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- EMDB-45787: Nanobody 4 bound to Apolipoprotein B 100 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45787
タイトルNanobody 4 bound to Apolipoprotein B 100
マップデータMap File
試料
  • 複合体: Middle of ApoB100 bound to LDL receptor and Legobody
    • タンパク質・ペプチド: Apolipoprotein B 100
    • タンパク質・ペプチド: Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
    • タンパク質・ペプチド: Legobody 8D3 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Legobody 8D3 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: ApoB100 nanobody 4
    • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードApolipoprotein B 100 / ApoB100 / LDLreceptor / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


mature chylomicron / Scavenging by Class H Receptors / triglyceride mobilization / positive regulation of cholesterol storage / regulation of cholesterol biosynthetic process / VLDL assembly / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / lipase binding / plasma lipoprotein particle clearance ...mature chylomicron / Scavenging by Class H Receptors / triglyceride mobilization / positive regulation of cholesterol storage / regulation of cholesterol biosynthetic process / VLDL assembly / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / lipase binding / plasma lipoprotein particle clearance / LDL remodeling / Scavenging by Class B Receptors / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / negative regulation of astrocyte activation / VLDL clearance / triglyceride catabolic process / negative regulation of microglial cell activation / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / very-low-density lipoprotein particle assembly / PCSK9-LDLR complex / cholesterol import / low-density lipoprotein particle clearance / clathrin heavy chain binding / negative regulation of receptor recycling / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / intestinal cholesterol absorption / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / chylomicron remnant / low-density lipoprotein particle receptor activity / intermediate-density lipoprotein particle / response to caloric restriction / Chylomicron clearance / low-density lipoprotein particle binding / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of lipid storage / Chylomicron remodeling / cellular response to lipoprotein particle stimulus / regulation of protein metabolic process / flagellated sperm motility / Chylomicron assembly / Regulation of TLR by endogenous ligand / LDL clearance / high-density lipoprotein particle clearance / chylomicron / lipoprotein catabolic process / phospholipid transport / low-density lipoprotein particle / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / very-low-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle remodeling / endolysosome membrane / negative regulation of amyloid fibril formation / fertilization / IgG binding / cholesterol efflux / artery morphogenesis / Scavenging by Class A Receptors / lipoprotein transport / cellular response to fatty acid / negative regulation of protein metabolic process / regulation of cholesterol metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / Platelet sensitization by LDL / Scavenging by Class F Receptors / sorting endosome / amyloid-beta clearance / lipoprotein particle binding / endoplasmic reticulum exit site / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / long-term memory / smooth endoplasmic reticulum / phagocytosis / Retinoid metabolism and transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / clathrin-coated pit / somatodendritic compartment / lipid droplet / endocytic vesicle lumen / receptor-mediated endocytosis / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / post-embryonic development / cholesterol homeostasis / endosome lumen / establishment of localization in cell / Cell surface interactions at the vascular wall / Post-translational protein phosphorylation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Heme signaling / response to virus / lipid metabolic process / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response
類似検索 - 分子機能
Lipid transport, open beta-sheet / Apolipoprotein B100 C-terminal / : / Domain of Unknown Function (DUF1081) / Apolipoprotein B100 C terminal / Vitellinogen, open beta-sheet, subdomain 1 / Vitellinogen, open beta-sheet / Vitellinogen, open beta-sheet / DUF1943 / Vitellogenin, N-terminal ...Lipid transport, open beta-sheet / Apolipoprotein B100 C-terminal / : / Domain of Unknown Function (DUF1081) / Apolipoprotein B100 C terminal / Vitellinogen, open beta-sheet, subdomain 1 / Vitellinogen, open beta-sheet / Vitellinogen, open beta-sheet / DUF1943 / Vitellogenin, N-terminal / Lipovitellin-phosvitin complex, superhelical domain / Vitellinogen, beta-sheet N-terminal / Lipid transport protein, beta-sheet shell / Lipoprotein amino terminal region / Vitellogenin domain profile. / Lipoprotein N-terminal Domain / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / : / Protein A, Ig-binding domain / B domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / Lysin motif / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / LysM domain superfamily / LysM domain profile. / LysM domain / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / YSIRK type signal peptide / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / : / Calcium-binding EGF domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / LPXTG cell wall anchor motif / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltodextrin-binding protein / Low-density lipoprotein receptor / Apolipoprotein B-100 / Immunoglobulin G-binding protein G / Immunoglobulin G-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Dearborn AD / Kumar A / Reimund M / Graziano G / Lei H / Neufeld EB / Remaley AT / Marcotrigiano J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structure of apolipoprotein B100 bound to the low-density lipoprotein receptor.
著者: Mart Reimund / Altaira D Dearborn / Giorgio Graziano / Haotian Lei / Anthony M Ciancone / Ashish Kumar / Ronald Holewinski / Edward B Neufeld / Francis J O'Reilly / Alan T Remaley / Joseph Marcotrigiano /
要旨: Apolipoprotein B100 (apoB100) is a structural component of low-density lipoprotein (LDL) and a ligand for the LDL receptor (LDLR). Mutations in apoB100 or in LDLR cause familial ...Apolipoprotein B100 (apoB100) is a structural component of low-density lipoprotein (LDL) and a ligand for the LDL receptor (LDLR). Mutations in apoB100 or in LDLR cause familial hypercholesterolaemia, an autosomal dominant disease that is characterized by a marked increase in LDL cholesterol (LDL-C) and a higher risk of cardiovascular disease. The structure of apoB100 on LDL and its interaction with LDLR are poorly understood. Here we present the cryo-electron microscopy structures of apoB100 on LDL bound to the LDLR and a nanobody complex, which can form a C-symmetric, higher-order complex. Using local refinement, we determined high-resolution structures of the interfaces between apoB100 and LDLR. One binding interface is formed between several small-ligand-binding modules of LDLR and a series of basic patches that are scattered along a β-belt formed by apoB100, encircling LDL. The other binding interface is formed between the β-propeller domain of LDLR and the N-terminal domain of apoB100. Our results reveal how both interfaces are involved in LDL dimer formation, and how LDLR cycles between LDL- and self-bound conformations. In addition, known mutations in either apoB100 or LDLR, associated with high levels of LDL-C, are located at the LDL-LDLR interface.
履歴
登録2024年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45787.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45787.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map File
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.66 Å/pix.
x 336 pix.
= 557.76 Å		1.66 Å/pix.
x 336 pix.
= 557.76 Å		1.66 Å/pix.
x 336 pix.
= 557.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.36828685 - 0.7143979
平均 (標準偏差)0.0001363222 (±0.006056178)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 557.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45787_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45787_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Middle of ApoB100 bound to LDL receptor and Legobody

