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万見
- EMDB-45427: HAstV1 spike in complex with neutralizing Fabs 3H4 and 3B4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45427
タイトルHAstV1 spike in complex with neutralizing Fabs 3H4 and 3B4
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: Human astrovirus 1 spike in complex with Fab 3B4 and Fab 3H4
    • 複合体: HAstV1 neutralizing Fab 3B4
      • タンパク質・ペプチド: HAstV1 neutralizing Fab 3B4 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: HAstV1 neutralizing Fab 3B4 kappa chain
    • 複合体: Recombinant human astrovirus serotype 1 spike protein
      • タンパク質・ペプチド: Structural protein
    • 複合体: HAstV1 neutralizing Fab 3H4
      • タンパク質・ペプチド: HAstV1 neutralizing Fab 3H4 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: HAstV1 neutralizing Fab 3H4 lambda chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードantibody / virus / spike / homodimer / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Turkey astrovirus capsid protein / Turkey astrovirus capsid protein / Capsid, astroviral / Astrovirus capsid protein nucleoplasmin-like domain / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host extracellular space / Capsid polyprotein VP90
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Human astrovirus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Lanning S / DuBois RM / Balasco Serrao VH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI144090 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2025
タイトル: Discovery of three novel neutralizing antibody epitopes on the human astrovirus capsid spike and mechanistic insights into virus neutralization.
著者: Sarah Lanning / Nayeli Aguilar-Hernández / Vitor Hugo B Serrão / Tomás López / Sara M O'Rourke / Adam Lentz / Lena Ricemeyer / Rafaela Espinosa / Susana López / Carlos F Arias / Rebecca M DuBois /
要旨: Human astroviruses (HAstVs) are a leading cause of viral childhood diarrhea that infects nearly every individual during their lifetime. Although human astroviruses are highly prevalent, no approved ...Human astroviruses (HAstVs) are a leading cause of viral childhood diarrhea that infects nearly every individual during their lifetime. Although human astroviruses are highly prevalent, no approved vaccine currently exists. Antibody responses appear to play an important role in protection from HAstV infection; however, knowledge about the neutralizing epitope landscape is lacking, as only three neutralizing antibody epitopes have previously been determined. Here, we structurally define the epitopes of three uncharacterized HAstV-neutralizing monoclonal antibodies: antibody 4B6 with X-ray crystallography to 2.67 Å, and antibodies 3H4 and 3B4 simultaneously with single-particle cryogenic-electron microscopy to 3.33 Å. We assess the epitope locations relative to conserved regions on the capsid spike and find that while antibodies 4B6 and 3B4 target the upper variable loop regions of the HAstV spike protein, antibody 3H4 targets a novel region near the base of the spike that is more conserved. Additionally, we found that all three antibodies bind with high affinity, and they compete with receptor FcRn binding to the capsid spike. These studies inform which regions of the HAstV capsid can be targeted by monoclonal antibody therapies and could aid in rational vaccine design.IMPORTANCEHuman astroviruses (HAstVs) infect nearly every child in the world, causing diarrhea, vomiting, and fever. Despite the prevalence of human astroviruses, little is known about how antibodies block virus infection. Here, we determined high-resolution structures of the astrovirus capsid protein in a complex with three virus-neutralizing antibodies. The antibodies bind distinct sites on the capsid spike domain. The antibodies block virus attachment to human cells and prevent capsid spike interaction with the human neonatal Fc receptor. These findings support the use of the human astrovirus capsid spike as an antigen in a vaccine to prevent astrovirus disease.
履歴
登録2024年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45427.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45427.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.42 Å/pix.
x 686 pix.
= 284.69 Å		0.42 Å/pix.
x 686 pix.
= 284.69 Å		0.42 Å/pix.
x 686 pix.
= 284.69 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.415 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0221
最小 - 最大-0.27724278 - 0.36337492
平均 (標準偏差)0.000041575127 (±0.0058708275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ686686686
Spacing686686686
セルA=B=C: 284.69 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_45427_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_45427_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_45427_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human astrovirus 1 spike in complex with Fab 3B4 and Fab 3H4

全体名称: Human astrovirus 1 spike in complex with Fab 3B4 and Fab 3H4
要素
  • 複合体: Human astrovirus 1 spike in complex with Fab 3B4 and Fab 3H4
    • 複合体: HAstV1 neutralizing Fab 3B4
      • タンパク質・ペプチド: HAstV1 neutralizing Fab 3B4 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: HAstV1 neutralizing Fab 3B4 kappa chain
    • 複合体: Recombinant human astrovirus serotype 1 spike protein
      • タンパク質・ペプチド: Structural protein
    • 複合体: HAstV1 neutralizing Fab 3H4
      • タンパク質・ペプチド: HAstV1 neutralizing Fab 3H4 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: HAstV1 neutralizing Fab 3H4 lambda chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
超分子 #1: Human astrovirus 1 spike in complex with Fab 3B4 and Fab 3H4

超分子名称: Human astrovirus 1 spike in complex with Fab 3B4 and Fab 3H4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

