[日本語] English
万見
- EMDB-46798: Human V-ATPase Vo subcomplex (containing subunit isoform a4) boun... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46798
タイトルHuman V-ATPase Vo subcomplex (containing subunit isoform a4) bound to nanobody and inhibitor
マップデータHuman V-ATPase Vo subcomplex (containing subunit isoform a4) bound to nanobody and inhibitor
試料
  • 複合体: Vo subcomplex from human V-ATPase bound to Nanobody and inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 5種
キーワードV-ATPase / lipid nanodisc / Vo subcomplex / inhibitor / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting two-sector ATPase complex / Ion channel transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / renal tubular secretion / intracellular pH reduction / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / eye pigmentation / central nervous system maturation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / rostrocaudal neural tube patterning ...proton-transporting two-sector ATPase complex / Ion channel transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / renal tubular secretion / intracellular pH reduction / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / eye pigmentation / central nervous system maturation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / rostrocaudal neural tube patterning / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / Golgi lumen acidification / synaptic vesicle lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / Transferrin endocytosis and recycling / cellular response to increased oxygen levels / vacuolar transport / endosome to plasma membrane protein transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / clathrin-coated vesicle membrane / lysosomal lumen acidification / endosomal lumen acidification / regulation of pH / XBP1(S) activates chaperone genes / proton-transporting V-type ATPase complex / Amino acids regulate mTORC1 / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / osteoclast development / vacuolar acidification / ROS and RNS production in phagocytes / regulation of cellular pH / dendritic spine membrane / azurophil granule membrane / ATPase activator activity / regulation of MAPK cascade / autophagosome membrane / tertiary granule membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / ficolin-1-rich granule membrane / cilium assembly / RHOA GTPase cycle / positive regulation of Wnt signaling pathway / regulation of macroautophagy / transporter activator activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / Insulin receptor recycling / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / axon terminus / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / RNA endonuclease activity / proton transmembrane transport / ossification / receptor-mediated endocytosis / brush border membrane / sensory perception of sound / small GTPase binding / transmembrane transport / phagocytic vesicle membrane / apical part of cell / synaptic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / signaling receptor activity / ATPase binding / basolateral plasma membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / intracellular iron ion homeostasis / postsynaptic membrane / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / apical plasma membrane / Golgi membrane / axon / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / : / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / Renin receptor N-terminal domain / : / V-type proton ATPase subunit f-like ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / : / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / Renin receptor N-terminal domain / : / V-type proton ATPase subunit f-like / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit e 1 / Renin receptor / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit d 1 / V-type proton ATPase subunit S1 / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Oot RA / Park JB / Roh S-H / Wilkens S
資金援助 米国, 韓国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141908 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA228340 米国
Other private73258
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1A6C101A183 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021M3A9I4021220 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inhibitor bound Vo subcomplex from human V-ATPase
著者: Oot RA / Park JB / Roh S-H / Wilkens S
履歴
登録2024年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_46798.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46798.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human V-ATPase Vo subcomplex (containing subunit isoform a4) bound to nanobody and inhibitor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0
最小 - 最大-18.650480000000002 - 30.665168999999999
平均 (標準偏差)0.0052858335 (±0.995727)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Vo subcomplex from human V-ATPase bound to Nanobody and inhibitor

全体名称: Vo subcomplex from human V-ATPase bound to Nanobody and inhibitor
要素
  • 複合体: Vo subcomplex from human V-ATPase bound to Nanobody and inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e 1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease kappa
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit S1
    • タンパク質・ペプチド: Renin receptor
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit d 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4
    • タンパク質・ペプチド: Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: Cladoniamide A
  • リガンド: methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate

+
超分子 #1: Vo subcomplex from human V-ATPase bound to Nanobody and inhibitor

超分子名称: Vo subcomplex from human V-ATPase bound to Nanobody and inhibitor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
詳細: Subunit a, isoform 4 (a4) carrying a C-terminal 2x FLAG tag was stably expressed in HEK293F cells. All other subunits present in the complex are endogenously expressed and have formed a ...詳細: Subunit a, isoform 4 (a4) carrying a C-terminal 2x FLAG tag was stably expressed in HEK293F cells. All other subunits present in the complex are endogenously expressed and have formed a complex with the FLAG tagged a4. The Nanobody was raised against a4 and used for concentrating the sample for EM. A small molecule inhibitor is also bound to the complex.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: Membranes

