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- EMDB-4467: Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4467
タイトルCryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)
マップデータunsharpened map
試料
  • 複合体: APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zhang S / Barford D
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1021/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Cyclin A2 degradation during the spindle assembly checkpoint requires multiple binding modes to the APC/C.
著者: Suyang Zhang / Thomas Tischer / David Barford /
要旨: The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) orchestrates cell cycle progression by controlling the temporal degradation of specific cell cycle regulators. Although cyclin A2 and cyclin B1 are ...The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) orchestrates cell cycle progression by controlling the temporal degradation of specific cell cycle regulators. Although cyclin A2 and cyclin B1 are both targeted for degradation by the APC/C, during the spindle assembly checkpoint (SAC), the mitotic checkpoint complex (MCC) represses APC/C's activity towards cyclin B1, but not cyclin A2. Through structural, biochemical and in vivo analysis, we identify a non-canonical D box (D2) that is critical for cyclin A2 ubiquitination in vitro and degradation in vivo. During the SAC, cyclin A2 is ubiquitinated by the repressed APC/C-MCC, mediated by the cooperative engagement of its KEN and D2 boxes, ABBA motif, and the cofactor Cks. Once the SAC is satisfied, cyclin A2 binds APC/C-Cdc20 through two mutually exclusive binding modes, resulting in differential ubiquitination efficiency. Our findings reveal that a single substrate can engage an E3 ligase through multiple binding modes, affecting its degradation timing and efficiency.
履歴
登録2018年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月11日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4467.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4467.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.014 / ムービー #1: 0.014
最小 - 最大-0.01246849 - 0.044519883
平均 (標準偏差)0.00003197904 (±0.0019779908)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z440.000440.000440.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0120.0450.000

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添付データ

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追加マップ: sharpened map with a B factor -50

ファイルemd_4467_additional.map
注釈sharpened map with a B factor -50
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: sharpened map with a B factor -50

ファイルemd_4467_additional_1.map
注釈sharpened map with a B factor -50
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap1

ファイルemd_4467_half_map_1.map
注釈halfmap1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfmap2

ファイルemd_4467_half_map_2.map
注釈halfmap2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)

全体名称: APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)
要素
  • 複合体: APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)
    • タンパク質・ペプチド: Apc1
    • タンパク質・ペプチド: Apc2
    • タンパク質・ペプチド: Apc3
    • タンパク質・ペプチド: Apc4
    • タンパク質・ペプチド: Apc5
    • タンパク質・ペプチド: Apc6
    • タンパク質・ペプチド: Apc7
    • タンパク質・ペプチド: Apc8
    • タンパク質・ペプチド: Apc10
    • タンパク質・ペプチド: Apc11
    • タンパク質・ペプチド: Apc12
    • タンパク質・ペプチド: Apc13
    • タンパク質・ペプチド: Apc15
    • タンパク質・ペプチド: Apc16
    • タンパク質・ペプチド: Cdc20
    • タンパク質・ペプチド: Cdk2
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin A2
    • タンパク質・ペプチド: Cks2

+
超分子 #1: APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)

