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- EMDB-46688: Cryo-EM map of the human UBR4-KCMF1-CaM E3 Ligase complex (Silenc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46688
タイトルCryo-EM map of the human UBR4-KCMF1-CaM E3 Ligase complex (Silencing Factor of the Integrated stress response, SiFI) N-terminal region
マップデータ
試料
  • 複合体: UBR4-KCMF1-CaM complex (Silencing Factor of the Integrated stress response, SiFI)
    • タンパク質・ペプチド: UBR4-KCMF1-CaM complex (Silencing Factor of the Integrated stress response, SiFI)
キーワードE3 ligase / LIGASE / UBR4
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of HRI-mediated signaling / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / protein K27-linked ubiquitination / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / protein branched polyubiquitination / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / endosome organization / cytoplasm protein quality control / protein K11-linked ubiquitination / tertiary granule membrane ...negative regulation of HRI-mediated signaling / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / protein K27-linked ubiquitination / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / protein branched polyubiquitination / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / endosome organization / cytoplasm protein quality control / protein K11-linked ubiquitination / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / protein K48-linked ubiquitination / specific granule membrane / positive regulation of autophagy / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to oxidative stress / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / calmodulin binding / endosome / protein stabilization / centrosome / Neutrophil degranulation / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase UBR4, N-terminal / : / E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 N-terminal / UBR4 E3 catalytic module profile. / E3 ubiquitin ligase UBR4, C-terminal / E3 ubiquitin ligase UBR4-like / E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 / Putative zinc finger in N-recognin (UBR box) / Zinc finger, UBR-type / Zinc finger UBR-type profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase UBR4, N-terminal / : / E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 N-terminal / UBR4 E3 catalytic module profile. / E3 ubiquitin ligase UBR4, C-terminal / E3 ubiquitin ligase UBR4-like / E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 / Putative zinc finger in N-recognin (UBR box) / Zinc finger, UBR-type / Zinc finger UBR-type profile. / Putative zinc finger in N-recognin, a recognition component of the N-end rule pathway / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase UBR4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yang Z / Haakonsen DL / Rape M
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of SIFI activity in the integrated stress response.
著者: Zhi Yang / Diane L Haakonsen / Michael Heider / Samuel R Witus / Alex Zelter / Tobias Beschauner / Michael J MacCoss / Michael Rapé /
要旨: Chronic stress response activation impairs cell survival and causes devastating degenerative diseases. Organisms accordingly deploy silencing factors, such as the E3 ubiquitin ligase silencing factor ...Chronic stress response activation impairs cell survival and causes devastating degenerative diseases. Organisms accordingly deploy silencing factors, such as the E3 ubiquitin ligase silencing factor of the integrated stress response (SIFI), to terminate stress response signalling and ensure cellular homeostasis. How a silencing factor can sense stress across cellular scales to elicit timely stress response inactivation is poorly understood. Here we combine cryo-electron microscopy analysis of endogenous SIFI with AlphaFold modelling and biochemical studies to report the structural and mechanistic basis of the silencing of the integrated stress response. SIFI detects both stress indicators and stress response components through flexible domains within an easily accessible scaffold, before building linkage-specific ubiquitin chains at separate, sterically restricted elongation modules. Ubiquitin handover by a ubiquitin-like domain couples versatile substrate modification to linkage-specific ubiquitin polymer formation. Stress response silencing therefore exploits a catalytic mechanism that is geared towards processing many diverse proteins and therefore allows a single enzyme to monitor and, if needed, modulate a complex cellular state.
履歴
登録2024年8月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46688.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46688.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 536.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 520 pix.
= 432.64 Å		0.83 Å/pix.
x 520 pix.
= 432.64 Å		0.83 Å/pix.
x 520 pix.
= 432.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.068
最小 - 最大-0.49460143 - 0.80083907
平均 (標準偏差)0.00022355477 (±0.013658538)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ520520520
Spacing520520520
セルA=B=C: 432.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46688_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46688_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : UBR4-KCMF1-CaM complex (Silencing Factor of the Integrated stress...

全体名称: UBR4-KCMF1-CaM complex (Silencing Factor of the Integrated stress response, SiFI)
要素
  • 複合体: UBR4-KCMF1-CaM complex (Silencing Factor of the Integrated stress response, SiFI)
    • タンパク質・ペプチド: UBR4-KCMF1-CaM complex (Silencing Factor of the Integrated stress response, SiFI)

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超分子 #1: UBR4-KCMF1-CaM complex (Silencing Factor of the Integrated stress...

超分子名称: UBR4-KCMF1-CaM complex (Silencing Factor of the Integrated stress response, SiFI)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.27 MDa

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分子 #1: UBR4-KCMF1-CaM complex (Silencing Factor of the Integrated stress...

分子名称: UBR4-KCMF1-CaM complex (Silencing Factor of the Integrated stress response, SiFI)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATSGGEEAA AAAPAPGTPA TGADTTPGWE VAVRPLLSAS YSAFEMKELP QLVASVIESE SEILHHEKQY EPFYSSFVAL STHYITTVCS LIPRNQLQSV AAACKVLIEF SLLRLENPDE ACAVSQKHLI LLIKGLCTGC SRLDRTEIIT FTAMMKSAKL PQTVKTLSDV ...文字列:
MATSGGEEAA AAAPAPGTPA TGADTTPGWE VAVRPLLSAS YSAFEMKELP QLVASVIESE SEILHHEKQY EPFYSSFVAL STHYITTVCS LIPRNQLQSV AAACKVLIEF SLLRLENPDE ACAVSQKHLI LLIKGLCTGC SRLDRTEIIT FTAMMKSAKL PQTVKTLSDV EDQKELASPV SPELRQKEVQ MNFLNQLTSV FNPRTVASQP ISTQTLVEGE NDEQSSTDQA SAIKTKNVFI AQNVASLQEL GGSEKLLRVC LNLPYFLRYI NRFQDAVLAN SFFIMPATVA DATAVRNGFH SLVIDVTMAL DTLSLPVLEP LNPSRLQDVT VLSLSCLYAG VSVATCMAIL HVGSAQQVRT GSTSSKEDDY ESDAATIVQK CLEIYDMIGQ AISSSRRAGG EHYQNFQLLG AWCLLNSLFL ILNLSPTALA DKGKEKDPLA ALRVRDILSR TKEGVGSPKL GPGKGHQGFG VLSVILANHA IKLLTSLFQD LQVEALHKGW ETDGPPAALS IMAQSTSIQR IQRLIDSVPL MNLLLTLLST SYRKACVLQR QRKGSMSSDA SASTDSNTYY EDDFSSTEED SSQDDDSEPI LGQWFEETIS PSKEKAAPPP PPPPPPLESS PRVKSPSKQA PGEKGNILAS RKDPELFLGL ASNILNFITS SMLNSRNNFI RNYLSVSLSE HHMATLASII KEVDKDGLKG SSDEEFAAAL YHFNHSLVTS DLQSPNLQNT LLQQLGVAPF SEGPWPLYIH PQSLSVLSRL LLIWQHKASA QGDPDVPECL KVWDRFLSTM KQNALQGVVP SETEDLNVEH LQMLLLIFHN FTETGRRAIL SLFVQIIQEL SVNMDAQMRF VPLILARLLL IFDYLLHQYS KAPVYLFEQV QHNLLSPPFG WASGSQDSNS RRATTPLYHG 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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 223845
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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