+
分子 #1: V-type proton ATPase subunit e 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit e 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.380329 KDa
配列文字列:
MAYHGLTVPL IVMSVFWGFV GFLVPWFIPK GPNRGVIITM LVTCSVCCYL FWLIAILAQL NPLFGPQLKN ETIWYLKYHW P

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit e 1

+
分子 #2: Ribonuclease kappa

分子名称: Ribonuclease kappa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.43522 KDa
配列文字列:
MGWLRPGPRP LCPPARASWA FSHRFPSPLA PRRSPTPFFM ASLLCCGPKL AACGIVLSAW GVIMLIMLGI FFNVHSAVLI EDVPFTEKD FENGPQNIYN LYEQVSYNCF IAAGLYLLLG GFSFCQVRLN KRKEYMVR

UniProtKB: Ribonuclease kappa

+
分子 #3: V-type proton ATPase subunit S1

分子名称: V-type proton ATPase subunit S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.06748 KDa
配列文字列: MMAAMATARV RMGPRCAQAL WRMPWLPVFL SLAAAAAAAA AEQQVPLVLW SSDRDLWAPA ADTHEGHITS DLQLSTYLDP ALELGPRNV LLFLQDKLSI EDFTAYGGVF GNKQDSAFSN LENALDLAPS SLVLPAVDWY AVSTLTTYLQ EKLGASPLHV D LATLRELK ...文字列:
MMAAMATARV RMGPRCAQAL WRMPWLPVFL SLAAAAAAAA AEQQVPLVLW SSDRDLWAPA ADTHEGHITS DLQLSTYLDP ALELGPRNV LLFLQDKLSI EDFTAYGGVF GNKQDSAFSN LENALDLAPS SLVLPAVDWY AVSTLTTYLQ EKLGASPLHV D LATLRELK LNASLPALLL IRLPYTASSG LMAPREVLTG NDEVIGQVLS TLKSEDVPYT AALTAVRPSR VARDVAVVAG GL GRQLLQK QPVSPVIHPP VSYNDTAPRI LFWAQNFSVA YKDQWEDLTP LTFGVQELNL TGSFWNDSFA RLSLTYERLF GTT VTFKFI LANRLYPVSA RHWFTMERLE VHSNGSVAYF NASQVTGPSI YSFHCEYVSS LSKKGSLLVA RTQPSPWQMM LQDF QIQAF NVMGEQFSYA SDCASFFSPG IWMGLLTSLF MLFIFTYGLH MILSLKTMDR FDDHKGPTIS LTQIV

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit S1

+
分子 #4: Renin receptor

分子名称: Renin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.045855 KDa
配列文字列: MAVFVVLLAL VAGVLGNEFS ILKSPGSVVF RNGNWPIPGE RIPDVAALSM GFSVKEDLSW PGLAVGNLFH RPRATVMVMV KGVNKLALP PGSVISYPLE NAVPFSLDSV ANSIHSLFSE ETPVVLQLAP SEERVYMVGK ANSVFEDLSV TLRQLRNRLF Q ENSVLSSL ...文字列:
MAVFVVLLAL VAGVLGNEFS ILKSPGSVVF RNGNWPIPGE RIPDVAALSM GFSVKEDLSW PGLAVGNLFH RPRATVMVMV KGVNKLALP PGSVISYPLE NAVPFSLDSV ANSIHSLFSE ETPVVLQLAP SEERVYMVGK ANSVFEDLSV TLRQLRNRLF Q ENSVLSSL PLNSLSRNNE VDLLFLSELQ VLHDISSLLS RHKHLAKDHS PDLYSLELAG LDEIGKRYGE DSEQFRDASK IL VDALQKF ADDMYSLYGG NAVVELVTVK SFDTSLIRKT RTILEAKQAK NPASPYNLAY KYNFEYSVVF NMVLWIMIAL ALA VIITSY NIWNMDPGYD SIIYRMTNQK IRMD

UniProtKB: Renin receptor

+
分子 #5: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit

分子名称: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.418213 KDa
配列文字列: MTGLALLYSG VFVAFWACAL AVGVCYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATDPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ ...文字列:
MTGLALLYSG VFVAFWACAL AVGVCYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATDPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ NPSLFVKILI VEIFGSAIGL FGVIVAILQT SRVKMGD

UniProtKB: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''