超分子名称: APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
分子量理論値: 1.3 MDa

+
分子 #1: Apc1

分子名称: Apc1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MSNFYEERTT MIAARDLQEF VPFGRDHCKH HPNALNLQLR QLQPASELWS SDGAAGLVGS LQEVTIHEK QKESWQLRKG VSEIGEDVDY DEELYVAGNM VIWSKGSKSQ ALAVYKAFTV D SPVQQALW CDFIISQDKS EKAYSSNEVE KCICILQSSC INMHSIEGKD ...文字列:
MSNFYEERTT MIAARDLQEF VPFGRDHCKH HPNALNLQLR QLQPASELWS SDGAAGLVGS LQEVTIHEK QKESWQLRKG VSEIGEDVDY DEELYVAGNM VIWSKGSKSQ ALAVYKAFTV D SPVQQALW CDFIISQDKS EKAYSSNEVE KCICILQSSC INMHSIEGKD YIASLPFQVA NV WPTKYGL LFERSASSHE VPPGSPREPL PTMFSMLHPL DEITPLVCKS GSLFGSSRVQ YVV DHAMKI VFLNTDPSIV MTYDAVQNVH SVWTLRRVKS EEENVVLKFS EQGGTPQNVA TSSS LTAHL RLAPETEPIV PELCIDHLWT ETITNI REK NSQASKVFIT SDLCGQKFLC FLVESQLQLR CVKFQESNDK TQLIFGSVTN IPAKDAA PV EKIDTMLVLE GSGNLVLYTG VVRVGKVFIP GLPAPSLTMS NTMPRPSTPL DGVSTPKP L SKLLGSLDEV VLLSPVPELR DSSKLHDSLY NEDCTFQQLG TYIHSIRDPV HNRVTLELS NGSMVRITIP EIATSELVQT CLQAIKFILP KEIAVQMLVK WYNVHSAPGG PSYHSEWNLF VTCLMNMMG YNTDRLAWTR NFDFEGSLSP VIAPKKARPS ETGSDDDWEY LLNSDYHQNV E SHLLNRSL CLSPSEASQM KDEDFSQNLS LDSSTLLFTH IPAIFFVLHL VYEELKLNTL MG EGICSLV ELLVQLARDL KLGPYVDHYY RDYPTLVRTT GQVCTIDPGQ TGFMHHPSFF TSE PPSIYQ WVSSCLKGEG MPPYPYLPGI CERSRLVVLS IALYILGDES LVSDESSQYL TRIT IAPQK LQVEQEENRF SFRHSTSVSS LAERLVVWMT NVGFTLRDLE TLPFGIALPI RDAIY HCRE QPASDWPEAV CLLIGRQDLS KQACEGNLPK GKSVLSSDVP SGTETEEEDD GMNDMN HEV MSLIWSEDLR VQDVRRLLQS AHPVRVNVVQ YPELSDHEFI EEKENRLLQL CQRTMAL PV GRGMFTLFSY HPVPTEPLPI PKLNLTGRAP PRNTTVDLNS GNIDVPPNMT SWASFHNG V AAGLKIAPAS QIDSAWIVYN KPKHAELANE YAGFLMALGL NGHLTKLATL NIHDYLTKG HEMTSIGLLL GVSAAKLGTM DMSITRLLSI HIPALLPPTS TELDVPHNVQ VAAVVGIGLV YQGTAHRHT AEVLLAEIGR PPGPEMEYCT DRESYSLAAG LALGMVCLGH GSNLIGMSDL N VPEQLYQY MVGGHRRFQT GMHREKHKSP SYQIKEGDTI NVDVTCPGAT LALAMIYLKT NN RSIADWL RAPDTMYLLD FVKPEFLLLR TLARCLILWD DILPNSKWVD SNVPQIIREN SIS LSEIEL PCSEDLNLET LSQAHVYIIA GACLSLGFRF AGSENLSAFN CLHKFAKDFM TYLS APNAS VTGPHNLETC LSVVLLSLAM VMAGSGNLKV LQLCRFLHMK TGGEMNYGFH LAHHM ALGL LFLGGGRYSL STSNSSIAAL LCALYPHFPA HSTDNRYHLQ ALRHLYVLAA EPRLLV PVD VDTNTPCYAL LEVTYKGTQW YEQTKEELMA PTLLPELHLL KQIKVKGPRY WELLIDL SK GTQHLKSILS KDGVLYVKLR AGQLSYKEDP MGWQSLLAQT VANRNSEARA FKPETISA F TSDPALLSFA EYFCKPTVNM GQKQEILDLF SSVLYECVTQ ETPEMLPAYI AMDQAIRRL GRREMSETSE LWQIKLVLEF FSSRSHQERL QNHPKRGLFM NSEFLPVVKC TIDNTLDQWL QVGGDMCVH AYLSGQPLEE SQLSMLACFL VYHSVPAPQH LPPIGLEGST SFAELLFKFK Q LKMPVRAL LRLAPLLLGN PQPMVM

