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- EMDB-44933: Homomeric alpha3 glycine receptor in the presence of 0.1 mM glyci... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44933
タイトルHomomeric alpha3 glycine receptor in the presence of 0.1 mM glycine in an apo state.
マップデータ
試料
  • 複合体: Pentameric Assembly of Human Glycine Receptor Subtype Alpha3
    • タンパク質・ペプチド: Glycine receptor subunit alpha-3
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: water
キーワードGlycine / Ion Channel / Ligand-Gated / Pentameric / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine-gated chloride ion channel activity / glycine-gated chloride channel complex / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / glycine binding / chloride transmembrane transport / protein homooligomerization / transmembrane signaling receptor activity / perikaryon / postsynaptic membrane ...glycine-gated chloride ion channel activity / glycine-gated chloride channel complex / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / glycine binding / chloride transmembrane transport / protein homooligomerization / transmembrane signaling receptor activity / perikaryon / postsynaptic membrane / intracellular membrane-bounded organelle / dendrite / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycine receptor alpha3 / Glycine receptor alpha / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel ...Glycine receptor alpha3 / Glycine receptor alpha / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycine receptor subunit alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Kindig K / Gibbs E / Chakrapani S
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM131216 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134896 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)3R01GM108921-03S1 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM108921-5S1 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)3R01GM131216-1S1 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD032437 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Mechanisms underlying modulation of human GlyRα3 by Zn and pH.
著者: Kayla Kindig / Eric Gibbs / David Seiferth / Philip C Biggin / Sudha Chakrapani /
要旨: Glycine receptors (GlyRs) regulate motor control and pain processing in the central nervous system through inhibitory synaptic signaling. The subtype GlyRα3 expressed in nociceptive sensory neurons ...Glycine receptors (GlyRs) regulate motor control and pain processing in the central nervous system through inhibitory synaptic signaling. The subtype GlyRα3 expressed in nociceptive sensory neurons of the spinal dorsal horn is a key regulator of physiological pain perception. Disruption of spinal glycinergic inhibition is associated with chronic inflammatory pain states, making GlyRα3 an attractive target for pain treatment. GlyRα3 activity is modulated by numerous endogenous and exogenous ligands that consequently affect pain sensitization. To understand the mechanism of two such endogenous modulators, Zn and protons, we have used cryo-electron microscopy to determine structures of full-length human GlyRα3 in various functional states. Whereas acidic pH reduces peak glycine response, Zn displays biphasic modulation in a concentration-dependent manner. Our findings reveal the effector sites and also capture intermediate conformations in the gating cycle. Combined with molecular dynamics simulations and electrophysiology, this work provides important insights into GlyRα3 activation and regulation.
履歴
登録2024年5月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44933.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44933.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0164
最小 - 最大-0.029977584 - 0.10178443
平均 (標準偏差)0.00007768381 (±0.0026177168)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44933_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44933_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pentameric Assembly of Human Glycine Receptor Subtype Alpha3

全体名称: Pentameric Assembly of Human Glycine Receptor Subtype Alpha3
要素
  • 複合体: Pentameric Assembly of Human Glycine Receptor Subtype Alpha3
    • タンパク質・ペプチド: Glycine receptor subunit alpha-3
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: water

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超分子 #1: Pentameric Assembly of Human Glycine Receptor Subtype Alpha3

超分子名称: Pentameric Assembly of Human Glycine Receptor Subtype Alpha3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: Glycine receptor subunit alpha-3

分子名称: Glycine receptor subunit alpha-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.581066 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MAHVRHFRTL VSGFYFWEAA LLLSLVATKE TDSARSRSAP MSPSDFLDKL MGRTSGYDAR IRPNFKGPPV NVTCNIFINS FGSIAETTM DYRVNIFLRQ KWNDPRLAYS EYPDDSLDLD PSMLDSIWKP DLFFANEKGA NFHEVTTDNK LLRIFKNGNV L YSIRLTLT ...文字列:
MAHVRHFRTL VSGFYFWEAA LLLSLVATKE TDSARSRSAP MSPSDFLDKL MGRTSGYDAR IRPNFKGPPV NVTCNIFINS FGSIAETTM DYRVNIFLRQ KWNDPRLAYS EYPDDSLDLD PSMLDSIWKP DLFFANEKGA NFHEVTTDNK LLRIFKNGNV L YSIRLTLT LSCPMDLKNF PMDVQTCIMQ LESFGYTMND LIFEWQDEAP VQVAEGLTLP QFLLKEEKDL RYCTKHYNTG KF TCIEVRF HLERQMGYYL IQMYIPSLLI VILSWVSFWI NMDAAPARVA LGITTVLTMT TQSSGSRASL PKVSYVKAID IWM AVCLLF VFSALLEYAA VNFVSRQHKE LLRFRRKRKN KTEAFALEKF YRFSDMDDEV RESRFSFTAY GMGPCLQAKD GMTP KGPNH PVQVMPKSPD EMRKVFIDRA KKIDTISRAC FPLAFLIFNI FYWVIYKILR HEDIHQQQDL VPRGSHHHHH HHH

UniProtKB: Glycine receptor subunit alpha-3

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分子 #3: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...

分子名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 20 / 式: PIO
分子量理論値: 746.566 Da
Chemical component information

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

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分子 #4: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 20 / 式: PX4
分子量理論値: 678.94 Da
Chemical component information

ChemComp-PX4:
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DMPC, リン脂質*YM

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分子 #5: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 20 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5tio

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 106791
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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