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基本情報
| 登録情報 | ![]() | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Cryo-EM structure of the reconstituted TRRAP lobe of the human TIP60 complex (composite structure) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | histone acetyltransferase / chromatin regulator / transcription regulation / GENE REGULATION | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / transcription factor TFTC complex / Swr1 complex / protein antigen binding / regulation of double-strand break repair / SAGA complex / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / regulation of RNA splicing / DNA repair-dependent chromatin remodeling ...haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / transcription factor TFTC complex / Swr1 complex / protein antigen binding / regulation of double-strand break repair / SAGA complex / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / regulation of RNA splicing / DNA repair-dependent chromatin remodeling / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of DNA repair / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / helicase activity / transcription coregulator activity / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to toxic substance / nucleosome / HATs acetylate histones / chromatin organization / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / DNA repair / hydrolase activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Louder RK / Park G / Patel AB | |||||||||
| 資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Publishedタイトル: Structural divergence of H2A.Z-associated human chromatin remodelers SRCAP and TIP60 著者: Park G / Patel AB / Wu C / Louder RK | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
|---|
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_45389.map.gz | 10.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-45389-v30.xml emd-45389.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| 画像 | emd_45389.png | 162.6 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-45389.cif.gz | 8.8 KB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45389 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45389 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 9cafMC ![]() 9ca7C ![]() 9ca8C ![]() 9ca9C ![]() 9caaC ![]() 9cabC ![]() 9cacC ![]() 9cadC ![]() 9caeC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
|---|---|
| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
-
リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45389.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.726 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Reconstituted TRRAP lobe of the TIP60 complex
| 全体 | 名称: Reconstituted TRRAP lobe of the TIP60 complex |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: Reconstituted TRRAP lobe of the TIP60 complex
| 超分子 | 名称: Reconstituted TRRAP lobe of the TIP60 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 560 KDa |
-分子 #1: E1A-binding protein p400,Haloalkane dehalogenase chimera
| 分子 | 名称: E1A-binding protein p400,Haloalkane dehalogenase chimera タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 125.783695 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 配列 | 文字列: MAEQSKRPRL EVGHQGVVFQ HPGADAGVPL QQLMPTAQGG MPPTPQAAQL AGQRQSQQQY DPSTGPPVQN AASLHTPLPQ LPGRLPPAG VPTAALSSAL QFAQQPQVVE AQTQLQIPVK TQQPNVPIPA PPSSQLPIPP SQPAQLALHV PTPGKVQVQA S QLSSLPQM ...文字列: MAEQSKRPRL EVGHQGVVFQ HPGADAGVPL QQLMPTAQGG MPPTPQAAQL AGQRQSQQQY DPSTGPPVQN AASLHTPLPQ LPGRLPPAG VPTAALSSAL QFAQQPQVVE AQTQLQIPVK TQQPNVPIPA PPSSQLPIPP SQPAQLALHV PTPGKVQVQA S QLSSLPQM VASTRLPVDP APPCPRPLPT SSTSSLAPVS GSGPGPSPAR SSPVNRPSSA TNKALSPVTS RTPGVVASAP TK PQSPAQN ATSSQDSSQD TLTEQITLEN QVHQRIAELR KAGLWSQRRL PKLQEAPRPK SHWDYLLEEM QWMATDFAQE RRW KVAAAK KLVRTVVRHH EEKQLREERG KKEEQSRLRR IAASTAREIE CFWSNIEQVV EIKLRVELEE KRKKALNLQK VSRR GPGSS DSENMPCDEE PSQLEELADF MEQLTPIEKY ALNYLELFHT SIEQEKERNS EDAVMTAVRA WEFWNLKTLQ EREAR LRLE QEEAELLTYT REDAYSMEYV YEDVDGQTEV MPLWTPPTPP QDDSDIYLDS VMCLMYEATP IPEAKLPPVY VRKERK RHK TDPSAAGRKK KQRHGEAVVP PRSLFDRATP GLLKIRREGK EQKKNILLKQ QVPFAKPLPT FAKPTAEPGQ DDNPEWL IS EDWALLQAVK QLLELPLNLT IVSPAHTPNW DLVSDVVNSC SRIYRSSKQC RNRYENVIIP REEKSKNNRP LLRTSQIY A QDENATHTQL YTSHFDLMKM TAGKRPPIKP LLGMNPFQKN PPKHASVLAE SGINYDKPLP PIQVASLRAE RIAKEKKAL DGSGGSGEDL YFQSGGSMAE IGTGFPFDPH YVEVLGERMH YVDVGPRDGT PVLFLHGNPT SSYVWRNIIP HVAPTHRCIA PDLIGMGKS DKPDLGYFFD DHVRFMDAFI EALGLEEVVL VIHDWGSALG FHWAKRNPER VKGIAFMEFI RPIPTWDEWP E FARETFQA FRTTDVGRKL IIDQNVFIEG TLPMGVVRPL TEVEMDHYRE PFLNPVDREP LWRFPNELPI AGEPANIVAL VE EYMDWLH QSPVPKLLFW GTPGVLIPPA EAARLAKSLP NCKAVDIGPG LNLLQEDNPD LIGSEIARWL STLEISGGGH HHH HH UniProtKB: E1A-binding protein p400, E1A-binding protein p400, Haloalkane dehalogenase |
-分子 #2: Isoform 2 of Transformation/transcription domain-associated protein