+
分子 #2: Apc2

分子名称: Apc2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MAAAVVVAEG DSDSRPGQEL LVAWNTVSTG LVPPAALGLV SSRTSGAVPP KEEELRAAVE VLRGHGLHS VLEEWFVEVL QNDLQANISP EFWNAISQCE NSADEPQCLL LLLDAFGLLE S RLDPYLRS LELLEKWTRL GLLMGTGAQG LREEVHTMLR GVLFFSTPRT ...文字列:
MAAAVVVAEG DSDSRPGQEL LVAWNTVSTG LVPPAALGLV SSRTSGAVPP KEEELRAAVE VLRGHGLHS VLEEWFVEVL QNDLQANISP EFWNAISQCE NSADEPQCLL LLLDAFGLLE S RLDPYLRS LELLEKWTRL GLLMGTGAQG LREEVHTMLR GVLFFSTPRT FQEMIQRLYG CF LRVYMQS KRKGEGGTDP ELEGELDSRY ARRRYYRLLQ SPLCAGCSSD KQQCWCRQAL EQF HQLSQV LHRLSLLERV SAEAVTTTLH QVTRERMEDR CRGEYERSFL REFHKWIERV VGWL GKVFL QDGPARPASP EAGNTLRRWR CHVQRFFYRI YASLRIEELF SIVRDFPDSR PAIED LKYC LERTDQRQQL LVSLKAALET RLLHPGVNTC DIITLYISAI KALRVLDPSM VILEVA CEP IRRYLRTRED TVRQIVAGLT GDSDGTGDLA VELSKTDPAS LETGQDSEDD SGEPEDW VP DPVDADPGKS SSKRRSSDII SLLVSIYGSK DLFINEYRSL LADRLLHQFS FSPEREIR N VELLKLRFGE APMHFCEVML KDMADSRRIN ANIREEDEKR PAEEQPPFGV YAVILSSEF WPPFKDEKLE VPEDIRAALE AYCKKYEQLK AMRTLSWKHT LGLVTMDVEL ADRTLSVAVT PVQAVILLY FQDQASWTLE ELSKAVKMPV ALLRRRMSVW LQQGVLREEP PGTFSVIEEE R PQDRDNMV LIDSDDESDS GMASQADQKE EELLLFWTYI QAMLTNLESL SLDRIYNMLR MF VVTGPAL AEIDLQELQG YLQKKVRDQQ LVYSAGVYRL PKNCS

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分子 #3: Apc3

分子名称: Apc3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MTVLQEPVQA AIWQALNHYA YRDAVFLAER LYAEVHSEEA LFLLATCYYR SGKAYKAYRL LKGHSCTTP QCKYLLAKCC VDLSKLAEGE QILSGGVFNK QKSHDDIVTE FGDSACFTLS L LGHVYCKT DRLAKGSECY QKSLSLNPFL WSPFESLCEI GEKPDPDQTF ...文字列:
MTVLQEPVQA AIWQALNHYA YRDAVFLAER LYAEVHSEEA LFLLATCYYR SGKAYKAYRL LKGHSCTTP QCKYLLAKCC VDLSKLAEGE QILSGGVFNK QKSHDDIVTE FGDSACFTLS L LGHVYCKT DRLAKGSECY QKSLSLNPFL WSPFESLCEI GEKPDPDQTF KFTSLQNFSN CL PNSCTTQ VPNHSLSHRQ PETVLTETPQ DTIELNRLNL ESSNSKYSLN TDSSVSYIDS AVI SPDTVP LGTGTSILSK QVQNKPKTGR SLLGGPAALS PLTPSFGILP LETPSPGDGS YLQN YTNTP PVIDVPSTGA PSKKSVARIG QTGTKSVFSQ SGNSREVTPI LAQTQSSGPQ TSTTP QVLS PTITSPPNAL PRRSSRLFTS DSSTTKENSK KLKMKFPPKI PNRKTKSKTN KGGITQ PNI NDSLEITKLD SSIISEGKIS TITPQIQAFN LQKAAAEGLM SLLREMGKGY LALCSYN CK EAINILSHLP SHHYNTGWVL CQIGRAYFEL SEYMQAERIF SEVRRIENYR VEGMEIYS T TLWHLQKDVA LSVLSKDLTD MDKNSPEAWC AAGNCFSLQR EHDIAIKFFQ RAIQVDPNY AYAYTLLGHE FVLTEELDKA LACFRNAIRV NPRHYNAWYG LGMIYYKQEK FSLAEMHFQK ALDINPQSS VLLCHIGVVQ HALKKSEKAL DTLNKAIVID PKNPLCKFHR ASVLFANEKY K SALQELEE LKQIVPKESL VYFLIGKVYK KLGQTHLALM NFSWAMDLDP KGANNQIKEA ID KRYLPDD EEPITQEEQI MGTDESQESS MTDADDTQLH AAESDEF

