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- EMDB-45892: The Ectodomains of SPRING and S1P with the inhibitor PF-429242 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45892
タイトルThe Ectodomains of SPRING and S1P with the inhibitor PF-429242
マップデータmap of SPRING/S1P/PF-429242
試料
  • 複合体: Complex of the ectodomains of S1P and SPRING in the presence of the small molecule PF-429242
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-bound transcription factor site-1 protease
    • タンパク質・ペプチド: SREBP regulating gene protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 4-[(diethylamino)methyl]-N-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-N-[(3R)-pyrrolidin-3-yl]benzamide
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water
キーワードprotease / complex / inhibitor / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


site-1 protease / CREB3 factors activate genes / positive regulation of SREBP signaling pathway / ATF6-mediated unfolded protein response / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / regulation of cholesterol biosynthetic process / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / membrane protein intracellular domain proteolysis / regulation of vesicle-mediated transport ...site-1 protease / CREB3 factors activate genes / positive regulation of SREBP signaling pathway / ATF6-mediated unfolded protein response / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / regulation of cholesterol biosynthetic process / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / membrane protein intracellular domain proteolysis / regulation of vesicle-mediated transport / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Golgi stack / lysosome organization / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cholesterol metabolic process / protein maturation / response to endoplasmic reticulum stress / Post-translational protein phosphorylation / protein processing / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / protein import into nucleus / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / serine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / proteolysis
類似検索 - 分子機能
SREBP regulating gene protein / SREBP regulating gene protein / Site-1 peptidase catalytic domain / : / Membrane-bound Site-1 Protease Family N-terminal domain / MBTPS1, fourth GATase-like domain / MBTPS1, third Ig-like domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. ...SREBP regulating gene protein / SREBP regulating gene protein / Site-1 peptidase catalytic domain / : / Membrane-bound Site-1 Protease Family N-terminal domain / MBTPS1, fourth GATase-like domain / MBTPS1, third Ig-like domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-bound transcription factor site-1 protease / SREBP regulating gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kober DL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM155152 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural basis for substrate selectivity by site-one protease revealed by studies with a small-molecule inhibitor.
著者: Ashley V Bullington / Ilaria Micallo / Bilkish Bajaj / Pankaj Kumar / Netanya Schlamowitz / Aurora Silva / Sebastian Hendrix / Noam Zelcer / Daniel L Kober /
要旨: Site-one protease (S1P) carries out the first proteolytic step to activate membrane-bound effector proteins in the Golgi. S1P matures through an autocatalytic process that begins in the endoplasmic ...Site-one protease (S1P) carries out the first proteolytic step to activate membrane-bound effector proteins in the Golgi. S1P matures through an autocatalytic process that begins in the endoplasmic reticulum (ER) and culminates with the displacement of its inhibitory pro-domain by its cofactor, sterol regulatory element binding protein-regulating gene (SPRING). Spatial control of S1P activity and substrate localization underpins signaling pathways governing, among others, lipogenesis, ER stress, and lysosome biogenesis. The factors governing these pathways are activated by S1P-mediated proteolysis upon their regulated transport from the ER to the Golgi. S1P cleaves substrates with the recognition sequence RX(L/I/V)Z, where X is any residue other than Cys or Pro and Z is preferably Leu or Lys. However, the structural basis for substrate recognition by S1P has remained unknown. Here, we used the small molecule PF-429242, a competitive inhibitor of S1P, to investigate substrate recognition by the S1P/SPRING complex. We determined the structure of S1P/SPRING bound to PF-429242 and found that PF-429242 binds S1P in the same pocket that recognizes the substrate's conserved P Arg. Further structural analysis suggests that S1P requires a conformation change to accommodate the substrate's P (L/I/V) residue. We designed an S1P mutation (I308A) to reduce the steric clash at the P position and generated an S1P that was resistant to PF-429242 in biochemical and cell culture assays. Our findings reveal selectivity in the recognition of substrates by S1P and provide a roadmap for the rational design of improved S1P inhibitors.
履歴
登録2024年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45892.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45892.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map of SPRING/S1P/PF-429242
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 221.4 Å		0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 221.4 Å		0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 221.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.738 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.10373428 - 0.20659499
平均 (標準偏差)-0.000083232226 (±0.0040134257)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 221.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: deepemhancer map of SPRING/S1P/PF-429242 for model building and...

ファイルemd_45892_additional_1.map
注釈deepemhancer map of SPRING/S1P/PF-429242 for model building and illustrations
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A for S1P/SPRING/PF-429242

ファイルemd_45892_half_map_1.map
注釈half map A for S1P/SPRING/PF-429242
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B for S1P/SPRING/PF-429242

ファイルemd_45892_half_map_2.map
注釈half map B for S1P/SPRING/PF-429242
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of the ectodomains of S1P and SPRING in the presence of t...

