI KWTWHNVLSR PGNNECPWGH SCPDGCITGV YTDAYPLNPT GSIVSSVILD SQKSRVNPVI TYST ATERV NELAILNRTL SAGYTTTSCI THYNKGYCFH IVEINHKSLN TFQPMLFKTE IPKSCS

UniProtKB: Hemagglutinin-neuraminidase

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分子 #2: Human antibody PIV3HN-05 heavy chain

分子名称: Human antibody PIV3HN-05 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.696654 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG VVQPGGSLRL SCVASGLSLS PNWMHWVRQA PGKGLVWVSR ISDNGDTTNY AGSVMGRFTI SRDNAKNTLY LQMNNLRAD DTAVYFCVRE SAVISSPSWG LYDTAYHFDP WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列:
EVQLVESGGG VVQPGGSLRL SCVASGLSLS PNWMHWVRQA PGKGLVWVSR ISDNGDTTNY AGSVMGRFTI SRDNAKNTLY LQMNNLRAD DTAVYFCVRE SAVISSPSWG LYDTAYHFDP WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EPKSC

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分子 #3: Human antibody PIV3HN-05 light chain

分子名称: Human antibody PIV3HN-05 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.87715 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVLTQPPSA SGTPGQGVTI SCSGSNSNIG TNAVDWYQQF PGTAPRLLIF NDNQRPSGVP DRFSGSRSGT SASLAISGLQ SEDEAVYYC ATWDDSLNGP VVFGGGTKLT VLRQPKAAPS VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADSSP V KAGVETTT ...文字列:
QSVLTQPPSA SGTPGQGVTI SCSGSNSNIG TNAVDWYQQF PGTAPRLLIF NDNQRPSGVP DRFSGSRSGT SASLAISGLQ SEDEAVYYC ATWDDSLNGP VVFGGGTKLT VLRQPKAAPS VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADSSP V KAGVETTT PSKQSNNKYA ASSYLSLTPE QWKSHRSYSC QVTHEGSTVE KTVAPTECS

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分子 #4: Human antibody PIV3HN-13 heavy chain

分子名称: Human antibody PIV3HN-13 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.686352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLLESGGA LVQPGGSLRV SCAASGFSFS SYAMSWLRQT PGKGLEWVSA IGGSGHSTYY ADSVQGRFTV SRDNSKDTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKF FRSDGVFHFD YWGPGNPGSP SPASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
EVQLLESGGA LVQPGGSLRV SCAASGFSFS SYAMSWLRQT PGKGLEWVSA IGGSGHSTYY ADSVQGRFTV SRDNSKDTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKF FRSDGVFHFD YWGPGNPGSP SPASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSC

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分子 #5: Human antibody PIV3HN-13 light chain

分子名称: Human antibody PIV3HN-13 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.785422 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLR HSDGNNYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGSDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALQT PTFGQGTKVE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT ...文字列:
DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLR HSDGNNYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGSDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALQT PTFGQGTKVE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, pH 7.5 120 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k) / 平均電子線量: 52.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: alphafold3
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 139192
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9dzq:
CryoEM structure of the human antibodies PIV3HN-05 and PIV3HN-13 in complex with the parainfluenza virus hemagglutinin-neuraminidase protein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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