+
分子 #4: Apc4

分子名称: Apc4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MLRFPTCFPS FRVVGEKQLP QEIIFLVWSP KRDLIALANT AGEVLLHRLA SFHRVWSFPP NENTGKEVT CLAWRPDGKL LAFALADTKK IVLCDVEKPE SLHSFSVEAP VSCMHWMEVT V ESSVLTSF YNAEDESNLL LPKLPTLPKN YSNTSKIFSE ENSDEIIKLL ...文字列:
MLRFPTCFPS FRVVGEKQLP QEIIFLVWSP KRDLIALANT AGEVLLHRLA SFHRVWSFPP NENTGKEVT CLAWRPDGKL LAFALADTKK IVLCDVEKPE SLHSFSVEAP VSCMHWMEVT V ESSVLTSF YNAEDESNLL LPKLPTLPKN YSNTSKIFSE ENSDEIIKLL GDVRLNILVL GG SSGFIEL YAYGMFKIAR VTGIAGTCLA LCLSSDLKSL SVVTEVSTNG ASEVSYFQLE TNL LYSFLP EVTRMARKFT HISALLQYIN LSLTCMCEAW EEILMQMDSR LTKFVQEKNT TTSV QDEFM HLLLWGKASA ELQTLLMNQL TVKGLKKLGQ SIESSYSSIQ KLVISHLQSG SESLL YHLS ELKGMASWKQ KYEPLGLDAA GIEEAITAVG SFILKANELL QVIDSSMKNF KAFFRW LYV AMLRMTEDHV LPELNKMTQK DITFVAEFLT EHFNEAPDLY NRKGKYFNVE RVGQYLK DE DDDLVSPPNT EGNQWYDFLQ NSSHLKESPL LFPYYPRKSL HFVKRRMENI IDQCLQKP A DVIGKSMNQA ICIPLYRDTR SEDSTRRLFK FPFLWNNKTS NLHYLLFTIL EDSLYKMCI LRRHTDISQS VSNGLIAIKF GSFTYATTEK VRRSIYSCLD AQFYDDETVT VVLKDTVGRE GRDRLLVQL PLSLVYNSED SAEYQFTGTY STRLDEQCSA IPTRTMHFEK HWRLLESMKA Q YVAGNGFR KVSCVLSSNL RHVRVFEMDI DDEWELDESS DEEEEASNKP VKIKEEVLSE SE AENQQAG AAALAPEIVI KVEKLDPELD S

+
分子 #5: Apc5

分子名称: Apc5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MASVHESLYF NPMMTNGVVH ANVFGIKDWV TPYKIAVLVL LNEMSRTGEG AVSLMERRRL NQLLLPLLQ GPDITLSKLY KLIEESCPQL ANSVQIRIKL MAEGELKDME QFFDDLSDSF S GTEPEVHK TSVVGLFLRH MILAYSKLSF SQVFKLYTAL QQYFQNGEKK ...文字列:
MASVHESLYF NPMMTNGVVH ANVFGIKDWV TPYKIAVLVL LNEMSRTGEG AVSLMERRRL NQLLLPLLQ GPDITLSKLY KLIEESCPQL ANSVQIRIKL MAEGELKDME QFFDDLSDSF S GTEPEVHK TSVVGLFLRH MILAYSKLSF SQVFKLYTAL QQYFQNGEKK TVEDADMELT SR DEGERKM EKEELDVSVR EEEVSCSGPL SQKQAEFFLS QQASLLKNDE TKALTPASLQ KEL NNLLKF NPDFAEAHYL SYLNNLRVQD VFSSTHSLLH YFDRLILTGA ESKSNGEEGY GRSL RYAAL NLAALHCRFG HYQQAELALQ EAIRIAQESN DHVCLQHCLS WLYVLGQKRS DSYVL LEHS VKKAVHFGLP YLASLGIQSL VQQRAFAGKT ANKLMDALKD SDLLHWKHSL SELIDI SIA QKTAIWRLYG RSTMALQQAQ MLLSMNSLEA VNAGVQQNNT ESFAVALCHL AELHAEQ GC FAAASEVLKH LKERFPPNSQ HAQLWMLCDQ KIQFDRAMND GKYHLADSLV TGITALNS I EGVYRKAVVL QAQNQMSEAH KLLQKLLVHC QKLKNTEMVI SVLLSVAELY WRSSSPTIA LPMLLQALAL SKEYRLQYLA SETVLNLAFA QLILGIPEQA LSLLHMAIEP ILADGAILDK GRAMFLVAK CQVASAASYD QPKKAEALEA AIENLNEAKN YFAKVDCKER IRDVVYFQAR L YHTLGKTQ ERNRCAMLFR QLHQELPSHG VPLINHL

