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- EMDB-45929: LJF-034 Fab in complex with HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer and 3... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45929
タイトルLJF-034 Fab in complex with HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer and 35O22 Fab
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: LJF-034 Fab in complex with HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer and 35O22 Fab
    • タンパク質・ペプチド: JRFL NFL TD CC3+ gp140
    • タンパク質・ペプチド: 35O22 heavy chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: LJF-034 heavy chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: 35O22 light chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: LJF-034 light chain Fv
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードNHP / rhesus macaque / gp120 interface / HIV / NFL / neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ozorowski G / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI157299 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Vaccination of nonhuman primates elicits a broadly neutralizing antibody lineage targeting a quaternary epitope on the HIV-1 Env trimer.
著者: Fabian-Alexander Schleich / Shridhar Bale / Javier Guenaga / Gabriel Ozorowski / Monika Àdori / Xiaohe Lin / Xaquin Castro Dopico / Richard Wilson / Mark Chernyshev / Alma Teresia Cotgreave ...著者: Fabian-Alexander Schleich / Shridhar Bale / Javier Guenaga / Gabriel Ozorowski / Monika Àdori / Xiaohe Lin / Xaquin Castro Dopico / Richard Wilson / Mark Chernyshev / Alma Teresia Cotgreave / Marco Mandolesi / Jocelyn Cluff / Esmeralda D Doyle / Leigh M Sewall / Wen-Hsin Lee / Shiyu Zhang / Sijy O'Dell / Brandon S Healy / Deuk Lim / Vanessa R Lewis / Elana Ben-Akiva / Darrell J Irvine / Nicole A Doria-Rose / Martin Corcoran / Diane Carnathan / Guido Silvestri / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Gunilla B Karlsson Hedestam / Richard T Wyatt /
要旨: The elicitation of cross-neutralizing antibodies to the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) by vaccination remains a major challenge. Here, we immunized previously Env-immunized nonhuman primates with ...The elicitation of cross-neutralizing antibodies to the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) by vaccination remains a major challenge. Here, we immunized previously Env-immunized nonhuman primates with a series of near-native trimers that possessed N-glycan deletions proximal to the conserved CD4 binding site (CD4bs) to focus B cells to this region. Following heterologous boosting with fully glycosylated trimers, we detected tier 2 cross-neutralizing activity in the serum of several animals. Isolation of 185 matched heavy- and light-chain sequences from Env-binding memory B cells from an early responder identified a broadly neutralizing antibody lineage, LJF-0034, which neutralized nearly 70% of an 84-member HIV-1 global panel. High-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures revealed a bifurcated binding mode that bridged the CD4bs to V3 across the gp120:120 interface on two adjacent protomers, evading the proximal N276 glycan impediment to the CD4bs, allowing neutralization breadth. This quaternary epitope defines a potential target for future HIV-1 vaccine development.
履歴
登録2024年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45929.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45929.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 448 pix.
= 463.994 Å		1.04 Å/pix.
x 448 pix.
= 463.994 Å		1.04 Å/pix.
x 448 pix.
= 463.994 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0357 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.53593034 - 0.9188396
平均 (標準偏差)-0.00049302616 (±0.024833284)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 463.9936 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45929_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_45929_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_45929_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LJF-034 Fab in complex with HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer and 3...

全体名称: LJF-034 Fab in complex with HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer and 35O22 Fab
要素
  • 複合体: LJF-034 Fab in complex with HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer and 35O22 Fab
    • タンパク質・ペプチド: JRFL NFL TD CC3+ gp140
    • タンパク質・ペプチド: 35O22 heavy chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: LJF-034 heavy chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: 35O22 light chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: LJF-034 light chain Fv
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: LJF-034 Fab in complex with HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer and 3...

超分子名称: LJF-034 Fab in complex with HIV Env JRFL NFL TD CC3+ trimer and 35O22 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: JRFL NFL TD CC3+ gp140

分子名称: JRFL NFL TD CC3+ gp140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 72.573164 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VEKLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YDTEKHNVWA THACVPTDPN PQEVVLENVT EHFNMWKNNM VEQMQTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL NCKDVNATNT TNDSEGTMER GEIKNCSFNI TTELRDKVQK VYALFYKLDV VPIDNNNTSY R LISCDTSV ...文字列:
VEKLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YDTEKHNVWA THACVPTDPN PQEVVLENVT EHFNMWKNNM VEQMQTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL NCKDVNATNT TNDSEGTMER GEIKNCSFNI TTELRDKVQK VYALFYKLDV VPIDNNNTSY R LISCDTSV ITQACPKISF EPIPIHYCAP AGFAILKCND KTFNGKGPCK NVSTVQCTHG IRPVVSTQLL LNGSLAEEEV VI RSDNFTN NAKTIIVQLK ESVEINCTRP NNYTRKSIRI GPGRAFYTMG EIIGDIRQAH CNISRAKWND TLKQIVIKLR EQF ENKTIV FNHSSGGDPE IVMHSFNCGG EFFYCNSTQL FNSTWNNNTE GSNNTEGNTI TLPCRIKQII NMWQRVGQAM YAPP IRGQI RCSSNITGLL LTRDGGINEN GTEIFRPGGG DMRDNWRSEL YKYKVVKIEP LGVAPTRCKR RVVQGGGGSG GGGSA VGIG AVRRGFLGAA GSTMGAASMT LTVQARNLLS GIVQPQSNLL RAPEAQQRML QLGVWGIKQL QARVLAVERY LRDQQL LGI WGCSGKLICT TAVPWNASWS NKSLDRIWNN MTWMEWEREI DNYTSEIYTL IEESQNQQEK NEQELLCLDG GGGSHHH HH HHHGSGC

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分子 #2: 35O22 heavy chain Fv

分子名称: 35O22 heavy chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.543388 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QGQLVQSGAE LKKPGASVKI SCKTSGYRFN FYHINWIRQT AGRGPEWMGW ISPYSGDKNL APAFQDRVIM TTDTEVPVTS FTSTGAAYM EIRNLKFDDT GTYFCAKGLL RDGSSTWLPY LWGQGTLLTV SS

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分子 #3: LJF-034 heavy chain Fv

分子名称: LJF-034 heavy chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 13.612146 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVRPSETLSL ACGVSYGSVD HYYWSWVRQP PGKGLEWIGY IDGYDGATNY SPSLKNRVTI TIDTPNQFSL KMTSVSAAD TAVYFCGRWN LYDDDHAYKS LAVWGRGILV VVSS

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分子 #4: 35O22 light chain Fv

分子名称: 35O22 light chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.400736 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSVLTQSASV SGSLGQSVTI SCTGPNSVCC SHKSISWYQW PPGRAPTLII YEDNERAPGI SPRFSGYKSY WSAYLTISDL RPEDETTYY CCSYTHNSGC VFGTGTKVSV LGQSK

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分子 #5: LJF-034 light chain Fv

分子名称: LJF-034 light chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 11.737059 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCRARHGVG ENLNWYQQKP GKAPKVLIYM ASSRQSGIPS RFRGGGSGTE FTLTISSLQP EDFGTYHCQ QSYSYPWTFG QGTKVEIK

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 34 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris pH 7.4, 150 mM NaCl, 0.06 mM DDM
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 190000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: cryoSPARC ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 49048
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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