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万見
- PDB-9det: Human V-ATPase Vo subcomplex (containing subunit isoform a4) boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9det
タイトルHuman V-ATPase Vo subcomplex (containing subunit isoform a4) bound to nanobody and inhibitor
要素
  • (V-type proton ATPase ...) x 6
  • Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66
  • Renin receptor
  • Ribonuclease kappa
キーワードMEMBRANE PROTEIN / V-ATPase / lipid nanodisc / Vo subcomplex / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting two-sector ATPase complex / Ion channel transport / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / intracellular pH reduction / renal tubular secretion / eye pigmentation / central nervous system maturation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / rostrocaudal neural tube patterning ...proton-transporting two-sector ATPase complex / Ion channel transport / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / intracellular pH reduction / renal tubular secretion / eye pigmentation / central nervous system maturation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / rostrocaudal neural tube patterning / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / Golgi lumen acidification / synaptic vesicle lumen acidification / vacuolar transport / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / Transferrin endocytosis and recycling / cellular response to increased oxygen levels / endosome to plasma membrane protein transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / clathrin-coated vesicle membrane / lysosomal lumen acidification / endosomal lumen acidification / regulation of pH / XBP1(S) activates chaperone genes / proton-transporting V-type ATPase complex / Amino acids regulate mTORC1 / head morphogenesis / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / osteoclast development / ROS and RNS production in phagocytes / vacuolar acidification / regulation of cellular pH / dendritic spine membrane / azurophil granule membrane / ATPase activator activity / regulation of MAPK cascade / autophagosome membrane / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / cilium assembly / RHOA GTPase cycle / regulation of macroautophagy / positive regulation of Wnt signaling pathway / transporter activator activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / Insulin receptor recycling / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / axon terminus / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / RNA endonuclease activity / proton transmembrane transport / receptor-mediated endocytosis / ossification / brush border membrane / sensory perception of sound / small GTPase binding / transmembrane transport / phagocytic vesicle membrane / apical part of cell / synaptic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / signaling receptor activity / ATPase binding / basolateral plasma membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / intracellular iron ion homeostasis / postsynaptic membrane / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / apical plasma membrane / Golgi membrane / axon / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / : / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / Renin receptor N-terminal domain / Ribonuclease kappa / : ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / : / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / Renin receptor N-terminal domain / Ribonuclease kappa / : / V-type proton ATPase subunit f-like / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CHOLESTEROL / Chem-POV / Chem-WJP / V-type proton ATPase subunit e 1 / Renin receptor / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit d 1 / V-type proton ATPase subunit S1 / Ribonuclease kappa ...: / CHOLESTEROL / Chem-POV / Chem-WJP / V-type proton ATPase subunit e 1 / Renin receptor / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit d 1 / V-type proton ATPase subunit S1 / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Oot, R.A. / Park, J.B. / Roh, S.-H. / Wilkens, S.
資金援助 米国, 韓国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141908 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA228340 米国
Other private73258
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1A6C101A183 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021M3A9I4021220 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inhibitor bound Vo subcomplex from human V-ATPase
著者: Oot, R.A. / Park, J.B. / Roh, S.-H. / Wilkens, S.
履歴
登録2024年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
e: V-type proton ATPase subunit e 1
f: Ribonuclease kappa
o: V-type proton ATPase subunit S1
p: Renin receptor
b: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
c: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
g: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
h: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
i: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
j: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
k: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
l: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
m: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
n: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
d: V-type proton ATPase subunit d 1
a: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4
q: Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)442,63339
ポリマ－433,72117
非ポリマー8,91222
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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V-type proton ATPase ... , 6種, 14分子 eobcghijklmnda

#1: タンパク質 V-type proton ATPase subunit e 1 / V-ATPase subunit e 1 / V-ATPase 9.2 kDa membrane accessory protein / V-ATPase M9.2 subunit / ...V-ATPase subunit e 1 / V-ATPase 9.2 kDa membrane accessory protein / V-ATPase M9.2 subunit / Vacuolar proton pump subunit e 1


分子量: 9380.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: O15342
#3: タンパク質 V-type proton ATPase subunit S1 / V-ATPase subunit S1 / Protein XAP-3 / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / ...V-ATPase subunit S1 / Protein XAP-3 / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / Vacuolar proton pump subunit S1


分子量: 52067.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q15904
#5: タンパク質 V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 21 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 21 kDa proteolipid subunit / hATPL


分子量: 21418.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q99437
#6: タンパク質
V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 16 kDa proteolipid subunit


分子量: 15743.655 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P27449
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit d 1 / V-ATPase subunit d 1 / 32 kDa accessory protein / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V-ATPase AC39 ...V-ATPase subunit d 1 / 32 kDa accessory protein / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V-ATPase AC39 subunit / p39 / Vacuolar proton pump subunit d 1


分子量: 40369.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P61421
#8: タンパク質 V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4 / V-ATPase 116 kDa isoform a 4 / Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a isoform 4 / ...V-ATPase 116 kDa isoform a 4 / Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a isoform 4 / Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a kidney isoform


分子量: 99168.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal 2 x FLAG tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP6V0A4, ATP6N1B, ATP6N2 / プラスミド: pCDNA3 / 詳細 (発現宿主): C-terminal 2x FLAG tag / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HBG4

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タンパク質 , 2種, 2分子 fp

#2: タンパク質 Ribonuclease kappa / RNase kappa


分子量: 15435.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F
参照: UniProt: Q6P5S7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#4: タンパク質 Renin receptor / ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal- ...ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal-interacting protein 2 / ER-localized type I transmembrane adapter / Embryonic liver differentiation factor 10 / N14F / Renin/prorenin receptor / Vacuolar ATP synthase membrane sector-associated protein M8-9 / V-ATPase M8.9 subunit


分子量: 39045.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: O75787

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抗体 / 糖 , 2種, 9分子 q

#10: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 抗体 Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66


分子量: 15142.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 14分子

#11: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#12: 化合物 ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物
ChemComp-A1A4Q / Cladoniamide A


分子量: 437.833 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H16ClN3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物 ChemComp-WJP / methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate / dolichol-pp


分子量: 534.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H48O7P2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vo subcomplex from human V-ATPase bound to Nanobody and inhibitor
タイプ: COMPLEX
詳細: Subunit a, isoform 4 (a4) carrying a C-terminal 2x FLAG tag was stably expressed in HEK293F cells. All other subunits present in the complex are endogenously expressed and have formed a ...詳細: Subunit a, isoform 4 (a4) carrying a C-terminal 2x FLAG tag was stably expressed in HEK293F cells. All other subunits present in the complex are endogenously expressed and have formed a complex with the FLAG tagged a4. The Nanobody was raised against a4 and used for concentrating the sample for EM. A small molecule inhibitor is also bound to the complex.
Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: Membranes
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F / プラスミド: pCDNA3
緩衝液pH: 7.2
詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium ChlorideNaCl1
220 mMTrisC4H11NO31
30.5 mMEthylenediaminetetraacetic acidC10H14N2Na2O81
42 mMDithiothreitolC4H10O2S21
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 39.96 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 144439 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00325649
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45434857
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.3534076
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0364016
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0034414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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