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万見
- EMDB-4568: Cryo-EM 3D structure of CI2eng toroidal dodecameric assembly. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4568
タイトルCryo-EM 3D structure of CI2eng toroidal dodecameric assembly.
マップデータ3D reconstruction of CI2eng assembly formed in solution. Resol 8.55A
試料
  • 複合体: CI2eng modification of the chymotrypsin inhibitor 2
    • タンパク質・ペプチド: CI2eng - modification of the chymotrypsin inhibitor 2 (CI2)
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.55 Å
データ登録者Valpuesta JM / Alvira S / Campos LA / Munoz V
資金援助 スペイン, 2件
OrganizationGrant number国
European Research CouncilERC-2012-ADG-323059 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessCSD2009-00088 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Engineering protein assemblies with allosteric control via monomer fold-switching.
著者: Luis A Campos / Rajendra Sharma / Sara Alvira / Federico M Ruiz / Beatriz Ibarra-Molero / Mourad Sadqi / Carlos Alfonso / Germán Rivas / Jose M Sanchez-Ruiz / Antonio Romero Garrido / José ...著者: Luis A Campos / Rajendra Sharma / Sara Alvira / Federico M Ruiz / Beatriz Ibarra-Molero / Mourad Sadqi / Carlos Alfonso / Germán Rivas / Jose M Sanchez-Ruiz / Antonio Romero Garrido / José M Valpuesta / Victor Muñoz /
要旨: The macromolecular machines of life use allosteric control to self-assemble, dissociate and change shape in response to signals. Despite enormous interest, the design of nanoscale allosteric ...The macromolecular machines of life use allosteric control to self-assemble, dissociate and change shape in response to signals. Despite enormous interest, the design of nanoscale allosteric assemblies has proven tremendously challenging. Here we present a proof of concept of allosteric assembly in which an engineered fold switch on the protein monomer triggers or blocks assembly. Our design is based on the hyper-stable, naturally monomeric protein CI2, a paradigm of simple two-state folding, and the toroidal arrangement with 6-fold symmetry that it only adopts in crystalline form. We engineer CI2 to enable a switch between the native and an alternate, latent fold that self-assembles onto hexagonal toroidal particles by exposing a favorable inter-monomer interface. The assembly is controlled on demand via the competing effects of temperature and a designed short peptide. These findings unveil a remarkable potential for structural metamorphosis in proteins and demonstrate key principles for engineering protein-based nanomachinery.
履歴
登録2019年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2019年11月13日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.526
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.526
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4568.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4568.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 844.7 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of CI2eng assembly formed in solution. Resol 8.55A
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.71 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.526 / ムービー #1: 0.526
最小 - 最大-1.2190388 - 34.361904
平均 (標準偏差)0.20024234 (±1.4384073)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 102.600006 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.711.711.71
M x/y/z606060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z102.600102.600102.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ401401401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS606060
D min/max/mean-1.21934.3620.200

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CI2eng modification of the chymotrypsin inhibitor 2

全体名称: CI2eng modification of the chymotrypsin inhibitor 2
要素
  • 複合体: CI2eng modification of the chymotrypsin inhibitor 2
    • タンパク質・ペプチド: CI2eng - modification of the chymotrypsin inhibitor 2 (CI2)

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超分子 #1: CI2eng modification of the chymotrypsin inhibitor 2

超分子名称: CI2eng modification of the chymotrypsin inhibitor 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare (オオムギ) / 器官: seeds
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 80 KDa

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分子 #1: CI2eng - modification of the chymotrypsin inhibitor 2 (CI2)

分子名称: CI2eng - modification of the chymotrypsin inhibitor 2 (CI2)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare (オオムギ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MDAKTEWPE LVGKSLEEAK KALLQDKPEA TIIVIPVGTI VTMEYRVDRV RIVVDKLDNI AEVPTVG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5 / 詳細: 20mM sodium borate buffer at pH 8.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 6200
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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