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- EMDB-46686: Structure of human UBR4-KCMF1-CaM E3 ligase complex (Silencing Fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46686
タイトルStructure of human UBR4-KCMF1-CaM E3 ligase complex (Silencing Factor of the Integrated stress response, SiFI)
マップデータ
試料
  • 複合体: Endogenous UBR4-KCMF1-CaM E3 Ligase complex (Silencing Factor of the Integrated stress response)
    • タンパク質・ペプチド: UBR4 (endogenously FLAG-tagged at the N-terminus),E3 ubiquitin-protein ligase UBR4,E3 ubiquitin-protein ligase UBR4,E3 ubiquitin-protein ligase UBR4
    • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-1
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase KCMF1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードE3 liase / UBR4 / SIFI / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of HRI-mediated signaling / synaptic signaling / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / protein K27-linked ubiquitination / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / protein branched polyubiquitination / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / endosome organization / cytoplasm protein quality control / protein K11-linked ubiquitination ...negative regulation of HRI-mediated signaling / synaptic signaling / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / protein K27-linked ubiquitination / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / protein branched polyubiquitination / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / endosome organization / cytoplasm protein quality control / protein K11-linked ubiquitination / CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / PKA activation / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of cardiac muscle cell action potential / presynaptic endocytosis / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Phase 0 - rapid depolarisation / calcineurin-mediated signaling / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / RHO GTPases activate PAKs / Ion transport by P-type ATPases / Uptake and function of anthrax toxins / tertiary granule membrane / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Long-term potentiation / protein phosphatase activator activity / Calcineurin activates NFAT / ficolin-1-rich granule membrane / Regulation of MECP2 expression and activity / DARPP-32 events / protein K63-linked ubiquitination / Smooth Muscle Contraction / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / catalytic complex / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / protein K48-linked ubiquitination / specific granule membrane / cellular response to interferon-beta / Protein methylation / calcium channel inhibitor activity / Activation of AMPK downstream of NMDARs / presynaptic cytosol / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / Ion homeostasis / eNOS activation / titin binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / sperm midpiece / regulation of calcium-mediated signaling / voltage-gated potassium channel complex / calcium channel complex / positive regulation of autophagy / FCERI mediated Ca+2 mobilization / substantia nigra development / regulation of heart rate / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / calyx of Held / adenylate cyclase activator activity / sarcomere / VEGFR2 mediated cell proliferation / protein serine/threonine kinase activator activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / regulation of cytokinesis / spindle microtubule / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / calcium channel regulator activity / RAF activation / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / response to calcium ion / RING-type E3 ubiquitin transferase / cellular response to type II interferon / Stimuli-sensing channels / G2/M transition of mitotic cell cycle / long-term synaptic potentiation / spindle pole / RAS processing
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase UBR4, N-terminal / : / E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 N-terminal / Drought induced 19 protein type, zinc-binding domain / Drought induced 19 protein (Di19), zinc-binding / : / E3 ubiquitin-protein ligase UBR4-like domain / E3 ubiquitin ligase UBR4, C-terminal / E3 ubiquitin ligase UBR4-like / E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 ...E3 ubiquitin-protein ligase UBR4, N-terminal / : / E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 N-terminal / Drought induced 19 protein type, zinc-binding domain / Drought induced 19 protein (Di19), zinc-binding / : / E3 ubiquitin-protein ligase UBR4-like domain / E3 ubiquitin ligase UBR4, C-terminal / E3 ubiquitin ligase UBR4-like / E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 / UBR4 E3 catalytic module profile. / : / Putative zinc finger in N-recognin (UBR box) / Zinc finger, UBR-type / Zinc finger UBR-type profile. / Putative zinc finger in N-recognin, a recognition component of the N-end rule pathway / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / zinc finger / : / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2-type / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 / E3 ubiquitin-protein ligase KCMF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yang Z / Rape M
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of SIFI activity in the integrated stress response.
著者: Zhi Yang / Diane L Haakonsen / Michael Heider / Samuel R Witus / Alex Zelter / Tobias Beschauner / Michael J MacCoss / Michael Rapé /
要旨: Chronic stress response activation impairs cell survival and causes devastating degenerative diseases. Organisms accordingly deploy silencing factors, such as the E3 ubiquitin ligase silencing factor ...Chronic stress response activation impairs cell survival and causes devastating degenerative diseases. Organisms accordingly deploy silencing factors, such as the E3 ubiquitin ligase silencing factor of the integrated stress response (SIFI), to terminate stress response signalling and ensure cellular homeostasis. How a silencing factor can sense stress across cellular scales to elicit timely stress response inactivation is poorly understood. Here we combine cryo-electron microscopy analysis of endogenous SIFI with AlphaFold modelling and biochemical studies to report the structural and mechanistic basis of the silencing of the integrated stress response. SIFI detects both stress indicators and stress response components through flexible domains within an easily accessible scaffold, before building linkage-specific ubiquitin chains at separate, sterically restricted elongation modules. Ubiquitin handover by a ubiquitin-like domain couples versatile substrate modification to linkage-specific ubiquitin polymer formation. Stress response silencing therefore exploits a catalytic mechanism that is geared towards processing many diverse proteins and therefore allows a single enzyme to monitor and, if needed, modulate a complex cellular state.
履歴
登録2024年8月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46686.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46686.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
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x 420 pix.
= 440.16 Å		1.05 Å/pix.
x 420 pix.
= 440.16 Å		1.05 Å/pix.
x 420 pix.
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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
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表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.5782642 - 1.2547474
平均 (標準偏差)0.0017990822 (±0.021366308)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 440.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46686_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Gaussian filtered map with width sdev=1.6 to see...