全体名称: Complex of the ectodomains of S1P and SPRING in the presence of the small molecule PF-429242
要素
  • 複合体: Complex of the ectodomains of S1P and SPRING in the presence of the small molecule PF-429242
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-bound transcription factor site-1 protease
    • タンパク質・ペプチド: SREBP regulating gene protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 4-[(diethylamino)methyl]-N-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-N-[(3R)-pyrrolidin-3-yl]benzamide
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Complex of the ectodomains of S1P and SPRING in the presence of t...

超分子名称: Complex of the ectodomains of S1P and SPRING in the presence of the small molecule PF-429242
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 120 KDa

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分子 #1: Membrane-bound transcription factor site-1 protease

分子名称: Membrane-bound transcription factor site-1 protease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Construct contains 1-998 of human site one protease followed by a 3xFLAG affinity tag
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 115.048203 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKLVNIWLLL LVVLLCGKKH LGDRLEKKSF EKAPCPGCSH LTLKVEFSST VVEYEYIVAF NGYFTAKARN SFISSALKSS EVDNWRIIP RNNPSSDYPS DFEVIQIKEK QKAGLLTLED HPNIKRVTPQ RKVFRSLKYA ESDPTVPCNE TRWSQKWQSS R PLRRASLS ...文字列:
MKLVNIWLLL LVVLLCGKKH LGDRLEKKSF EKAPCPGCSH LTLKVEFSST VVEYEYIVAF NGYFTAKARN SFISSALKSS EVDNWRIIP RNNPSSDYPS DFEVIQIKEK QKAGLLTLED HPNIKRVTPQ RKVFRSLKYA ESDPTVPCNE TRWSQKWQSS R PLRRASLS LGSGFWHATG RHSSRRLLRA IPRQVAQTLQ ADVLWQMGYT GANVRVAVFD TGLSEKHPHF KNVKERTNWT NE RTLDDGL GHGTFVAGVI ASMRECQGFA PDAELHIFRV FTNNQVSYTS WFLDAFNYAI LKKIDVLNLS IGGPDFMDHP FVD KVWELT ANNVIMVSAI GNDGPLYGTL NNPADQMDVI GVGGIDFEDN IARFSSRGMT TWELPGGYGR MKPDIVTYGA GVRG SGVKG GCRALSGTSV ASPVVAGAVT LLVSTVQKRE LVNPASMKQA LIASARRLPG VNMFEQGHGK LDLLRAYQIL NSYKP QASL SPSYIDLTEC PYMWPYCSQP IYYGGMPTVV NVTILNGMGV TGRIVDKPDW QPYLPQNGDN IEVAFSYSSV LWPWSG YLA ISISVTKKAA SWEGIAQGHV MITVASPAET ESKNGAEQTS TVKLPIKVKI IPTPPRSKRV LWDQYHNLRY PPGYFPR DN LRMKNDPLDW NGDHIHTNFR DMYQHLRSMG YFVEVLGAPF TCFDASQYGT LLMVDSEEEY FPEEIAKLRR DVDNGLSL V IFSDWYNTSV MRKVKFYDEN TRQWWMPDTG GANIPALNEL LSVWNMGFSD GLYEGEFTLA NHDMYYASGC SIAKFPEDG VVITQTFKDQ GLEVLKQETA VVENVPILGL YQIPAEGGGR IVLYGDSNCL DDSHRQKDCF WLLDALLQYT SYGVTPPSLS HSGNRQRPP SGAGSVTPER MEGNHLHRYS KVLEAHLGDP KPRPLPACPR LSWAKPQPLN ETAPSNLWKH QKLLSIDLDK V VLPNFRSN RPQVRPLSPG ESGAWDIPGG IMPGRYNQEV DYKDDDDKGS DYKDDDDKGS DYKDDDDK

UniProtKB: Membrane-bound transcription factor site-1 protease

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分子 #2: SREBP regulating gene protein

分子名称: SREBP regulating gene protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Construct contains an IgK leader peptide followed by human SPRING residues 35-205 followed by a 10-His tag
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.200291 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DKQEERAVRD RNLLQVHDHN QPIPWKVQFN LGNSSRPSNQ CRNSIQGKHL ITDELGYVCE RKDLLVNGC CNVNVPSTKQ YCCDGCWPNG CCSAYEYCVS CCLQPNKQLL LERFLNRAAV AFQNLFMAVE DHFELCLAKC R TSSQSVQH ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG DKQEERAVRD RNLLQVHDHN QPIPWKVQFN LGNSSRPSNQ CRNSIQGKHL ITDELGYVCE RKDLLVNGC CNVNVPSTKQ YCCDGCWPNG CCSAYEYCVS CCLQPNKQLL LERFLNRAAV AFQNLFMAVE DHFELCLAKC R TSSQSVQH ENTYRDPIAK YCYGESPPEL FPAHHHHHHH HHH

UniProtKB: SREBP regulating gene protein

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: 4-[(diethylamino)methyl]-N-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-N-[(3R)-pyr...

分子名称: 4-[(diethylamino)methyl]-N-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-N-[(3R)-pyrrolidin-3-yl]benzamide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1AZU
分子量理論値: 409.564 Da

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 42 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 122723
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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