+
分子 #6: Apc6

分子名称: Apc6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MNLERLRKRV RQYLDQQQYQ SALFWADKVA SLSREEPQDI YWLAQCLYLT AQYHRAAHAL RSRKLDKLY EACRYLAARC HYAAKEHQQA LDVLDMEEPI NKRLFEKYLK DESGFKDPSS D WEMSQSSI KSSICLLRGK IYDALDNRTL ATYSYKEALK LDVYCFEAFD ...文字列:
MNLERLRKRV RQYLDQQQYQ SALFWADKVA SLSREEPQDI YWLAQCLYLT AQYHRAAHAL RSRKLDKLY EACRYLAARC HYAAKEHQQA LDVLDMEEPI NKRLFEKYLK DESGFKDPSS D WEMSQSSI KSSICLLRGK IYDALDNRTL ATYSYKEALK LDVYCFEAFD LLTSHHMLTA QE EKELLES LPLSKLCNEE QELLRFLFEN KLKKYNKPSE TVIPESVDGL QENLDVVVSL AER HYYNCD FKMCYKLTSV VMEKDPFHAS CLPVHIGTLV ELNKANELFY LSHKLVDLYP SNPV SWFAV GCYYLMVGHK NEHARRYLSK ATTLEKTYGP AWIAYGHSFA VESEHDQAMA AYFTA AQLM KGCHLPMLYI GLEYGLTNNS KLAERFFSQA LSIAPEDPFV MHEVGVVAFQ NGEWKT AEK WFLDALEKIK AIGNEVTVDK WEPLLNNLGH VCRKLKKYAE ALDYHRQALV LIPQNAS TY SAIGYIHSLM GNFENAVDYF HTALGLRRDD TFSVTMLGHC IEMYIGDSEA YIGADIKD K LKCYDFDVHT MKTLKNIISP PWDFREFEVE KQTAEETGLT PLETSRKTPD SRPSLEETF EIEMNESDMM LETSMSDHST

+
分子 #7: Apc7

分子名称: Apc7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MDPGDAAILE SSLRILYRLF ESVLPPLPAA LQSRMNVIDH VRDMAAAGLH SNVRLLSSLL LTMSNNNPE LFSPPQKYQL LVYHADSLFH DKEYRNAVSK YTMALQQKKA LSKTSKVRPS T GNSASTPQ SQCLPSEIEV KYKMAECYTM LKQDKDAIAI LDGIPSRQRT ...文字列:
MDPGDAAILE SSLRILYRLF ESVLPPLPAA LQSRMNVIDH VRDMAAAGLH SNVRLLSSLL LTMSNNNPE LFSPPQKYQL LVYHADSLFH DKEYRNAVSK YTMALQQKKA LSKTSKVRPS T GNSASTPQ SQCLPSEIEV KYKMAECYTM LKQDKDAIAI LDGIPSRQRT PKINMMLANL YK KAGQERP SVTSYKEVLR QCPLALDAIL GLLSLSVKGA EVASMTMNVI QTVPNLDWLS VWI KAYAFV HTGDNSRAIS TICSLEKKSL LRDNVDLLGS LADLYFRAGD NKNSVLKFEQ AQML DPYLI KGMDVYGYLL AREGRLEDVE NLGCRLFNIS DQHAEPWVVS GCHSFYSKRY SRALY LGAK AIQLNSNSVQ ALLLKGAALR NMGRVQEAII HFREAIRLAP CRLDCYEGLI ECYLAS NSI REAMVMANNV YKTLGANAQT LTLLATVCLE DPVTQEKAKT LLDKALTQRP DYIKAVV KK AELLSREQKY EDGIALLRNA LANQSDCVLH RILGDFLVAV NEYQEAMDQY SIALSLDP N DQKSLEGMQK MEKEESPTDA TQEEDVDDME GSGEEGDLEG SDSEAAQWAD QEQWFGMQ

