EMDB-45115: Local refinement map of mink RyR3 in open conformation bound to C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-45115

タイトル

Local refinement map of mink RyR3 in open conformation bound to Ca2+/ATP/caffeine using mask 4 (TMD/CTD)

マップデータ

auto-sharpened map with B-factor=90.0

試料

複合体: mink RyR3 + FKBP12.6

キーワード

RyR3 / Ryanodine Receptor / calcium channel / ion channel / MEMBRANE PROTEIN

生物種

Neogale vison (哺乳類)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Chen YS / Van Petegem F

資金援助

カナダ, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM investigation of ryanodine receptor type 3.
著者: Chen YS / Garcia-Castaneda M / Charalambous M / Rossi D / Sorrentino V / Van Petegem F

履歴

登録	2024年5月29日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年10月16日	-
マップ公開	2024年10月16日	-
更新	2024年10月16日	-
現状	2024年10月16日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_45115.map.gz	483.3 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-45115-v30.xml emd-45115.xml	17.7 KB 17.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_45115_fsc.xml	16.9 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_45115.png	114 KB
マスクデータ	emd_45115_msk_1.map	512 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-45115.cif.gz	4.7 KB
その他	emd_45115_additional_1.map.gz emd_45115_half_map_1.map.gz emd_45115_half_map_2.map.gz	256.4 MB 474.5 MB 474.5 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45115 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45115	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_45115_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_45115_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	emd_45115_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_45115_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45115 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45115	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	45035C 45107C 45108C 45109C 45110C 45111C 45112C 45113C 45114C 45116C 45117C 9c1eC 9c1fC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_45115.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

auto-sharpened map with B-factor=90.0

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.935 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.1
最小 - 最大	-0.36736524 - 0.6298612
平均 (標準偏差)	0.00057411706 (±0.012939834)

対称性

空間群: 1

詳細

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全体 : mink RyR3 + FKBP12.6

全体	名称: mink RyR3 + FKBP12.6
要素	複合体: mink RyR3 + FKBP12.6

-
超分子 #1: mink RyR3 + FKBP12.6

超分子	名称: mink RyR3 + FKBP12.6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)	生物種: Neogale vison (哺乳類)
分子量	理論値: 2.25 MDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	5 mg/mL
緩衝液	pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 250 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.02% GDN, 0.03 mM free Ca2+ buffered with 2 mM EGTA, 5 mM ATP, 5 mM caffeine, 1:1000 diluted protease inhibitor cocktail
グリッド	モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blotted for 3 s (blot force of 7 to 10) using ashless blotting paper (Whatman).

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 10099 / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 162679
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL In silico モデル: Generated by stochastic gradient descent using ab initio reconstruction job type in cryoSPARC
最終再構成	使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C₄ (4回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 84690
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.0)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.0)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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