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- PDB-9cn2: Human astrovirus 2 spike bound to neutralizing scFv 4B6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cn2
タイトルHuman astrovirus 2 spike bound to neutralizing scFv 4B6
要素
  • Neutralizing scFv 4B6
  • spike protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Antibody / spike / homodimer / neutralization
生物種Human astrovirus 2 (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Lanning, S. / DuBois, R.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI144090 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2025
タイトル: Discovery of three novel neutralizing antibody epitopes on the human astrovirus capsid spike and mechanistic insights into virus neutralization.
著者: Sarah Lanning / Nayeli Aguilar-Hernández / Vitor Hugo B Serrão / Tomás López / Sara M O'Rourke / Adam Lentz / Lena Ricemeyer / Rafaela Espinosa / Susana López / Carlos F Arias / Rebecca M DuBois /
要旨: Human astroviruses (HAstVs) are a leading cause of viral childhood diarrhea that infects nearly every individual during their lifetime. Although human astroviruses are highly prevalent, no approved ...Human astroviruses (HAstVs) are a leading cause of viral childhood diarrhea that infects nearly every individual during their lifetime. Although human astroviruses are highly prevalent, no approved vaccine currently exists. Antibody responses appear to play an important role in protection from HAstV infection; however, knowledge about the neutralizing epitope landscape is lacking, as only three neutralizing antibody epitopes have previously been determined. Here, we structurally define the epitopes of three uncharacterized HAstV-neutralizing monoclonal antibodies: antibody 4B6 with X-ray crystallography to 2.67 Å, and antibodies 3H4 and 3B4 simultaneously with single-particle cryogenic-electron microscopy to 3.33 Å. We assess the epitope locations relative to conserved regions on the capsid spike and find that while antibodies 4B6 and 3B4 target the upper variable loop regions of the HAstV spike protein, antibody 3H4 targets a novel region near the base of the spike that is more conserved. Additionally, we found that all three antibodies bind with high affinity, and they compete with receptor FcRn binding to the capsid spike. These studies inform which regions of the HAstV capsid can be targeted by monoclonal antibody therapies and could aid in rational vaccine design.IMPORTANCEHuman astroviruses (HAstVs) infect nearly every child in the world, causing diarrhea, vomiting, and fever. Despite the prevalence of human astroviruses, little is known about how antibodies block virus infection. Here, we determined high-resolution structures of the astrovirus capsid protein in a complex with three virus-neutralizing antibodies. The antibodies bind distinct sites on the capsid spike domain. The antibodies block virus attachment to human cells and prevent capsid spike interaction with the human neonatal Fc receptor. These findings support the use of the human astrovirus capsid spike as an antigen in a vaccine to prevent astrovirus disease.
履歴
登録2024年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: spike protein
B: Neutralizing scFv 4B6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5672
ポリマ－52,5672
非ポリマー00
水543
1
A: spike protein
B: Neutralizing scFv 4B6

A: spike protein
B: Neutralizing scFv 4B6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1344
ポリマ－105,1344
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_454-x-1/4,z+1/4,y-1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)160.348, 160.348, 160.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 spike protein


分子量: 26047.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human astrovirus 2 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 抗体 Neutralizing scFv 4B6


分子量: 26519.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / Cell (発現宿主): CHO-S
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.36 % / 解説: 4 sided diamond shape
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, and 0.74 M sodium citrate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→160.64 Å / Num. obs: 20653 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 74.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.67→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 3.291 / Num. unique obs: 1020 / CC1/2: 0.755 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1-4487)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→42.85 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 1997 9.7 %
Rwork0.2122 --
obs0.2168 20583 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→42.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3493 0 0 3 3496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.069
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.662479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.67-2.740.33181390.30361294X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.810.35861400.27361299X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.890.31361380.28671287X-RAY DIFFRACTION100
2.89-2.990.34231420.29081319X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.090.41461390.30631289X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.220.38651390.30821298X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.360.29241390.26311315X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.540.30251420.23321308X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.760.24511400.2361315X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.050.24831440.21891334X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.460.22791430.17011328X-RAY DIFFRACTION100
4.46-5.10.20741440.14861342X-RAY DIFFRACTION100
5.11-6.410.21621490.18391379X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.3371 Å / Origin y: 20.8602 Å / Origin z: -10.2538 Å
111213212223313233
T0.6335 Å20.0377 Å20.0239 Å2-0.3645 Å2-0.0993 Å2--0.3822 Å2
L2.1328 °2-0.3468 °21.0708 °2-0.3083 °2-0.8495 °2--1.4755 °2
S-0.0474 Å °-0.2887 Å °0.0174 Å °0.1856 Å °0.0427 Å °-0.0184 Å °-0.2248 Å °-0.145 Å °-0.0043 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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