+
分子 #8: Apc8

分子名称: Apc8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MAASTSMVPV AVTAAVAPVL SINSDFSDLR EIKKQLLLIA GLTRERGLLH SSKWSAELAF SLPALPLAE LQPPPPITEE DAQDMDAYTL AKAYFDVKEY DRAAHFLHGC NSKKAYFLYM Y SRYLSGEK KKDDETVDSL GPLEKGQVKN EALRELRVEL SKKHQARELD ...文字列:
MAASTSMVPV AVTAAVAPVL SINSDFSDLR EIKKQLLLIA GLTRERGLLH SSKWSAELAF SLPALPLAE LQPPPPITEE DAQDMDAYTL AKAYFDVKEY DRAAHFLHGC NSKKAYFLYM Y SRYLSGEK KKDDETVDSL GPLEKGQVKN EALRELRVEL SKKHQARELD GFGLYLYGVV LR KLDLVKE AIDVFVEATH VLPLHWGAWL ELCNLITDKE MLKFLSLPDT WMKEFFLAHI YTE LQLIEE ALQKYQNLID VGFSKSSYIV SQIAVAYHNI RDIDKALSIF NELRKQDPYR IENM DTFSN LLYVRSMKSE LSYLAHNLCE IDKYRVETCC VIGNYYSLRS QHEKAALYFQ RALKL NPRY LGAWTLMGHE YMEMKNTSAA IQAYRHAIEV NKRDYRAWYG LGQTYEILKM PFYCLY YYR RAHQLRPNDS RMLVALGECY EKLNQLVEAK KCYWRAYAVG DVEKMALVKL AKLHEQL TE SEQAAQCYIK YIQDIYSCGE IVEHLEESTA FRYLAQYYFK CKLWDEASTC AQKCCAFN D TREEGKALLR QILQLRNQGE TPTTEVPAPF FLPASLSANN TPTRRVSPLN LSSVTP

+
分子 #9: Apc10

分子名称: Apc10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列:
MTTPNKTPPG ADPKQLERTG TVREIGSQAV WSLSSCKPGF GVDQLRDDNL ETYWQSDGSQ PHLVNIQFR RKTTVKTLCI YADYKSDESY TPSKISVRVG NNFHNLQEIR QLELVEPSGW I HVPLTDNH KKPTRTFMIQ IAVLANHQNG RDTHMRQIKI YTPVEESSIG KFPRCTTIDF MM YRSIR

+
分子 #10: Apc11

分子名称: Apc11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列:
MKVKIKCWNG VATWLWVAND ENCGICRMAF NGCCPDCKVP GDDCPLVWGQ CSHCFHMHCI LKWLHAQQV QQHCPMCRQE WKFKE

+
分子 #11: Apc12

分子名称: Apc12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列:
MLRRKPTRLE LKLDDIEEFE NIRKDLETRK KQKEDVEVVG GSDGEGAIGL SSDPKSREQM INDRIGYKP QPKPNNRSSQ FGSLEF

+
分子 #12: Apc13

分子名称: Apc13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列:
MDSEVQRDGR ILDLIDDAWR EDKLPYEDVA IPLNELPEPE QDNGGTTESV KEQEMKWTDL ALQYLHENV PPIGN

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分子 #13: Apc15

分子名称: Apc15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列:
MSTLFPSLFP RVTETLWFNL DRPCVEETEL QQQEQQHQAW LQSIAEKDNN LVPIGKPASE HYDDEEEED DEDDEDSEED SEDDEDMQDM DEMNDYNESP DDGEVNEVDM EGNEQDQDQW M I

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分子 #14: Apc16

分子名称: Apc16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列:
MAASSSSSSA GGVSGSSVTG SGFSVSDLAP PRKALFTYPK GAGEMLEDGS ERFLCESVFS YQVASTLKQ VKHDQQVARM EKLAGLVEEL EADEWRFKPI EQLLGFTPSS G