全体名称: Middle of ApoB100 bound to LDL receptor and Legobody
要素
  • 複合体: Middle of ApoB100 bound to LDL receptor and Legobody
    • タンパク質・ペプチド: Apolipoprotein B 100
    • タンパク質・ペプチド: Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
    • タンパク質・ペプチド: Legobody 8D3 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Legobody 8D3 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: ApoB100 nanobody 4
    • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Middle of ApoB100 bound to LDL receptor and Legobody

超分子名称: Middle of ApoB100 bound to LDL receptor and Legobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Apolipoprotein B 100

分子名称: Apolipoprotein B 100 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 516.167469 KDa
配列文字列: MDPPRPALLA LLALPALLLL LLAGARAEEE MLENVSLVCP KDATRFKHLR KYTYNYEAES SSGVPGTADS RSATRINCKV ELEVPQLCS FILKTSQCTL KEVYGFNPEG KALLKKTKNS EEFAAAMSRY ELKLAIPEGK QVFLYPEKDE PTYILNIKRG I ISALLVPP ...文字列:
MDPPRPALLA LLALPALLLL LLAGARAEEE MLENVSLVCP KDATRFKHLR KYTYNYEAES SSGVPGTADS RSATRINCKV ELEVPQLCS FILKTSQCTL KEVYGFNPEG KALLKKTKNS EEFAAAMSRY ELKLAIPEGK QVFLYPEKDE PTYILNIKRG I ISALLVPP ETEEAKQVLF LDTVYGNCST HFTVKTRKGN VATEISTERD LGQCDRFKPI RTGISPLALI KGMTRPLSTL IS SSQSCQY TLDAKRKHVA EAICKEQHLF LPFSYKNKYG MVAQVTQTLK LEDTPKINSR FFGEGTKKMG LAFESTKSTS PPK QAEAVL KTLQELKKLT ISEQNIQRAN LFNKLVTELR GLSDEAVTSL LPQLIEVSSP ITLQALVQCG QPQCSTHILQ WLKR VHANP LLIDVVTYLV ALIPEPSAQQ LREIFNMARD QRSRATLYAL SHAVNNYHKT NPTGTQELLD IANYLMEQIQ DDCTG DEDY TYLILRVIGN MGQTMEQLTP ELKSSILKCV QSTKPSLMIQ KAAIQALRKM EPKDKDQEVL LQTFLDDASP GDKRLA AYL MLMRSPSQAD INKIVQILPW EQNEQVKNFV ASHIANILNS EELDIQDLKK LVKEALKESQ LPTVMDFRKF SRNYQLY KS VSLPSLDPAS AKIEGNLIFD PNNYLPKESM LKTTLTAFGF ASADLIEIGL EGKGFEPTLE ALFGKQGFFP DSVNKALY W VNGQVPDGVS KVLVDHFGYT KDDKHEQDMV NGIMLSVEKL IKDLKSKEVP EARAYLRILG EELGFASLHD LQLLGKLLL MGARTLQGIP QMIGEVIRKG SKNDFFLHYI FMENAFELPT GAGLQLQISS SGVIAPGAKA GVKLEVANMQ AELVAKPSVS VEFVTNMGI IIPDFARSGV QMNTNFFHES GLEAHVALKA GKLKFIIPSP KRPVKLLSGG NTLHLVSTTK TEVIPPLIEN R QSWSVCKQ VFPGLNYCTS GAYSNASSTD SASYYPLTGD TRLELELRPT GEIEQYSVSA TYELQREDRA LVDTLKFVTQ AE GAKQTEA TMTFKYNRQS MTLSSEVQIP DFDVDLGTIL RVNDESTEGK TSYRLTLDIQ NKKITEVALM GHLSCDTKEE RKI KGVISI PRLQAEARSE ILAHWSPAKL LLQMDSSATA YGSTVSKRVA WHYDEEKIEF EWNTGTNVDT KKMTSNFPVD LSDY PKSLH MYANRLLDHR VPQTDMTFRH VGSKLIVAMS SWLQKASGSL PYTQTLQDHL NSLKEFNLQN MGLPDFHIPE NLFLK SDGR VKYTLNKNSL KIEIPLPFGG KSSRDLKMLE TVRTPALHFK SVGFHLPSRE FQVPTFTIPK LYQLQVPLLG VLDLST NVY SNLYNWSASY SGGNTSTDHF SLRARYHMKA DSVVDLLSYN VQGSGETTYD HKNTFTLSCD GSLRHKFLDS NIKFSHV EK LGNNPVSKGL LIFDASSSWG PQMSASVHLD SKKKQHLFVK EVKIDGQFRV SSFYAKGTYG LSCQRDPNTG RLNGESNL R FNSSYLQGTN QITGRYEDGT LSLTSTSDLQ SGIIKNTASL KYENYELTLK SDTNGKYKNF ATSNKMDMTF SKQNALLRS EYQADYESLR FFSLLSGSLN SHGLELNADI LGTDKINSGA HKATLRIGQD GISTSATTNL KCSLLVLENE LNAELGLSGA SMKLTTNGR FREHNAKFSL DGKAALTELS LGSAYQAMIL GVDSKNIFNF KVSQEGLKLS NDMMGSYAEM KFDHTNSLNI A GLSLDFSS KLDNIYSSDK FYKQTVNLQL QPYSLVTTLN 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SALV QVHAS QPSSFHDFPD LGQEVALNAN TKNQKIRWKN EVRIHSGSFQ SQVELSNDQE KAHLDIAGSL EGHLRFLKNI ILPVY DKSL WDFLKLDVTT SIGRRQHLRV STAFVYTKNP NGYSFSIPVK VLADKFIIPG LKLNDLNSVL VMPTFHVPFT DLQVPS CKL DFREIQIYKK LRTSSFALNL PTLPEVKFPE VDVLTKYSQP EDSLIPFFEI TVPESQLTVS QFTLPKSVSD GIAALDL NA VANKIADFEL PTIIVPEQTI EIPSIKFSVP AGIVIPSFQA LTARFEVDSP VYNATWSASL KNKADYVETV LDSTCSST V QFLEYELNVL GTHKIEDGTL ASKTKGTFAH RDFSAEYEED GKYEGLQEWE GKAHLNIKSP AFTDLHLRYQ KDKKGISTS AASPAVGTVG MDMDEDDDFS KWNFYYSPQS SPDKKLTIFK TELRVRESDE ETQIKVNWEE EAASGLLTSL KDNVPKATGV LYDYVNKYH WEHTGLTLRE VSSKLRRNLQ NNAEWVYQGA IRQIDDIDVR FQKAASGTTG TYQEWKDKAQ NLYQELLTQE G QASFQGLK DNVFDGLVRV TQEFHMKVKH LIDSLIDFLN FPRFQFPGKP GIYTREELCT MFIREVGTVL SQVYSKVHNG SE ILFSYFQ DLVITLPFEL RKHKLIDVIS MYRELLKDLS KEAQEVFKAI QSLKTTEVLR NLQDLLQFIF QLIEDNIKQL KEM KFTYLI NYIQDEINTI FSDYIPYVFK LLKENLCLNL HKFNEFIQNE LQEASQELQQ IHQYIMALRE EYFDPSIVGW TVKY YELEE KIVSLIKNLL VALKDFHSEY IVSASNFTSQ LSSQVEQFLH RNIQEYLSIL TDPDGKGKEK IAELSATAQE IIKSQ AIAT KKIISDYHQQ FRYKLQDFSD QLSDYYEKFI AESKRLIDLS IQNYHTFLIY ITELLKKLQS TTVMNPYMKL APGELT IIL

