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- EMDB-46998: Product-Bound mannosyltransferase PimE -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46998
タイトルProduct-Bound mannosyltransferase PimE
マップデータ
試料
  • 複合体: Mannosyltransferase PimE
    • タンパク質・ペプチド: Mannosyltransferase
  • リガンド: (2S)-1-{[(S)-{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-[(6-O-hexadecanoyl-beta-L-gulopyranosyl)oxy]-3,4,5-trihydroxy-6-{[beta-D-mannopyranosyl-(1->2)-alpha-D-mannopyranosyl-(1->6)-beta-D-mannopyranosyl-(1->6)-alpha-D-mannopyranosyl]oxy}cyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-3-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl 10-methyloctadecanoate
  • リガンド: MONO-TRANS, OCTA-CIS DECAPRENYL-PHOSPHATE
キーワードmannosyltransferase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性: / :
機能・相同性情報
生物種Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Liu Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanistic studies of mycobacterial glycolipid biosynthesis by the mannosyltransferase PimE.
著者: Yaqi Liu / Chelsea M Brown / Nuno Borges / Rodrigo N Nobre / Satchal Erramilli / Meagan Belcher Dufrisne / Brian Kloss / Sabrina Giacometti / Ana M Esteves / Cristina G Timóteo / Piotr ...著者: Yaqi Liu / Chelsea M Brown / Nuno Borges / Rodrigo N Nobre / Satchal Erramilli / Meagan Belcher Dufrisne / Brian Kloss / Sabrina Giacometti / Ana M Esteves / Cristina G Timóteo / Piotr Tokarz / Rosemary J Cater / Todd L Lowary / Yasu S Morita / Anthony A Kossiakoff / Helena Santos / Phillip J Stansfeld / Rie Nygaard / Filippo Mancia /
要旨: Tuberculosis (TB), a leading cause of death among infectious diseases globally, is caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb). The pathogenicity of Mtb is largely attributed to its complex cell ...Tuberculosis (TB), a leading cause of death among infectious diseases globally, is caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb). The pathogenicity of Mtb is largely attributed to its complex cell envelope, which includes a class of glycolipids called phosphatidyl-myo-inositol mannosides (PIMs). These glycolipids maintain the integrity of the cell envelope, regulate permeability, and mediate host-pathogen interactions. PIMs comprise a phosphatidyl-myo-inositol core decorated with one to six mannose residues and up to four acyl chains. The mannosyltransferase PimE catalyzes the transfer of the fifth PIM mannose residue from a polyprenyl phosphate-mannose (PPM) donor. This step contributes to the proper assembly and function of the mycobacterial cell envelope; however, the structural basis for substrate recognition and the catalytic mechanism of PimE remain poorly understood. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of PimE from Mycobacterium abscessus in its apo and product-bound form. The structures reveal a distinctive binding cavity that accommodates both donor and acceptor substrates/products. Key residues involved in substrate coordination and catalysis were identified and validated via in vitro assays and in vivo complementation, while molecular dynamics simulations delineated access pathways and binding dynamics. Our integrated approach provides comprehensive insights into PimE function and informs potential strategies for anti-TB therapeutics.
履歴
登録2024年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46998.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 266.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 412 pix.
= 339.9 Å		0.83 Å/pix.
x 412 pix.
= 339.9 Å		0.83 Å/pix.
x 412 pix.
= 339.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-1.0353217 - 2.3735793
平均 (標準偏差)-0.0006486831 (±0.018305019)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ412412412
Spacing412412412
セルA=B=C: 339.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46998_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46998_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mannosyltransferase PimE

全体名称: Mannosyltransferase PimE
要素
  • 複合体: Mannosyltransferase PimE
    • タンパク質・ペプチド: Mannosyltransferase
  • リガンド: (2S)-1-{[(S)-{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-[(6-O-hexadecanoyl-beta-L-gulopyranosyl)oxy]-3,4,5-trihydroxy-6-{[beta-D-mannopyranosyl-(1->2)-alpha-D-mannopyranosyl-(1->6)-beta-D-mannopyranosyl-(1->6)-alpha-D-mannopyranosyl]oxy}cyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-3-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl 10-methyloctadecanoate
  • リガンド: MONO-TRANS, OCTA-CIS DECAPRENYL-PHOSPHATE

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超分子 #1: Mannosyltransferase PimE

超分子名称: Mannosyltransferase PimE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacteroides abscessus (バクテリア)

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分子 #1: Mannosyltransferase

分子名称: Mannosyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
分子量理論値: 46.06809 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MATEKTEPTR ANVEPPMPTR GASAWRRVRA WGPWLLGLSV AVRLAWAYLT PHGADLVDLH VYVSGPATLG HGNLYEFTYP DKTPDFPLP FTYPPFAAVV FWPLHLIPFT LLGLCWILGT IAALYAVVRL SQRLLGFDDA RAAAVWTAVT MWTEPVRSTL D YGQINVLL ...文字列:
MATEKTEPTR ANVEPPMPTR GASAWRRVRA WGPWLLGLSV AVRLAWAYLT PHGADLVDLH VYVSGPATLG HGNLYEFTYP DKTPDFPLP FTYPPFAAVV FWPLHLIPFT LLGLCWILGT IAALYAVVRL SQRLLGFDDA RAAAVWTAVT MWTEPVRSTL D YGQINVLL MLLILLAVAS SRWWISGTLI GLAGGVKLTP LVSGLYFLGA RRWTTAIWAG VVFLLTVVVG IAVVGEQGRY YF TDLLGKP DRIGPIATVF NQSWRGGISR ILGHDAGSGV LVLFAYAVTA ILAFLAWRAV NDRLGQICVV EMFGLLISPI SWT HHWVWM VPFMVWLLHG PWRDKVGAKV FGCGWLVLLL IGVPWLLSFA QPDIWRIDRP WPLAWAGLVD IVAAIATLTW MAVV GRRSG HLGRLPWRHV

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A418LCK8

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分子 #2: (2S)-1-{[(S)-{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-[(6-O-hexadecanoyl-beta-L-gu...

分子名称: (2S)-1-{[(S)-{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-[(6-O-hexadecanoyl-beta-L-gulopyranosyl)oxy]-3,4,5-trihydroxy-6-{[beta-D-mannopyranosyl-(1->2)-alpha-D-mannopyranosyl-(1->6)-beta-D-mannopyranosyl-(1->6)- ...名称: (2S)-1-{[(S)-{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-[(6-O-hexadecanoyl-beta-L-gulopyranosyl)oxy]-3,4,5-trihydroxy-6-{[beta-D-mannopyranosyl-(1->2)-alpha-D-mannopyranosyl-(1->6)-beta-D-mannopyranosyl-(1->6)-alpha-D-mannopyranosyl]oxy}cyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-3-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl 10-methyloctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: A1A8B
分子量理論値: 1.841747 KDa

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分子 #3: MONO-TRANS, OCTA-CIS DECAPRENYL-PHOSPHATE

分子名称: MONO-TRANS, OCTA-CIS DECAPRENYL-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: DSL
分子量理論値: 779.165 Da
Chemical component information

ChemComp-DSL:
MONO-TRANS, OCTA-CIS DECAPRENYL-PHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 56510
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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