ファイルemd_46686_additional_1.map
注釈Gaussian filtered map with width sdev=1.6 to see better density of the KCMF1n-DOC1-UBR region.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46686_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46686_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Endogenous UBR4-KCMF1-CaM E3 Ligase complex (Silencing Factor of ...

全体名称: Endogenous UBR4-KCMF1-CaM E3 Ligase complex (Silencing Factor of the Integrated stress response)
要素
  • 複合体: Endogenous UBR4-KCMF1-CaM E3 Ligase complex (Silencing Factor of the Integrated stress response)
    • タンパク質・ペプチド: UBR4 (endogenously FLAG-tagged at the N-terminus),E3 ubiquitin-protein ligase UBR4,E3 ubiquitin-protein ligase UBR4,E3 ubiquitin-protein ligase UBR4
    • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-1
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase KCMF1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Endogenous UBR4-KCMF1-CaM E3 Ligase complex (Silencing Factor of ...

超分子名称: Endogenous UBR4-KCMF1-CaM E3 Ligase complex (Silencing Factor of the Integrated stress response)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.3 MDa

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分子 #1: UBR4 (endogenously FLAG-tagged at the N-terminus),E3 ubiquitin-pr...

分子名称: UBR4 (endogenously FLAG-tagged at the N-terminus),E3 ubiquitin-protein ligase UBR4,E3 ubiquitin-protein ligase UBR4,E3 ubiquitin-protein ligase UBR4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: (endogenously FLAG-tagged at the N-terminus) / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 577.180938 KDa
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKATSGGEE AAAAAPAPGT PATGADTTPG WEVAVRPLLS ASYSAFEMKE LPQLVASVIE SESEILHHE KQYEPFYSSF VALSTHYITT VCSLIPRNQL QSVAAACKVL IEFSLLRLEN PDEACAVSQK HLILLIKGLC T GCSRLDRT ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKATSGGEE AAAAAPAPGT PATGADTTPG WEVAVRPLLS ASYSAFEMKE LPQLVASVIE SESEILHHE KQYEPFYSSF VALSTHYITT VCSLIPRNQL QSVAAACKVL IEFSLLRLEN PDEACAVSQK HLILLIKGLC T GCSRLDRT EIITFTAMMK SAKLPQTVKT LSDVEDQKEL ASPVSPELRQ KEVQMNFLNQ LTSVFNPRTV ASQPISTQTL VE GENDEQS STDQASAIKT KNVFIAQNVA SLQELGGSEK LLRVCLNLPY FLRYINRFQD AVLANSFFIM PATVADATAV RNG FHSLVI DVTMALDTLS LPVLEPLNPS RLQDVTVLSL SCLYAGVSVA TCMAILHVGS AQQVRTGSTS SKEDDYESDA ATIV QKCLE IYDMIGQAIS SSRRAGGEHY QNFQLLGAWC LLNSLFLILN LSPTALADKG KEKDPLAALR VRDILSRTKE GVGSP KLGP GKGHQGFGVL SVILANHAIK LLTSLFQDLQ VEALHKGWET DGPPAALSIM AQSTSIQRIQ RLIDSVPLMN LLLTLL STS YRKACVLQRQ RKGSMSSDAS ASTDSNTYYE DDFSSTEEDS SQDDDSEPIL GQWFEETISP