UniProtKB: Apolipoprotein B-100

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分子 #2: Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,I...

分子名称: Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 59.233246 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKIEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPDI IFWAHDRFGG YAQSGLLAEI TPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT WEEIPALDKE LKAKGKSALM FNLQEPYFTW P LIAADGGY ...文字列:
MKIEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPDI IFWAHDRFGG YAQSGLLAEI TPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT WEEIPALDKE LKAKGKSALM FNLQEPYFTW P LIAADGGY AFKYENGKYD IKDVGVDNAG AKAGLTFLVD LIKNKHMNAD TDYSIAEAAF NKGETAMTIN GPWAWSNIDT SK VNYGVTV LPTFKGQPSK PFVGVLSAGI NAASPNKELA KEFLENYLLT DEGLEAVNKD KPLGAVALKS YEEELAKDPR IAA TMENAQ KGEIMPNIPQ MSAFWYAVRT AVINAASGRQ TVDQALAFAQ ILIMPNLTEE QRNGFIQSLK DDPSVSKEIL AEAK KLNEH QAPKGGSGGA GSGDQQSAFY EILNMPNLNE AQRNGFIQSL KDDPSQSTNV LGEAKKLNES QAGGGSGGGS GGSAV TTYK LVINGKTLKG ETTTKAVDAE TAEKAFKQYA NDNGVDGVWT YDDATKTFTV TEGSGHHHHH H

UniProtKB: Maltodextrin-binding protein, Immunoglobulin G-binding protein A, Immunoglobulin G-binding protein G

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分子 #3: Legobody 8D3 Fab Heavy Chain

