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- EMDB-46994: Cryo-EM structure of the SFV009 3G01 Fab in complex with A/Califo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46994
タイトルCryo-EM structure of the SFV009 3G01 Fab in complex with A/California/04/2009
マップデータ
試料
  • 複合体: Hemagglutinin CA09 homotrimer bound to anchor fab
    • 複合体: Fab
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
    • 複合体: Hemagglutinin HA1/2
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードhemagglutinin / HA / antibody / anchor epitope / influenza virus / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fernandez Quintero ML / Ferguson JA / Han J / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structurally convergent antibodies derived from different vaccine strategies target the influenza virus HA anchor epitope with a subset of V3 and V3 genes.
著者: Ting-Hui Lin / Chang-Chun David Lee / Monica L Fernández-Quintero / James A Ferguson / Julianna Han / Xueyong Zhu / Wenli Yu / Jenna J Guthmiller / Florian Krammer / Patrick C Wilson / ...著者: Ting-Hui Lin / Chang-Chun David Lee / Monica L Fernández-Quintero / James A Ferguson / Julianna Han / Xueyong Zhu / Wenli Yu / Jenna J Guthmiller / Florian Krammer / Patrick C Wilson / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
要旨: H1N1 influenza viruses are responsible for both seasonal and pandemic influenza. The continual antigenic shift and drift of these viruses highlight the urgent need for a universal influenza vaccine ...H1N1 influenza viruses are responsible for both seasonal and pandemic influenza. The continual antigenic shift and drift of these viruses highlight the urgent need for a universal influenza vaccine to elicit broadly neutralizing antibodies (bnAbs). Identification and characterization of bnAbs elicited in natural infection and immunization to influenza virus hemagglutinin (HA) can provide insights for development of a universal influenza vaccine. Here, we structurally and biophysically characterize four antibodies that bind to a conserved region on the HA membrane-proximal region known as the anchor epitope. Despite some diversity in their V and V genes, the antibodies interact with the HA through germline-encoded residues in HCDR2 and LCDR3. Somatic mutations on HCDR3 also contribute hydrophobic interactions with the conserved HA epitope. This convergent binding mode provides extensive neutralization breadth against H1N1 viruses and suggests possible countermeasures against H1N1 viruses.
履歴
登録2024年9月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46994.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46994.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 512 pix.
= 367.616 Å		0.72 Å/pix.
x 512 pix.
= 367.616 Å		0.72 Å/pix.
x 512 pix.
= 367.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.718 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.101
最小 - 最大-0.45619914 - 0.70328796
平均 (標準偏差)-0.0000083736895 (±0.0146011785)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 367.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46994_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46994_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hemagglutinin CA09 homotrimer bound to anchor fab

全体名称: Hemagglutinin CA09 homotrimer bound to anchor fab
要素
  • 複合体: Hemagglutinin CA09 homotrimer bound to anchor fab
    • 複合体: Fab
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
    • 複合体: Hemagglutinin HA1/2
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Hemagglutinin CA09 homotrimer bound to anchor fab

超分子名称: Hemagglutinin CA09 homotrimer bound to anchor fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Fab

超分子名称: Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #3: Hemagglutinin HA1/2

超分子名称: Hemagglutinin HA1/2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4

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分子 #1: Fab light chain

分子名称: Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.803136 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASESVS TYLAWYQKKP GQAPRLLIYD ASHRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLES EDFGVYYCQ QRSNWPPITF GQGTRLEIK

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分子 #2: Fab heavy chain

分子名称: Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.490038 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFR IYAMHWVRQA PGKGLEWVAV ISNEGTNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRPE DAAVYYCARD PSNPPHWGNF DSWGQGTLVT VSS

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分子 #3: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 35.960562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GDTLCIGYHA NNSTDTVDTV LEKNVTVTHS VNLLEDKHNG KLCKLRGVAP LHLGKCNIAG WILGNPECES LSTASSWSYI VETPSSDNG TCYPGDFIDY EELREQLSSV SSFERFEIFP KTSSWPNHDS NKGVTAACPH AGAKSFYKNL IWLVKKGNSY P KLSKSYIN ...文字列:
GDTLCIGYHA NNSTDTVDTV LEKNVTVTHS VNLLEDKHNG KLCKLRGVAP LHLGKCNIAG WILGNPECES LSTASSWSYI VETPSSDNG TCYPGDFIDY EELREQLSSV SSFERFEIFP KTSSWPNHDS NKGVTAACPH AGAKSFYKNL IWLVKKGNSY P KLSKSYIN DKGKEVLVLW GIHHPSTSAD QQSLYQNADT YVFVGSSRYS KKFKPEIAIR PKVRDQEGRM NYYWTLVEPG DK ITFEATG NLVVPRYAFA MERNAGSGII ISDTPVHDCN TTCQTPKGAI NTSLPFQNIH PITIGKCPKY VKSTKLRLAT GLR NIPS

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #4: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 26.516307 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IQSRGLFGAI AGFIEGGWTG MVDGWYGYHH QNEQGSGYAA DLKSTQNAID KITNKVNSVI EKMNTQFTAV GKEFNHLEKR IENLNKKVD DGFLDIWTYN AELLVLLENE RTLDYHDSNV KNLYEKVRSQ LKNNAKEIGN GCFEFYHKCD NTCMESVKNG T YDYPKYSE ...文字列:
IQSRGLFGAI AGFIEGGWTG MVDGWYGYHH QNEQGSGYAA DLKSTQNAID KITNKVNSVI EKMNTQFTAV GKEFNHLEKR IENLNKKVD DGFLDIWTYN AELLVLLENE RTLDYHDSNV KNLYEKVRSQ LKNNAKEIGN GCFEFYHKCD NTCMESVKNG T YDYPKYSE EAKLNREEID GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLG SGLNDIFEAQ KIEWHEGHHH HHH

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3150 / 平均電子線量: 44.94 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 190000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.1.2) / 使用した粒子像数: 90138
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

4m4y

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelUsed for modelling HA
source_name: Other, initial_model_type: in silico modelFab initial model was built with Abodybuilder2
得られたモデル

PDB-9dm0:
Cryo-EM structure of the SFV009 3G01 Fab in complex with A/California/04/2009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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