SKEKAAPPPP PPPPPLE SS PRVKSPSKQA PGEKGNILAS RKDPELFLGL ASNILNFITS SMLNSRNNFI RNYLSVSLSE HHMATLASII KEVDKDGL K GSSDEEFAAA LYHFNHSLVT SDLQSPNLQN TLLQQLGVAP FSEGPWPLYI HPQSLSVLSR LLLIWQHKAS AQGDPDVPE CLKVWDRFLS TMKQNALQGV VPSETEDLNV EHLQMLLLIF HNFTETGRRA ILSLFVQIIQ ELSVNMDAQM RFVPLILARL LLIFDYLLH QYSKAPVYLF EQVQHNLLSP PFGWASGSQD SNSRRATTPL YHGFKEVEEN WSKHFSSDAV PHPRFYCVLS P EASEDDLN RLDSVACDVL FSKLVKYDEL YAALTALLAA GSQLDTVRRK ENKNVTALEA CALQYYFLIL WRILGILPPS KT YINQLSM NSPEMSECDI LHTLRWSSRL RISSYVNWIK DHLIKQGMKA EHASSLLELA STTKCSSVKY DVEIVEEYFA RQI SSFCSI DCTTILQLHE IPSLQSIYTL DAAISKVQVS LDEHFSKMAA ETDPHKSSEI TKNLLPATLQ LIDTYASFTR AYLL QNFNE EGTTEKPSKE KLQGFAAVLA IGSSRCKANT LGPTLVQNLP SSVQTVCESW NNINTNEFPN IGSWRNAFAN DTIPS ESYI SAVQAAHLGT LCSQSLPLAA SLKHTLLSLV RLTGDLIVWS DEMNPPQVIR TLLPLLLESS TESVAEISSN SLERIL GPA ESDEFLARVY EKLITGCYNI LANHADPNSG LDESILEECL QYLEKQLESS QARKAMEEFF SDSGELVQIM MATANEN LS AKFCNRVLKF FTKLFQLTEK SPNPSLLHLC GSLAQLACVE PVRLQAWLTR MTTSPPKDSD QLDVIQENRQ LLQLLTTY I VRENSQVGEG VCAVLLGTLT PMATEMLANG DGTGFPELMV VMATLASAGQ GAGHLQLHNA AVDWLSRCKK YLSQKNVVE KLNANVMHGK HVMILECTCH IMSYLADVTN ALSQSNGQGP SHLSVDGEER AIEVDSDWVE ELAVEEEDSQ AEDSDEDSLC NKLCTFTIT QKEFMNQHWY HCHTCKMVDG VGVCTVCAKV CHKDHEISYA KYGSFFCDCG AKEDGSCLAL VKRTPSSGMS S TMKESAFQ SEPRISESLV RHASTSSPAD KAKVTISDGK VADEEKPKKS SLCRTVEGCR EELQNQANFS FAPLVLDMLN FL MDAIQTN FQQASAVGSS SRAQQALSEL HTVEKAVEMT DQLMVPTLGS QEGAFENVRM NYSGDQGQTI RQLISAHVLR RVA MCVLSS PHGRRQHLAV SHEKGKITVL QLSALLKQAD SSKRKLTLTR LASAPVPFTV LSLTGNPCKE DYLAVCGLKD CHVL TFSSS GSVSDHLVLH PQLATGNFII KAVWLPGSQT ELAIVTADFV KIYDLCVDAL SPTFYFLLPS SKIRDVTFLF NEEGK NIIV IMSSAGYIYT QLMEEASSAQ QGPFYVTNVL EINHEDLKDS NSQVAGGGVS VYYSHVLQML FFSYCQGKSF AATISR TTL EVLQLFPINI KSSNGGSKTS PALCQWSEVM NHPGLVCCVQ QTTGVPLVVM VKPDTFLIQE IKTLPAKAKI QDMVAIR HT ACNEQQRTTM ILLCEDGSLR IYMANVENTS YWLQPSLQPS SVISIMKPVR KRKTATITTR TSSQVTFPID FFEHNQQL T DVEFGGNDLL QVYNAQQIKH RLNSTGMYVA NTKPGGFTIE ISNNNSTMVM TGMRIQIGTQ AIERAPSYIE IFGRTMQLN LSRSRWFDFP FTREEALQAD KKLNLFIGAS VDPAGVTMID AVKIYGKTKE QFGWPDEPPE EFPSASVSNI CPSNLNQSNG TGDSDSAAP TTTSGTVLER LVVSSLEALE SCFAVGPIIE KERNKNAAQE LATLLLSLPA PASVQQQSKS LLASLHTSRS A YHSHKDQA LLSKAVQCLN TSSKEGKDLD PEVFQRLVIT ARSIAIMRPN NLVHFTESKL PQMETEGMDE GKEPQKQLEG DC CSFITQL VNHFWKLHAS KPKNAFLAPA CLPGLTHIEA TVNALVDIIH GYCTCELDCI NTASKIYMQM LLCPDPAVSF SCK QALIRV LRPRNKRRHV TLPSSPRSNT PMGDKDDDDD DDADEKMQSS GIPNGGHIRQ ESQEQSEVDH GDFEMVSESM VLET AENVN NGNPSPLEAL LAGAEGFPPM LDIPPDADDE TMVELAIALS LQQDQQGSSS SALGLQSLGL SGQAPSSSSL DAGTL SDTT ASAPASDDEG STAATDGSTL RTSPADHGGS