分子名称: Legobody 8D3 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.252217 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGKSLRL SCAASGFTFS NFGMHWVRQA PEMGLEWVAY ISSGSTTKYY GDTVKGRFTI SRDNPKNTLY LQMNSLRSE DTAMYYCARR PLYDGDYGYP MDYWGQGTSV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGKSLRL SCAASGFTFS NFGMHWVRQA PEMGLEWVAY ISSGSTTKYY GDTVKGRFTI SRDNPKNTLY LQMNSLRSE DTAMYYCARR PLYDGDYGYP MDYWGQGTSV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCGS HHHHHH

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分子 #4: Legobody 8D3 Fab Light Chain

分子名称: Legobody 8D3 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.095852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NIMLTQSPSS LAVSAGERVT MSCKSTQSIL YNSNQKTYLA WYQQKPGQSP KLLIYWASTR ASGVPDRFTG SGSGTDFTLT INSVQPEDL AVYYCHQYLS AWTFGGGTKL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
NIMLTQSPSS LAVSAGERVT MSCKSTQSIL YNSNQKTYLA WYQQKPGQSP KLLIYWASTR ASGVPDRFTG SGSGTDFTLT INSVQPEDL AVYYCHQYLS AWTFGGGTKL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #5: ApoB100 nanobody 4

分子名称: ApoB100 nanobody 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
分子量理論値: 14.322896 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCVASGYTDG AVNMGWFRQA PGKDRDWVAA ISPGGGLTYY ADSVKGRFTI SQDKAKNTVY LQMNSLKPE DTAIYYCAAA RSLAHFKLSQ YNYWGQGTQV TVSSLEHHHH HH

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分子 #6: Low-density lipoprotein receptor

分子名称: Low-density lipoprotein receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.327016 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VTCKSGDFSC GGRVNRCIPQ FWRCDGQVDC DNGSDEQGCP PKTCSQDEFR CHDGKCISRQ FVCDSDRDCL DGSDEASCPV LTCGPASFQ CNSSTCIPQL WACDNDPDCE DGSDEWPQRC RGLYVFQGDS SPCSAFEFHC LSGECIHSSW RCDGGPDCKD K SDEENCAV ...文字列:
VTCKSGDFSC GGRVNRCIPQ FWRCDGQVDC DNGSDEQGCP PKTCSQDEFR CHDGKCISRQ FVCDSDRDCL DGSDEASCPV LTCGPASFQ CNSSTCIPQL WACDNDPDCE DGSDEWPQRC RGLYVFQGDS SPCSAFEFHC LSGECIHSSW RCDGGPDCKD K SDEENCAV ATCRPDEFQC SDGNCIHGSR QCDREYDCKD MSDEVGCVNV TLCEGPNKFK CHSGECITLD KVCNMARDCR DW SDEPIKE CGTNECLDNN GGCSHVCNDL KIGYECLCPD GFQLVAQRRC EDIDECQDPD TCSQLCVNLE GGYKCQCEEG FQL DPHTKA CKAVGSIAYL FFTNRHEVRK MTLDRSEYTS LIPNLRNVVA LDTEVASNRI YWSDLSQRMI CSTQLDRAHG VSSY DTVIS RDIQAPDGLA VDWIHSNIYW TDSVLGTVSV ADTKGVKRKT LFRENGSKPR AIVVDPVHGF MYWTDWGTPA KIKKG GLNG VDIYSLVTEN IQWPNGITLD LLSGRLYWVD SKLHSISSID VNGGNRKTIL EDEKRLAHPF SLAVFEDKVF WTDIIN EAI FSANRLTGSD VNLLAENLLS PEDMVLFHNL TQPRGVNWCE RTTLSNGGCQ YLCLPAPQIN PHSPKFTCAC PDGMLLA RD MRSCLTEAEA AVATQETSTV RLKVSSTAVR TQHTTTRPVP DTSRLPGATP GLTTVEIVTM SHQALGDVAG RGNEKKPS S VRALSIVLPI VLLVFLCLGV FLLWKNWRLK NINSINFDNP VYQKTTEDEV HICHNQDGYS YPSRQMVSLE DDVA

UniProtKB: Low-density lipoprotein receptor

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #8: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.38 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3689076 / 詳細: Picked with Topaz
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold PDBID 7RXC and 1N7D
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 527598
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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