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分子 #15: Cdc20

分子名称: Cdc20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MAQFAFESDL HSLLQLDAPI PNAPPARWQR KAKEAAGPAP SPMRAANRSH SAGRTPGRTP GKSSSKVQT TPSKPGGDRY IPHRSAAQME VASFLLSKEN QPENSQTPTK KEHQKAWALN L NGFDVEEA KILRLSGKPQ NAPEGYQNRL KVLYSQKATP GSSRKTCRYI ...文字列:
MAQFAFESDL HSLLQLDAPI PNAPPARWQR KAKEAAGPAP SPMRAANRSH SAGRTPGRTP GKSSSKVQT TPSKPGGDRY IPHRSAAQME VASFLLSKEN QPENSQTPTK KEHQKAWALN L NGFDVEEA KILRLSGKPQ NAPEGYQNRL KVLYSQKATP GSSRKTCRYI PSLPDRILDA PE IRNDYYL NLVDWSSGNV LAVALDNSVY LWSASSGDIL QLLQMEQPGE YISSVAWIKE GNY LAVGTS SAEVQLWDVQ QQKRLRNMTS HSARVGSLSW NSYILSSGSR SGHIHHHDVR VAEH HVATL SGHSQEVCGL RWAPDGRHLA SGGNDNLVNV WPSAPGEGGW VPLQTFTQHQ GAVKA VAWC PWQSNVLATG GGTSDRHIRI WNVCSGACLS AVDAHSQVCS ILWSPHYKEL ISGHGF AQN QLVIWKYPTM AKVAELKGHT SRVLSLTMSP DGATVASAAA DETLRLWRCF ELDPARR RE REKASAAKSS LIHQGIR

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分子 #16: Cdk2

分子名称: Cdk2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MENFQKVEKI GEGTYGVVYK ARNKLTGEVV ALKKIRLDTE TEGVPSTAIR EISLLKELNH PNIVKLLDV IHTENKLYLV FEFLHQDLKK FMDASALTGI PLPLIKSYLF QLLQGLAFCH S HRVLHRDL KPQNLLINTE GAIKLADFGL ARAFGVPVRT YTHEVVTLWY ...文字列:
MENFQKVEKI GEGTYGVVYK ARNKLTGEVV ALKKIRLDTE TEGVPSTAIR EISLLKELNH PNIVKLLDV IHTENKLYLV FEFLHQDLKK FMDASALTGI PLPLIKSYLF QLLQGLAFCH S HRVLHRDL KPQNLLINTE GAIKLADFGL ARAFGVPVRT YTHEVVTLWY RAPEILLGCK YY STAVDIW SLGCIFAEMV TRRALFPGDS EIDQLFRIFR TLGTPDEVVW PGVTSMPDYK PSF PKWARQ DFSKVVPPLD EDGRSLLSQM LHYDPNKRIS AKAALAHPFF QDVTKPVPHL RL

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分子 #17: Cyclin A2

分子名称: Cyclin A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLGNSAPGPA TREAGSALLA LQQTALQEDQ ENINPEKAAP VQQPRTAAAA AVAKSGNPRG LAQQQRPKT RRVAPLKDLP VNDEHVTVPP WKANSKQPAF TIHVDEAEKE AQKKPAESQK I EREDALAF NSAISLPGPR KPLVPLDYPM DGSFESPHTM DMSIILEDEK ...文字列:
MLGNSAPGPA TREAGSALLA LQQTALQEDQ ENINPEKAAP VQQPRTAAAA AVAKSGNPRG LAQQQRPKT RRVAPLKDLP VNDEHVTVPP WKANSKQPAF TIHVDEAEKE AQKKPAESQK I EREDALAF NSAISLPGPR KPLVPLDYPM DGSFESPHTM DMSIILEDEK PVSVNEVPDY HE DIHTYLR EMEVKCKPKV GYMKKQPDIT NSMRAILVDW LVEVGEEYKL QNETLHLAVN YID RFLSSM SVLRGKLQLV GTAAMLLASK FEEIYPPEVA EFVYITDDTY TKKQVLRMEH LVLK VLTFD LAAPTVNQFL TQYFLHQQPA NCKVESLAMF LGELSLIDAD PYLKYLPSVI AGAAF HLAL YTVTGQSWPE SLIRKTGYTL ESLKPCLMDL HQTYLKAPQH AQQSIREKYK NSKYHG VSL LNPPETLNL

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分子 #18: Cks2

分子名称: Cks2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAHKQIYYSD KYFDEHYEYR HVMLPRELSK QVPKTHLMSE EEWRRLGVQQ SLGWVHYMIH EPEPHILLF RRPLPKDQQK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Hepes, 150mM NaCl, 0.5mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 28.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61415
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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