VGSESGGSAV DSVAGEHSVS GRSSAYGDAT AEGHPAGPGS VSSSTG AIS TTTGHQEGDG SEGEGEGETE GDVHTSNRLH MVRLMLLERL LQTLPQLRNV GGVRAIPYMQ VILMLTTDLD GEDEKDK GA LDNLLSQLIA ELGMDKKDVS KKNERSALNE VHLVVMRLLS VFMSRTKSGS KSSICESSSL ISSATAAALL SSGAVDYC L HVLKSLLEYW KSQQNDEEPV ATSQLLKPHT TSSPPDMSPF FLRQYVKGHA ADVFEAYTQL LTEMVLRLPY QIKKITDTN SRIPPPVFDH SWFYFLSEYL MIQQTPFVRR QVRKLLLFIC GSKEKYRQLR DLHTLDSHVR GIKKLLEEQG IFLRASVVTA SSGSALQYD TLISLMEHLK ACAEIAAQRT INWQKFCIKD DSVLYFLLQV SFLVDEGVSP VLLQLLSCAL CGSKVLAALA A SSGSSSAS SSSAPVAASS GQATTQSKSS TKKSKKEEKE KEKDGETSGS QEDQLCTALV NQLNKFADKE TLIQFLRCFL LE SNSSSVR WQAHCLTLHI YRNSSKSQQE LLLDLMWSIW PELPAYGRKA AQFVDLLGYF SLKTPQTEKK LKEYSQKAVE ILR TQNHIL TNHPNSNIYN TLSGLVEFDG YYLESDPCLV CNNPEVPFCY IKLSSIKVDT RYTTTQQVVK LIGSHTISKV TVKI GDLKR TKMVRTINLY YNNRTVQAIV ELKNKPARWH KAKKVQLTPG QTEVKIDLPL PIVASNLMIE FADFYENYQA STETL QCPR CSASVPANPG VCGNCGENVY QCHKCRSINY DEKDPFLCNA CGFCKYARFD FMLYAKPCCA VDPIENEEDR KKAVSN INT LLDKADRVYH QLMGHRPQLE NLLCKVNEAA PEKPQDDSGT AGGISSTSAS VNRYILQLAQ EYCGDCKNSF DELSKII QK VFASRKELLE YDLQQREAAT KSSRTSVQPT FTASQYRALS VLGCGHTSST KCYGCASAVT EHCITLLRAL ATNPALRH I LVSQGLIREL FDYNLRRGAA AMREEVRQLM CLLTRDNPEA TQQMNDLIIG KVSTALKGHW ANPDLASSLQ YEMLLLTDS ISKEDSCWEL RLRCALSLFL MAVNIKTPVV VENITLMCLR ILQKLIKPPA PTSKKNKDVP VEALTTVKPY CNEIHAQAQL WLKRDPKAS YDAWKKCLPI RGIDGNGKAP SKSELRHLYL TEKYVWRWKQ FLSRRGKRTS PLDLKLGHNN WLRQVLFTPA T QAARQAAC TIVEALATIP SRKQQVLDLL TSYLDELSIA GECAAEYLAL YQKLITSAHW KVYLAARGVL PYVGNLITKE IA RLLALEE ATLSTDLQQG YALKSLTGLL SSFVEVESIK RHFKSRLVGT VLNGYLCLRK LVVQRTKLID ETQDMLLEML EDM TTGTES ETKAFMAVCI ETAKRYNLDD YRTPVFIFER LCSIIYPEEN EVTEFFVTLE KDPQQEDFLQ GRMPGNPYSS NEPG IGPLM RDIKNKICQD CDLVALLEDD SGMELLVNNK IISLDLPVAE VYKKVWCTTN EGEPMRIVYR MRGLLGDATE EFIES LDST TDEEEDEEEV YKMAGVMAQC GGLECMLNRL AGIRDFKQGR HLLTVLLKLF SYCVKVKVNR QQLVKLEMNT LNVMLG TLN LALVAEQESK DSGGAAVAEQ VLSIMEIILD ESNAEPLSED KGNLLLTGDK DQLVMLLDQI NSTFVRSNPS VLQGLLR II PYLSFGEVEK MQILVERFKP YCNFDKYDED HSGDDKVFLD CFCKIAAGIK NNSNGHQLKD LILQKGITQN ALDYMKKH I PSAKNLDADI WKKFLSRPAL PFILRLLRGL AIQHPGTQVL IGTDSIPNLH KLEQVSSDEG IGTLAENLLE ALREHPDVN KKIDAARRET RAEKKRMAMA MRQKALGTLG MTTNEKGQVV TKTALLKQME ELIEEPGLTC CICREGYKFQ PTKVLGIYTF TKRVALEEM ENKPRKQQGY STVSHFNIVH YDCHLAAVRL ARGREEWESA ALQNANTKCN GLLPVWGPHV PESAFATCLA R HNTYLQEC TGQREPTYQL NIHDIKLLFL RFAMEQSFSA DTGGGGRESN IHLIPYIIHT VLYVLNTTRA TSREEKNLQG FL EQPKEKW VESAFEVDGP YYFTVLALHI LPPEQWRATR VEILRRLLVT SQARAVAPGG ATRLTDKAVK DYSAYRSSLL FWA LVDLIY NMFKKVPTSN TEGGWSCSLA EYIRHNDMPI YEAADKALKT FQEEFMPVET FSEFLDVAGL LSEITDPESF LKDL LNSVP

