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万見
- EMDB-47309: BEST1 + PABA intermediate state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47309
タイトルBEST1 + PABA intermediate state
マップデータsharpmap
試料
  • 複合体: BEST1 + PABA intermediate state
    • タンパク質・ペプチド: Bestrophin-1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 4-AMINOBENZOIC ACID
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water
キーワードcalcium-activated chloride channel / para-aminobenzoic acid (PABA)-bound anion channel / channel-activator complex / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane microdomain / bicarbonate channel activity / transepithelial chloride transport / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / detection of light stimulus involved in visual perception / ligand-gated channel activity / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / bicarbonate transmembrane transporter activity / glutamate secretion / chloride transport ...membrane microdomain / bicarbonate channel activity / transepithelial chloride transport / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / detection of light stimulus involved in visual perception / ligand-gated channel activity / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / bicarbonate transmembrane transporter activity / glutamate secretion / chloride transport / chloride channel activity / protein complex oligomerization / regulation of calcium ion transport / chloride channel complex / visual perception / basal plasma membrane / regulation of synaptic plasticity / Stimuli-sensing channels / presynapse / monoatomic ion transmembrane transport / basolateral plasma membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bestrophin / Bestrophin/UPF0187 / Bestrophin, RFP-TM, chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Owji AP / Kittredge A / Zhang Y / Yang T
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM149252 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM127652 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R24EY028758 米国
Other privateIrma T. Hirschl Trust CU20-4313 米国
Other privateResearch to Prevent Blindness (RPB) CU22-1892 米国
Simons FoundationSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM129539 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Neurotransmitter-bound bestrophin channel structures reveal small molecule drug targeting sites for disease treatment.
著者: Aaron P Owji / Jingyun Dong / Alec Kittredge / Jiali Wang / Yu Zhang / Tingting Yang /
要旨: Best1 and Best2 are two members of the bestrophin family of anion channels critically involved in the prevention of retinal degeneration and maintenance of intraocular pressure, respectively. Here, ...Best1 and Best2 are two members of the bestrophin family of anion channels critically involved in the prevention of retinal degeneration and maintenance of intraocular pressure, respectively. Here, we solved glutamate- and γ-aminobutyric acid (GABA)-bound Best2 structures, which delineate an intracellular glutamate binding site and an extracellular GABA binding site on Best2, respectively, identified extracellular GABA as a permeable activator of Best2, and elucidated the co-regulation of Best2 by glutamate, GABA and glutamine synthetase in vivo. We further identified multiple small molecules as activators of the bestrophin channels. Extensive analyses were carried out for a potent activator, 4-aminobenzoic acid (PABA): PABA-bound Best1 and Best2 structures are solved and illustrate the same binding site as in GABA-bound Best2; PABA treatment rescues the functional deficiency of patient-derived Best1 mutations. Together, our results demonstrate the mechanism and potential of multiple small molecule candidates as clinically applicable drugs for bestrophin-associated diseases/conditions.
履歴
登録2024年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月8日-
マップ公開2025年1月8日-
更新2025年1月8日-
現状2025年1月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47309.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47309.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpmap
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.4981056 - 3.01887
平均 (標準偏差)0.0036360794 (±0.09399037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 332.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: fullmap

ファイルemd_47309_additional_1.map
注釈fullmap
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfA

ファイルemd_47309_half_map_1.map
注釈halfA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfB

ファイルemd_47309_half_map_2.map
注釈halfB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BEST1 + PABA intermediate state

全体名称: BEST1 + PABA intermediate state
要素
  • 複合体: BEST1 + PABA intermediate state
    • タンパク質・ペプチド: Bestrophin-1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 4-AMINOBENZOIC ACID
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: BEST1 + PABA intermediate state

超分子名称: BEST1 + PABA intermediate state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 338 KDa

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分子 #1: Bestrophin-1

分子名称: Bestrophin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.760469 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTITYTSQVA NARLGSFSRL LLCWRGSIYK LLYGEFLIFL LCYYIIRFIY RLALTEEQQL MFEKLTLYCD SYIQLIPISF VLGFYVTLV VTRWWNQYEN LPWPDRLMSL VSGFVEGKDE QGRLLRRTLI RYANLGNVLI LRSVSTAVYK RFPSAQHLVQ A GFMTPAEH ...文字列:
MTITYTSQVA NARLGSFSRL LLCWRGSIYK LLYGEFLIFL LCYYIIRFIY RLALTEEQQL MFEKLTLYCD SYIQLIPISF VLGFYVTLV VTRWWNQYEN LPWPDRLMSL VSGFVEGKDE QGRLLRRTLI RYANLGNVLI LRSVSTAVYK RFPSAQHLVQ A GFMTPAEH KQLEKLSLPH NMFWVPWVWF ANLSMKAWLG GRIRDPILLQ SLLNEMNTLR TQCGHLYAYD WISIPLVYTQ VV TVAVYSF FLTCLVGRQF LNPAKAYPGH ELDLVVPVFT FLQFFFYVGW LKVAEQLINP FGEDDDDFET NWIVDRNLQV SLL AVDEMH QDLPRMEPDM YWNKPEPQPP YTAASAQFRR ASFMGSTFNI SLNKEEMEFQ PNQEDEEDAH AGIIGRFLGL QSHD HHPPR ANSRTKLLWP KRESLLHEGL PKNHKAAKQN VRGQEDNKAW KLKAVDAFKS APLYQRPGYY SAPQTPLSPT PMFFP LEPS APSKLHSVTG IDTKDKSLKT VSSGAKKSFE LLSESDGALM EHPEVSQVRR KTVEFNLTDM PEIPENHLKE PLEQSP TNI HTTLKDHMDP YWALENRDEA HS

UniProtKB: Bestrophin-1

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: 4-AMINOBENZOIC ACID

分子名称: 4-AMINOBENZOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: PAB
分子量理論値: 137.136 Da
Chemical component information

ChemComp-PAB:
4-AMINOBENZOIC ACID / 4-アミノ安息香酸

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分子 #4: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
40.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
0.008 % w/vGDNglyco-diosgenin
グリッドモデル: UltrAuFoil R0./1 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
ソフトウェア名称: Leginon
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1634 / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 488010
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40311
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8d1i


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9dym:
BEST1 + PABA intermediate state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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