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- PDB-9dzq: CryoEM structure of the human antibodies PIV3HN-05 and PIV3HN-13 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dzq
タイトルCryoEM structure of the human antibodies PIV3HN-05 and PIV3HN-13 in complex with the parainfluenza virus hemagglutinin-neuraminidase protein
要素
  • Hemagglutinin-neuraminidase
  • Human antibody PIV3HN-05 heavy chain
  • Human antibody PIV3HN-05 light chain
  • Human antibody PIV3HN-13 heavy chain
  • Human antibody PIV3HN-13 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Hemagglutinin-neuraminidase / human monoclonal antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin-neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Human respirovirus 3 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Mousa, J.J. / Miller, R.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56AI181850 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI173416 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The structural basis of protective and nonprotective human monoclonal antibodies targeting the parainfluenza virus type 3 hemagglutinin-neuraminidase.
著者: Rose J Miller / Ian A Durie / Aaron D Gingerich / Mohamed A Elbehairy / Abigail G Branch / Riley G Davis / Nada Abbadi / Melinda A Brindley / Jarrod J Mousa /
要旨: Parainfluenza virus 3 (PIV3) infection poses a substantial risk to vulnerable groups including infants, the elderly, and immunocompromised individuals, and lacks effective treatments or vaccines. ...Parainfluenza virus 3 (PIV3) infection poses a substantial risk to vulnerable groups including infants, the elderly, and immunocompromised individuals, and lacks effective treatments or vaccines. This study focuses on targeting the hemagglutinin-neuraminidase (HN) protein, a structural glycoprotein of PIV3 critical for viral infection and egress. With the objective of targeting these activities of HN, we identified eight neutralizing human monoclonal antibodies (mAbs) with potent effects on viral neutralization, cell-cell fusion inhibition, and complement deposition. Three epitopes on PIV3 HN were delineated and one epitope, Site 2, elicits a mAb with cross-neutralizing ability against PIV1 and PIV3. Cryo-EM revealed the cross-neutralizing mAb utilizes a long CDR3 loop to bind inside the pocket of the sialic acid binding site. Additionally, we resolved the structure of a non-protective mAb binding to Site 1 near the HN:F-interaction site. The potent Site 2-directed mAb demonstrated clinical efficacy in hamsters, reducing viral replication prophylactically and therapeutically. These findings advance our understanding of PIV3 immunity and underscore the significance of targeting HN for clinical therapeutic development against PIV3.
履歴
登録2024年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin-neuraminidase
C: Human antibody PIV3HN-05 heavy chain
E: Human antibody PIV3HN-05 light chain
G: Human antibody PIV3HN-13 heavy chain
I: Human antibody PIV3HN-13 light chain
B: Hemagglutinin-neuraminidase
D: Human antibody PIV3HN-05 heavy chain
F: Human antibody PIV3HN-05 light chain
H: Human antibody PIV3HN-13 heavy chain
J: Human antibody PIV3HN-13 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,34210
ポリマ－293,34210
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin-neuraminidase


分子量: 51625.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human respirovirus 3 (ウイルス) / 遺伝子: HN / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q81080
#2: 抗体 Human antibody PIV3HN-05 heavy chain


分子量: 24696.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Human antibody PIV3HN-05 light chain


分子量: 22877.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Human antibody PIV3HN-13 heavy chain


分子量: 23686.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Human antibody PIV3HN-13 light chain


分子量: 23785.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of the PIV3 HN protein with two human antibodies
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.2 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, pH 7.5 120 mM NaCl
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 52.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139192 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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