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase UBR4

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分子 #2: Calmodulin-1

分子名称: Calmodulin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.852545 KDa
配列文字列:
MADQLTEEQI AEFKEAFSLF DKDGDGTITT KELGTVMRSL GQNPTEAELQ DMINEVDADG NGTIDFPEFL TMMARKMKDT DSEEEIREA FRVFDKDGNG YISAAELRHV MTNLGEKLTD EEVDEMIREA DIDGDGQVNY EEFVQMMTAK

UniProtKB: Calmodulin-1

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分子 #3: E3 ubiquitin-protein ligase KCMF1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase KCMF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.992348 KDa
配列文字列: MSRHEGVSCD ACLKGNFRGR RYKCLICYDY DLCASCYESG ATTTRHTTDH PMQCILTRVD FDLYYGGEAF SVEQPQSFTC PYCGKMGYT ETSLQEHVTS EHAETSTEVI CPICAALPGG DPNHVTDDFA AHLTLEHRAP RDLDESSGVR HVRRMFHPGR G LGGPRARR ...文字列:
MSRHEGVSCD ACLKGNFRGR RYKCLICYDY DLCASCYESG ATTTRHTTDH PMQCILTRVD FDLYYGGEAF SVEQPQSFTC PYCGKMGYT ETSLQEHVTS EHAETSTEVI CPICAALPGG DPNHVTDDFA AHLTLEHRAP RDLDESSGVR HVRRMFHPGR G LGGPRARR SNMHFTSSST GGLSSSQSSY SPSNREAMDP IAELLSQLSG VRRSAGGQLN SSGPSASQLQ QLQMQLQLER QH AQAARQQ LETARNATRR TNTSSVTTTI TQSTATTNIA NTESSQQTLQ NSQFLLTRLN DPKMSETERQ SMESERADRS LFV QELLLS TLVREESSSS DEDDRGEMAD FGAMGCVDIM PLDVALENLN LKESNKGNEP PPPPL

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase KCMF1

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 20 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: cryoSPARC ab initio model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / 使用した粒子像数: 126380
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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