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- EMDB-4642: 12 Angstrom structure of detergent solubilised LAT1-CD98hc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4642
タイトル12 Angstrom structure of detergent solubilised LAT1-CD98hc
マップデータ12 angstrom structure of LAT1-CD98hc
試料
  • 複合体: LAT1-CD98hc
    • タンパク質・ペプチド: LAT1
    • タンパク質・ペプチド: CD98hc
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Chiduza GN / Johnson R / Wright GS / Antonyuk S / Muench S / Hasnain SS
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: LAT1 (SLC7A5) and CD98hc (SLC3A2) complex dynamics revealed by single-particle cryo-EM.
著者: George N Chiduza / Rachel M Johnson / Gareth S A Wright / Svetlana V Antonyuk / Stephen P Muench / S Samar Hasnain /
要旨: Solute carriers are a large class of transporters that play key roles in normal and disease physiology. Among the solute carriers, heteromeric amino-acid transporters (HATs) are unique in their ...Solute carriers are a large class of transporters that play key roles in normal and disease physiology. Among the solute carriers, heteromeric amino-acid transporters (HATs) are unique in their quaternary structure. LAT1-CD98hc, a HAT, transports essential amino acids and drugs across the blood-brain barrier and into cancer cells. It is therefore an important target both biologically and therapeutically. During the course of this work, cryo-EM structures of LAT1-CD98hc in the inward-facing conformation and in either the substrate-bound or apo states were reported to 3.3-3.5 Å resolution [Yan et al. (2019), Nature (London), 568, 127-130]. Here, these structures are analyzed together with our lower resolution cryo-EM structure, and multibody 3D auto-refinement against single-particle cryo-EM data was used to characterize the dynamics of the interaction of CD98hc and LAT1. It is shown that the CD98hc ectodomain and the LAT1 extracellular surface share no substantial interface. This allows the CD98hc ectodomain to have a high degree of movement within the extracellular space. The functional implications of these aspects are discussed together with the structure determination.
履歴
登録2019年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月13日-
マップ公開2020年5月13日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00872
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.00872
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4642.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4642.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈12 angstrom structure of LAT1-CD98hc
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00872 / ムービー #1: 0.00872
最小 - 最大-0.0033768932 - 0.019995214
平均 (標準偏差)0.0008652869 (±0.002896565)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 211.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z212.000212.000212.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0030.0200.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : LAT1-CD98hc

全体名称: LAT1-CD98hc
要素
  • 複合体: LAT1-CD98hc
    • タンパク質・ペプチド: LAT1
    • タンパク質・ペプチド: CD98hc

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超分子 #1: LAT1-CD98hc

超分子名称: LAT1-CD98hc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量理論値: 123 kDa/nm

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分子 #1: LAT1

分子名称: LAT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGAGPKRRA LAAPAAEEKE EAREKMLAAK SADGSAPAGE GEGVTLQRNI TLLNGVAIIV GTIIGSGIF VTPTGVLKEA GSPGLALVVW AACGVFSIVG ALCYAELGTT ISKSGGDYAY M LEVYGSLP AFLKLWIELL IIRPSSQYIV ALVFATYLLK PLFPTCPVPE ...文字列:
MAGAGPKRRA LAAPAAEEKE EAREKMLAAK SADGSAPAGE GEGVTLQRNI TLLNGVAIIV GTIIGSGIF VTPTGVLKEA GSPGLALVVW AACGVFSIVG ALCYAELGTT ISKSGGDYAY M LEVYGSLP AFLKLWIELL IIRPSSQYIV ALVFATYLLK PLFPTCPVPE EAAKLVACLC VL LLTAVNC YSVKAATRVQ DAFAAAKLLA LALIILLGFV QIGKGDVSNL DPNFSFEGTK LDV GNIVLA LYSGLFAYGG WNYLNFVTEE MINPYRNLPL AIIISLPIVT LVYVLTNLAY FTTL STEQM LSSEAVAVDF GNYHLGVMSW IIPVFVGLSC FGSVNGSLFT SSRLFFVGSR EGHLP SILS MIHPQLLTPV PSLVFTCVMT LLYAFSKDIF SVINFFSFFN WLCVALAIIG MIWLRH RKP ELERPIKVNL ALPVFFILAC LFLIAVSFWK TPVECGIGFT IILSGLPVYF FGVWWKN KP KWLLQGIFST TVLCQKLMQV VPQET

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分子 #2: CD98hc

分子名称: CD98hc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MELQPPEASI AVVSIPRQLP GSHSEAGVQG LSAGDDSELG SHCVAQTGLE LLASGDPLPS ASQNAEMIE TGSDCVTQAG LQLLASSDPP ALASKNAEVT GTMSQDTEVD MKEVELNELE P EKQPMNAA SGAAMSLAGA EKNGLVKIKV AEDEAEAAAA AKFTGLSKEE ...文字列:
MELQPPEASI AVVSIPRQLP GSHSEAGVQG LSAGDDSELG SHCVAQTGLE LLASGDPLPS ASQNAEMIE TGSDCVTQAG LQLLASSDPP ALASKNAEVT GTMSQDTEVD MKEVELNELE P EKQPMNAA SGAAMSLAGA EKNGLVKIKV AEDEAEAAAA AKFTGLSKEE LLKVAGSPGW VR TRWALLL LFWLGWLGML AGAVVIIVRA PRCRELPAQK WWHTGALYRI GDLQAFQGHG AGN LAGLKG RLDYLSSLKV KGLVLGPIHK NQKDDVAQTD LLQIDPNFGS KEDFDSLLQS AKKK SIRVI LDLTPNYRGE NSWFSTQVDT VATKVKDALE FWLQAGVDGF QVRDIENLKD ASSFL AEWQ NITKGFSEDR LLIAGTNSSD LQQILSLLES NKDLLLTSSY LSDSGSTGEH TKSLVT QYL NATGNRWCSW SLSQARLLTS FLPAQLLRLY QLMLFTLPGT PVFSYGDEIG LDAAALP GQ PMEAPVMLWD ESSFPDIPGA VSANMTVKGQ SEDPGSLLSL FRRLSDQRSK ERSLLHGD F HAFSAGPGLF SYIRHWDQNE RFLVVLNFGD VGLSAGLQAS DLPASASLPA KADLLLSTQ PGREEGSPLE LERLKLEPHE GLLLRFPYAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: Buffer: 100 mM Tris-Cl, 300 mM NaCl, 0.01% w/v DDM/LMNG/CHS (15:3:1), pH8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 4.96 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細40 frames, 12 sec exposure
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Generated by stochastic gradient descent in RELION 2 using a particle subset of the data.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77423
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2dh2


Chain - Chain ID: A
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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