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万見
- PDB-9mjb: Product-Bound mannosyltransferase PimE in complex with Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mjb
タイトルProduct-Bound mannosyltransferase PimE in complex with Fab
要素
  • Fab_E6 heavy chain
  • Fab_E6 light chain
  • Mannosyltransferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Product-bound Mannosyltransferase PimE in complex with Fab
機能・相同性: / MONO-TRANS, OCTA-CIS DECAPRENYL-PHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Liu, Y. / Mancia, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanistic studies of mycobacterial glycolipid biosynthesis by the mannosyltransferase PimE.
著者: Yaqi Liu / Chelsea M Brown / Nuno Borges / Rodrigo N Nobre / Satchal Erramilli / Meagan Belcher Dufrisne / Brian Kloss / Sabrina Giacometti / Ana M Esteves / Cristina G Timóteo / Piotr ...著者: Yaqi Liu / Chelsea M Brown / Nuno Borges / Rodrigo N Nobre / Satchal Erramilli / Meagan Belcher Dufrisne / Brian Kloss / Sabrina Giacometti / Ana M Esteves / Cristina G Timóteo / Piotr Tokarz / Rosemary J Cater / Todd L Lowary / Yasu S Morita / Anthony A Kossiakoff / Helena Santos / Phillip J Stansfeld / Rie Nygaard / Filippo Mancia /
要旨: Tuberculosis (TB), a leading cause of death among infectious diseases globally, is caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb). The pathogenicity of Mtb is largely attributed to its complex cell ...Tuberculosis (TB), a leading cause of death among infectious diseases globally, is caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb). The pathogenicity of Mtb is largely attributed to its complex cell envelope, which includes a class of glycolipids called phosphatidyl-myo-inositol mannosides (PIMs). These glycolipids maintain the integrity of the cell envelope, regulate permeability, and mediate host-pathogen interactions. PIMs comprise a phosphatidyl-myo-inositol core decorated with one to six mannose residues and up to four acyl chains. The mannosyltransferase PimE catalyzes the transfer of the fifth PIM mannose residue from a polyprenyl phosphate-mannose (PPM) donor. This step contributes to the proper assembly and function of the mycobacterial cell envelope; however, the structural basis for substrate recognition and the catalytic mechanism of PimE remain poorly understood. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of PimE from Mycobacterium abscessus in its apo and product-bound form. The structures reveal a distinctive binding cavity that accommodates both donor and acceptor substrates/products. Key residues involved in substrate coordination and catalysis were identified and validated via in vitro assays and in vivo complementation, while molecular dynamics simulations delineated access pathways and binding dynamics. Our integrated approach provides comprehensive insights into PimE function and informs potential strategies for anti-TB therapeutics.
履歴
登録2024年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannosyltransferase
H: Fab_E6 heavy chain
L: Fab_E6 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5385
ポリマ－70,9173
非ポリマー2,6212
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Mannosyltransferase


分子量: 46068.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
遺伝子: DDJ71_07815 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AB37BZV5
#2: 抗体 Fab_E6 heavy chain


分子量: 13881.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab_E6 light chain


分子量: 10967.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-A1A8B / (2S)-1-{[(S)-{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-[(6-O-hexadecanoyl-beta-L-gulopyranosyl)oxy]-3,4,5-trihydroxy-6-{[beta-D-mannopyranosyl-(1->2)-alpha-D-mannopyranosyl-(1->6)-beta-D-mannopyranosyl-(1->6)-alpha-D-mannopyranosyl]oxy}cyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-3-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl 10-methyloctadecanoate


分子量: 1841.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C90H105O39P
#5: 化合物 ChemComp-DSL / MONO-TRANS, OCTA-CIS DECAPRENYL-PHOSPHATE


分子量: 779.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H83O4P
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: product-bound mannosyltransferase PimE in complex with Fab
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 58 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145477 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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