+
分子 #6: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

分子名称: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.743655 KDa
配列文字列:
MSESKSGPEY ASFFAVMGAS AAMVFSALGA AYGTAKSGTG IAAMSVMRPE QIMKSIIPVV MAGIIAIYGL VVAVLIANSL NDDISLYKS FLQLGAGLSV GLSGLAAGFA IGIVGDAGVR GTAQQPRLFV GMILILIFAE VLGLYGLIVA LILSTK

UniProtKB: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c

+
分子 #7: V-type proton ATPase subunit d 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit d 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.369949 KDa
配列文字列: MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDRLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI ...文字列:
MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDRLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI SEQDLDEMNI EIIRNTLYKA YLESFYKFCT LLGGTTADAM CPILEFEADR RAFIITINSF GTELSKEDRA KL FPHCGRL YPEGLAQLAR ADDYEQVKNV ADYYPEYKLL FEGAGSNPGD KTLEDRFFEH EVKLNKLAFL NQFHFGVFYA FVK LKEQEC RNIVWIAECI AQRHRAKIDN YIPIF

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit d 1

+
分子 #8: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4

分子名称: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: C-terminal 2 x FLAG tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 99.168164 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVSVFRSEEM CLSQLFLQVE AAYCCVAELG ELGLVQFKDL NMNVNSFQRK FVNEVRRCES LERILRFLED EMQNEIVVQL LEKSPLTPL PREMITLETV LEKLEGELQE ANQNQQALKQ SFLELTELKY LLKKTQDFFE TETNLADDFF TEDTSGLLEL K AVPAYMTG ...文字列:
MVSVFRSEEM CLSQLFLQVE AAYCCVAELG ELGLVQFKDL NMNVNSFQRK FVNEVRRCES LERILRFLED EMQNEIVVQL LEKSPLTPL PREMITLETV LEKLEGELQE ANQNQQALKQ SFLELTELKY LLKKTQDFFE TETNLADDFF TEDTSGLLEL K AVPAYMTG KLGFIAGVIN RERMASFERL LWRICRGNVY LKFSEMDAPL EDPVTKEEIQ KNIFIIFYQG EQLRQKIKKI CD GFRATVY PCPEPAVERR EMLESVNVRL EDLITVITQT ESHRQRLLQE AAANWHSWLI KVQKMKAVYH ILNMCNIDVT QQC VIAEIW FPVADATRIK RALEQGMELS GSSMAPIMTT VQSKTAPPTF NRTNKFTAGF QNIVDAYGVG SYREINPAPY TIIT FPFLF AVMFGDCGHG TVMLLAALWM ILNERRLLSQ KTDNEIWNTF FHGRYLILLM GIFSIYTGLI YNDCFSKSLN IFGSS WSVQ PMFRNGTWNT HVMEESLYLQ LDPAIPGVYF GNPYPFGIDP IWNLASNKLT FLNSYKMKMS VILGIVQMVF GVILSL FNH IYFRRTLNII LQFIPEMIFI LCLFGYLVFM IIFKWCCFDV HVSQHAPSIL IHFINMFLFN YSDSSNAPLY KHQQEVQ SF FVVMALISVP WMLLIKPFIL RASHRKSQLQ ASRIQEDATE NIEGDSSSPS SRSGQRTSAD THGALDDHGE EFNFGDVF V HQAIHTIEYC LGCISNTASY LRLWALSLAH AQLSEVLWTM VMNSGLQTRG WGGIVGVFII FAVFAVLTVA ILLIMEGLS AFLHALRLHW VEFQNKFYVG DGYKFSPFSF KHILDGTAEE GDLDYKDDDD KLDYKDDDDK ADL

UniProtKB: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4

+
分子 #9: Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66

分子名称: Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 15.14292 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGQVQLQESG GGLVQAGGSL RLSCAGSGRT FTYHTMGWFR QAPGKEREFV ASINWSDTRL YYTDSVKGRF TISRDNAKST VYLQMNSLK PEDTAVYYCV ATAMTTGATM TVDNVDYWGQ GTQVTVSSAA ALEVLFQGPK

+
分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
分子 #11: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

+
分子 #12: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

+
分子 #13: Cladoniamide A

分子名称: Cladoniamide A / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 9 / 式: A1A4Q
分子量理論値: 437.833 Da

+
分子 #14: methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-t...

分子名称: methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: WJP
分子量理論値: 534.603 Da
Chemical component information

ChemComp-WJP:
methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris
0.5 mMC10H14N2Na2O8Ethylenediaminetetraacetic acid
2.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol

詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 39.96 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 144439
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る