+
超分子 #2: HAstV1 neutralizing Fab 3B4

超分子名称: HAstV1 neutralizing Fab 3B4 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: Recombinant Fab expressed in CHO-S cells
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
超分子 #3: Recombinant human astrovirus serotype 1 spike protein

超分子名称: Recombinant human astrovirus serotype 1 spike protein
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Human astrovirus 1 (ウイルス)

+
超分子 #4: HAstV1 neutralizing Fab 3H4

超分子名称: HAstV1 neutralizing Fab 3H4 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: HAstV1 neutralizing Fab 3B4 heavy chain

分子名称: HAstV1 neutralizing Fab 3B4 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
分子量理論値: 24.231156 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLHQPGAE LVKPGASVNL SCKASGYTFT SYWMHWVKQR PGQGLEWIGE INPSSGRANY NEKFKNKATL TVDKSSITAY MHLSSLTSE DSAVYYCHWD YYAMDYWGQG TSVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT ...文字列:
QVQLHQPGAE LVKPGASVNL SCKASGYTFT SYWMHWVKQR PGQGLEWIGE INPSSGRANY NEKFKNKATL TVDKSSITAY MHLSSLTSE DSAVYYCHWD YYAMDYWGQG TSVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS CASLVPR

+
分子 #2: HAstV1 neutralizing Fab 3B4 kappa chain

分子名称: HAstV1 neutralizing Fab 3B4 kappa chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
分子量理論値: 23.42085 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIVLTQSPAT LSVTPGDSVS LSCRASQSIS NNLHWYQQKS HESPRLLFKS ASQSISGIPS RFSGSGSGTD FTLSINSVET EDFGMYFCQ QTNSWPLTFG TGTKLDLKRR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
DIVLTQSPAT LSVTPGDSVS LSCRASQSIS NNLHWYQQKS HESPRLLFKS ASQSISGIPS RFSGSGSGTD FTLSINSVET EDFGMYFCQ QTNSWPLTFG TGTKLDLKRR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGE

+
分子 #3: Structural protein

分子名称: Structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human astrovirus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 25.231674 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGEEYKVVLT FGSPMSPNAN NKQTWVNKPL DAPSGHYNVK IAKDVDHYLT MQGFTSIASV DWYTIDFQPS EAPAPIKGLQ VLVNISKKA DVYAVKQFVT AQTNNKHQVT SLFLVKVTTG FQVNNYLSYF YRASATGDAT TNLLVRGDTY TAGISFTQGG W YLLTNTSI ...文字列:
MGEEYKVVLT FGSPMSPNAN NKQTWVNKPL DAPSGHYNVK IAKDVDHYLT MQGFTSIASV DWYTIDFQPS EAPAPIKGLQ VLVNISKKA DVYAVKQFVT AQTNNKHQVT SLFLVKVTTG FQVNNYLSYF YRASATGDAT TNLLVRGDTY TAGISFTQGG W YLLTNTSI VDGAMPPGWV WNNVELKTNT AYHMDKGLVH LIMPLPESTQ MCYEMLTSIP AAAELALVPR

UniProtKB: Capsid polyprotein VP90

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分子 #4: HAstV1 neutralizing Fab 3H4 heavy chain

分子名称: HAstV1 neutralizing Fab 3H4 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
分子量理論値: 24.436518 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLKESGPG LVAPSQSLSI SCTVSGFSLT TFGIHWIRQP PGKGLEWLGV IWAAGTTNYN STLKSRLTIT KDNSRSQVFL KMNSLQTYD TAIYYCVRED YDYFFGLDYW GQGTSVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列:
QVQLKESGPG LVAPSQSLSI SCTVSGFSLT TFGIHWIRQP PGKGLEWLGV IWAAGTTNYN STLKSRLTIT KDNSRSQVFL KMNSLQTYD TAIYYCVRED YDYFFGLDYW GQGTSVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSCASLVPR

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分子 #5: HAstV1 neutralizing Fab 3H4 lambda chain

分子名称: HAstV1 neutralizing Fab 3H4 lambda chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
分子量理論値: 23.275816 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSSTGAVT TSNYASWVQE KPDHLFIGLI GGTNNRAPGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTDDEAIYF CALWFSNHWV FGGGTKLTVL GRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE ...文字列:
QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSSTGAVT TSNYASWVQE KPDHLFIGLI GGTNNRAPGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTDDEAIYF CALWFSNHWV FGGGTKLTVL GRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.86 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMTris base
150.0 mMsodium chlorideNaCl
3.57 uMlauryl maltose neopentyl glycolC47H88O22

詳細: TBS buffer pH 8 with 3.57 uM LMNG detergent to improve orientation bias
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7235 / 平均電子線量: 32.26 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 4132753
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 163237
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類クラス数: 3
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5ewo

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ewo

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
chain_id: A, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: B, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: E, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: F, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 112
得られたモデル

PDB-9cbn:
HAstV1 spike in complex with neutralizing Fabs 3H4 and 3B4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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