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万見
- EMDB-46795: Human V-ATPase Vo subcomplex bound to inhibitor and nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46795
タイトルHuman V-ATPase Vo subcomplex bound to inhibitor and nanobody
マップデータHuman V-ATPase Vo subcomplex bound to inhibitor and nanobody
試料
  • 複合体: Vo subcomplex from human V-ATPase bound to Nanobody and inhibitor
キーワードV-ATPase / lipid nanodisc / Vo subcomplex / inhibitor / MEMBRANE PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Oot RA / Park JB / Roh S-H / Wilkens S
資金援助 米国, 韓国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141908 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA228340 米国
Other private73258
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1A6C101A183 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021M3A9I4021220 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inhibitor bound Vo subcomplex from human V-ATPase
著者: Oot RA / Park JB / Roh S-H / Wilkens S
履歴
登録2024年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46795.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46795.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human V-ATPase Vo subcomplex bound to inhibitor and nanobody
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.34
最小 - 最大-1.3055632 - 2.1351194
平均 (標準偏差)0.00016513046 (±0.06719558)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map for cryosparc P14 J99 005 volume map sharp consensus map.mrc

ファイルemd_46795_half_map_1.map
注釈half map for cryosparc_P14_J99_005_volume_map_sharp_consensus_map.mrc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map for cryosparc P14 J99 005 volume map sharp consensus map.mrc

ファイルemd_46795_half_map_2.map
注釈half map for cryosparc_P14_J99_005_volume_map_sharp_consensus_map.mrc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vo subcomplex from human V-ATPase bound to Nanobody and inhibitor

全体名称: Vo subcomplex from human V-ATPase bound to Nanobody and inhibitor
要素
  • 複合体: Vo subcomplex from human V-ATPase bound to Nanobody and inhibitor

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超分子 #1: Vo subcomplex from human V-ATPase bound to Nanobody and inhibitor

超分子名称: Vo subcomplex from human V-ATPase bound to Nanobody and inhibitor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
詳細: Subunit a, isoform 4 (a4) carrying a C-terminal 2x FLAG tag was stably expressed in HEK293F cells. All other subunits present in the complex are endogenously expressed and have formed a ...詳細: Subunit a, isoform 4 (a4) carrying a C-terminal 2x FLAG tag was stably expressed in HEK293F cells. All other subunits present in the complex are endogenously expressed and have formed a complex with the FLAG tagged a4. The Nanobody was raised against a4 and used for concentrating the sample for EM. A small molecule inhibitor is also bound to the complex.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: Membranes

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris
0.5 mMC10H14N2Na2O8Ethylenediaminetetraacetic acid
2.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol

詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 39.96 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 144439
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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