EMDB-4701: Mouse apoferritin from data collected at liquid nitrogen temperature

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-4701

タイトル

Mouse apoferritin from data collected at liquid nitrogen temperature

マップデータ

mouse apoferritin from data collected at liquid nitrogen temperature

試料

複合体: apoferritin

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Pfeil-Gardiner O / Mills DJ / Vonck J / Kuehlbrandt W

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: A comparative study of single-particle cryo-EM with liquid-nitrogen and liquid-helium cooling.
著者: Pfeil-Gardiner O / Mills DJ / Vonck J / Kuehlbrandt W

履歴

登録	2019年3月13日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2019年3月27日	-
マップ公開	2019年3月27日	-
更新	2019年11月20日	-
現状	2019年11月20日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.048 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（半径に従い着色）表面レベル: 0.048 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol

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EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_4701.map.gz	19.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-4701-v30.xml emd-4701.xml	11.2 KB 11.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_4701_fsc.xml	6.3 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_4701.png	220.8 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4701	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_4701_validation.pdf.gz	279 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_4701_full_validation.pdf.gz	278.1 KB	表示
XML形式データ	emd_4701_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4701	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4698C 6sht C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	22972 10675 4698 9599 30105 22347 22348 22346 22350 2788 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_4701.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

mouse apoferritin from data collected at liquid nitrogen temperature

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.12 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.048 / ムービー #1: 0.048
最小 - 最大	-0.20449728 - 0.31042898
平均 (標準偏差)	-0.0000455770 (±0.020394603)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	176	176	176
Spacing	176	176	176

セル

A=B=C: 197.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.12	1.12	1.12
M x/y/z	176	176	176
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	197.120	197.120	197.120
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	92	92	62
NX/NY/NZ	290	290	360
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	176	176	176
D min/max/mean	-0.204	0.310	-0.000

-
全体 : apoferritin

全体	名称: apoferritin
要素	複合体: apoferritin

-
超分子 #1: apoferritin

超分子	名称: apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量	理論値: 500 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

1.5 mg/mL

緩衝液

pH: 7.5 / 構成要素:

濃度	名称	式
5.0 mM	HEPES
75.0 mM		NaCl

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	JEOL 3200FSC
温度	最低: 85.0 K / 最高: 85.0 K
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 271 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 72.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	最大デフォーカス（補正後）: 1.8 µm / 最小デフォーカス（補正後）: 0.6 µm / 倍率（補正後）: 44642 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.2 mm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

CTF補正	ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデル	モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 9599 詳細: the map was filtered to 10 angstrom resolution
最終再構成	想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 184777
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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