| 分子 | 名称: Isoform 2 of Transformation/transcription domain-associated protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 433.231312 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 配列 | 文字列: MAFVATQGAT VVDQTTLMKK YLQFVAALTD VNTPDETKLK MMQEVSENFE NVTSSPQYST FLEHIIPRFL TFLQDGEVQF LQEKPAQQL RKLVLEIIHR IPTNEHLRPH TKNVLSVMFR FLETENEENV LICLRIIIEL HKQFRPPITQ EIHHFLDFVK Q IYKELPKV ...文字列: MAFVATQGAT VVDQTTLMKK YLQFVAALTD VNTPDETKLK MMQEVSENFE NVTSSPQYST FLEHIIPRFL TFLQDGEVQF LQEKPAQQL RKLVLEIIHR IPTNEHLRPH TKNVLSVMFR FLETENEENV LICLRIIIEL HKQFRPPITQ EIHHFLDFVK Q IYKELPKV VNRYFENPQV IPENTVPPPE MVGMITTIAV KVNPEREDSE TRTHSIIPRG SLSLKVLAEL PIIVVLMYQL YK LNIHNVV AEFVPLIMNT IAIQVSAQAR QHKLYNKELY ADFIAAQIKT LSFLAYIIRI YQELVTKYSQ QMVKGMLQLL SNC PAETAH LRKELLIAAK HILTTELRNQ FIPCMDKLFD ESILIGSGYT ARETLRPLAY STLADLVHHV RQHLPLSDLS LAVQ LFAKN IDDESLPSSI QTMSCKLLLN LVDCIRSKSE QESGNGRDVL MRMLEVFVLK FHTIARYQLS AIFKKCKPQS ELGAV EAAL PGSGGGASGG GSGEKDKEDK QTFQVTDCRS LVKTLVCGVK TITWGITSCK APGEAQFIPN KQLQPKETQI YIKLVK YAM QALDIYQVQI AGNGQTYIRV ANCQTVRMKE EKEVLEHFAG VFTMMNPLTF KEIFQTTVPY MVERISKNYA LQIVANS FL ANPTTSALFA TILVEYLLDR LPEMGSNVEL SNLYLKLFKL VFGSVSLFAA ENEQMLKPHL HKIVNSSMEL AQTAKEPY N YFLLLRALFR SIGGGSHDLL YQEFLPLLPN LLQGLNMLQS GLHKQHMKDL FVELCLTVPV RLSSLLPYLP MLMDPLVSA LNGSQTLVSQ GLRTLELCVD NLQPDFLYDH IQPVRAELMQ ALWRTLRNPA DSISHVAYRV LGKFGGSNRK MLKESQKLHY VVTEVQGPS ITVEFSDCKA SLQLPMEKAI ETALDCLKSA NTEPYYRRQA WEVIKCFLVA MMSLEDNKHA LYQLLAHPNF T EKTIPNVI ISHRYKAQDT PARKTFEQAL TGAFMSAVIK DLRPSALPFV ASLIRHYTMV AVAQQCGPFL LPCYQVGSQP ST AMFHSEE NGSKGMDPLV LIDAIAICMA YEEKELCKIG EVALAVIFDV ASIILGSKER ACQLPLFSYI VERLCACCYE QAW YAKLGG VVSIKFLMER LPLTWVLQNQ QTFLKALLFV MMDLTGEVSN GAVAMAKTTL EQLLMRCATP LKDEERAEEI VAAQ EKSFH HVTHDLVREV TSPNSTVRKQ AMHSLQVLAQ VTGKSVTVIM EPHKEVLQDM VPPKKHLLRH QPANAQIGLM EGNTF CTTL QPRLFTMDLN VVEHKVFYTE LLNLCEAEDS ALTKLPCYKS LPSLVPLRIA ALNALAACNY LPQSREKIIA ALFKAL NST NSELQEAGEA CMRKFLEGAT IEVDQIHTHM RPLLMMLGDY RSLTLNVVNR LTSVTRLFPN SFNDKFCDQM MQHLRKW ME VVVITHKGGQ RSDGNEMKIC SAIINLFHLI PAAPQTLVKP LLEVVMKTER AMLIEAGSPF REPLIKFLTR HPSQTVEL F MMEATLNDPQ WSRMFMSFLK HKDARPLRDV LAANPNRFIT LLLPGGAQTA VRPGSPSTST MRLDLQFQAI KIISIIVKN DDSWLASQHS LVSQLRRVWV SENFQERHRK ENMAATNWKE PKLLAYCLLN YCKRNYGDIE LLFQLLRAFT GRFLCNMTFL KEYMEEEIP KNYSIAQKRA LFFRFVDFND PNFGDELKAK VLQHILNPAF LYSFEKGEGE QLLGPPNPEG DNPESITSVF I TKVLDPEK QADMLDSLRI YLLQYATLLV EHAPHHIHDN NKNRNSKLRR LMTFAWPCLL SKACVDPACK YSGHLLLAHI IA KFAIHKK IVLQVFHSLL KAHAMEARAI VRQAMAILTP AVPARMEDGH QMLTHWTRKI IVEEGHTVPQ LVHILHLIVQ HFK VYYPVR HHLVQHMVSA MQRLGFTPSV TIEQRRLAVD LSEVVIKWEL QRIKDQQPDS DMDPNSSGEG GDYKDHDIDY KDDD DKGSV SSSIKRGLSV DSAQEVKRFR TATGAISAVF GRSQSLPGAD SLLAKPIDKQ HTDTVVNFLI RVACQVNDNT NTAGS PGEV LSRRCVNLLK TALRPDMWPK SELKLQWFDK LLMTVEQPNQ VNYGNICTGL EVLSFLLTVL QSPAILSSFK PLQRGI AAC MTCGNTKVLR AVHSLLSRLM SIFPTEPSTS SVASKYEELE CLYAAVGKVI YEGLTNYEKA TNANPSQLFG TLMILKS AC SNNPSYIDRL ISVFMRSLQK MVREHLNPQA ASGSTEATSG TSELVMLSLE LVKTRLAVMS MEMRKNFIQA ILTSLIEK S PDAKILRAVV KIVEEWVKNN SPMAANQTPT LREKSILLVK MMTYIEKRFP EDLELNAQFL DLVNYVYRDE TLSGSELTA KLEPAFLSGL RCAQPLIRAK FFEVFDNSMK RRVYERLLYV TCSQNWEAMG NHFWIKQCIE LLLAVCEKST PIGTSCQGAM LPSITNVIN LADSHDRAAF AMVTHVKQEP RERENSESKE EDVEIDIELA PGDQTSTPKT KELSEKDIGN QLHMLTNRHD K FLDTLREV KTGALLSAFV QLCHISTTLA EKTWVQLFPR LWKILSDRQQ HALAGEISPF LCSGSHQVQR DCQPSALNCF VE AMSQCVP PIPIRPCVLK YLGKTHNLWF RSTLMLEHQA FEKGLSLQIK PKQTTEFYEQ ESITPPQQEI LDSLAELYSL LQE EDMWAG LWQKRCKYSE TATAIAYEQH GFFEQAQESY EKAMDKAKKE HERSNASPAI FPEYQLWEDH WIRCSKELNQ WEAL TEYGQ SKGHINPYLV LECAWRVSNW TAMKEALVQV EVSCPKEMAW KVNMYRGYLA ICHPEEQQLS FIERLVEMAS SLAIR EWRR LPHVVSHVHT PLLQAAQQII ELQEAAQINA GLQPTNLGRN NSLHDMKTVV KTWRNRLPIV SDDLSHWSSI FMWRQH HYQ AIVTAYENSS QHDPSSNNAM LGVHASASAI IQYGKIARKQ GLVNVALDIL SRIHTIPTVP IVDCFQKIRQ QVKCYLQ LA GVMGKNECMQ GLEVIESTNL KYFTKEMTAE FYALKGMFLA QINKSEEANK AFSAAVQMHD VLVKAWAMWG DYLENIFV K ERQLHLGVSA ITCYLHACRH QNESKSRKYL AKVLWLLSFD DDKNTLADAV DKYCIGVPPI QWLAWIPQLL TCLVGSEGK LLLNLISQVG RVYPQAVYFP IRTLYLTLKI EQRERYKSDP GPIRATAPMW RCSRIMHMQR ELHPTLLSSL EGIVDQMVWF RENWHEEVL RQLQQGLAKC YSVAFEKSGA VSDAKITPHT LNFVKKLVST FGVGLENVSN VSTMFSSAAS ESLARRAQAT A QDPVFQKL KGQFTTDFDF SVPGSMKLHN LISKLKKWIK ILEAKTKQLP KFFLIEEKCR FLSNFSAQTA EVEIPGEFLM PK PTHYYIK IARFMPRVEI VQKHNTAARR LYIRGHNGKI YPYLVMNDAC LTESRREERV LQLLRLLNPC LEKRKETTKR HLF FTVPRV VAVSPQMRLV EDNPSSLSLV EIYKQRCAKK GIEHDNPISR YYDRLATVQA RGTQASHQVL RDILKEVQSN MVPR SMLKE WALHTFPNAT DYWTFRKMFT IQLALIGFAE FVLHLNRLNP EMLQIAQDTG KLNVAYFRFD INDATGDLDA NRPVP FRLT PNISEFLTTI GVSGPLTASM IAVARCFAQP NFKVDGILKT VLRDEIIAWH KKTQEDTSSP LSAAGQPENM DSQQLV SLV QKAVTAIMTR LHNLAQFEGG ESKVNTLVAA ANSLDNLCRM DPAWHPWL UniProtKB: Transformation/transcription domain-associated protein |
-分子 #3: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
| 分子 | 名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: IHP |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 660.035 Da |
| Chemical component information | ![]() ChemComp-IHP: |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
| 緩衝液 | pH: 7.6 |
|---|---|
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
ムービー
コントローラー
万見について




キーワード
Homo sapiens (ヒト)
データ登録者
米国, 1件
引用




































































Z (Sec.)
Y (Row.)
X (Col.)





















解析
FIELD EMISSION GUN
