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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Bufavirus 1 at pH 2.6 | |||||||||
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![]() | Bufavirus / parvovirus / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / VP1![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å | |||||||||
![]() | Gulkis MC / McKenna R / Bennett AD | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Characterization of Human Bufavirus 1: Receptor Binding and Endosomal pH-Induced Changes 著者: Gulkis M / Luo M / Chipman P / Mietzsch M / Soderlund-Venermo M / Bennett A / McKenna R | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 194.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 15.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 97.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 364.4 MB 364.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9cws ![]() 45954 ![]() 45955 ![]() 45958 M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.056 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_45973_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_45973_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Bufavirus-1
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Bufavirus-1
超分子 | 名称: Bufavirus-1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Bufavirus 1 VP2 was overexpressed in Sf9 cells / NCBI-ID: 1209382 / 生物種: Bufavirus-1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 4 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 260.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 80.543203 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MPAIRKARGW VPPGYNYLGP FNQDFNKKPT NPSDNAARKH DLEYNKLIKQ GHNPYWNYNH ADEDFIKETD QATDWGGKFG NFVFRAKRA LAPELAPPAK KKTKTKHTEP EYSHKHIKAG TKRGKPFYLF VNLARKKARM TDTQDVSEQQ SDQPSVASTN A KAGGGGGG ...文字列: MPAIRKARGW VPPGYNYLGP FNQDFNKKPT NPSDNAARKH DLEYNKLIKQ GHNPYWNYNH ADEDFIKETD QATDWGGKFG NFVFRAKRA LAPELAPPAK KKTKTKHTEP EYSHKHIKAG TKRGKPFYLF VNLARKKARM TDTQDVSEQQ SDQPSVASTN A KAGGGGGG GGSGVGHSTG NYNNRTEFYY HGDEVTIVCH SSRHIHLNMS ESEEYKIYDT DRGPRFPTDQ TLQGRDTIND SY HAQVETP WFLINPNSWG TWMNPADFQQ LTTTCREVTL EHLDQTLDNI VIKTVSKQGS GAEETTQYNN DLTALLQVAL DKS NQLPWV ADNMYLDSLG YIPWRPCKLK QYSYHVNFWN TIDIISGPQQ NQWQQVKKEI RWDDLQFTPI ETTTEIDLLR TGDS WTSGP YKFNTKPTQL SYHWQSTRHT GSVHPTDPPN AIGQQGQNIR DINGWQWGDR SDPMSAATRV SNFHIGYSWP EWRIH YGSG GPAINPGAPF SQAPWSTDPQ VRLTQGASEK AIFDYNHGDD DPAHRDQWWQ NNLPITGQTN WAPKNAHQAN LSSNVP SRQ EFWTQDYHNT FGPFTAVDDV GIQYPWGAIW TKTPDTTHKP MMSAHAPFIC KDGPPGQLLV KLAPNYTENL QTDGLGN NR IVTYATFWWT GKLILKGKLR LPRQFNLYNL PGRPRGTEAK KFLPNEIGHF ELPFMPGRCM PNYTM UniProtKB: VP1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
ソフトウェア | 名称: Leginon |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 実像数: 1496 / 平均電子線量: 75.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 166.7 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
得られたモデル | ![]()
PDB-9cws: |