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- EMDB-44594: BRD-8000.3 bound EFPA transporter of Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44594
タイトルBRD-8000.3 bound EFPA transporter of Mycobacterium tuberculosis
マップデータSharp map after focused refinement in cryosparc.
試料
  • 複合体: EfpA
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA
  • リガンド: (1S,3S)-N-[6-bromo-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-2-yl]-2,2-dimethyl-3-(2-methylprop-1-en-1-yl)cyclopropane-1-carboxamide
  • リガンド: [(2~{R})-3-[[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-hexadecanoyloxy-propyl] octadecanoate
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードtransporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / transmembrane transporter activity / MFS transporter superfamily / membrane / plasma membrane / Uncharacterized MFS-type transporter EfpA
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Khandelwal NK / Gupta M / Stroud RM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM024485 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure and inhibition mechanisms of Mycobacterium tuberculosis essential transporter efflux protein A.
著者: Nitesh Kumar Khandelwal / Meghna Gupta / James E Gomez / Sulyman Barkho / Ziqiang Guan / Ashley Y Eng / Tomohiko Kawate / Sree Ganesh Balasubramani / Andrej Sali / Deborah T Hung / Robert M Stroud /
要旨: A broad chemical genetic screen in Mycobacterium tuberculosis (Mtb) identified compounds (BRD-8000.3 and BRD-9327) that inhibit the essential efflux pump EfpA. To understand the mechanisms of ...A broad chemical genetic screen in Mycobacterium tuberculosis (Mtb) identified compounds (BRD-8000.3 and BRD-9327) that inhibit the essential efflux pump EfpA. To understand the mechanisms of inhibition, we determined the structures of EfpA with these inhibitors bound at 2.7-3.4 Å resolution. Our structures reveal different mechanisms of inhibition by the two inhibitors. BRD-8000.3 binds in a tunnel contacting the lipid bilayer and extending toward the central cavity to displace the fatty acid chain of a lipid molecule bound in the apo structure, suggesting its blocking of an access route for a natural lipidic substrate. Meanwhile, BRD-9327 binds in the outer vestibule without complete blockade of the substrate path to the outside, suggesting its possible inhibition of the movement necessary for alternate access of the transporter. Our results show EfpA as a potential lipid transporter, explain the basis of the synergy of these inhibitors and their potential for combination anti-tuberculosis therapy.
履歴
登録2024年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44594.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharp map after focused refinement in cryosparc.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-2.4980166 - 2.8855488
平均 (標準偏差)0.001016284 (±0.05335054)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 367.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EfpA

全体名称: EfpA
要素
  • 複合体: EfpA
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA
  • リガンド: (1S,3S)-N-[6-bromo-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-2-yl]-2,2-dimethyl-3-(2-methylprop-1-en-1-yl)cyclopropane-1-carboxamide
  • リガンド: [(2~{R})-3-[[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-hexadecanoyloxy-propyl] octadecanoate
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: EfpA

超分子名称: EfpA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 株: H37Rv
分子量理論値: 66.53956 KDa

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分子 #1: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA

分子名称: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Amino acid 1-4 start codon and GSSG linker, Amnio acid 5- 12 Flag tag, Amnio acid 13-15 SGS linker, Amino acid 16-21 thrombin site, Amino acid 22-128 BRIL-Tag, Amino acid 129-610 ...詳細: Amino acid 1-4 start codon and GSSG linker, Amnio acid 5- 12 Flag tag, Amnio acid 13-15 SGS linker, Amino acid 16-21 thrombin site, Amino acid 22-128 BRIL-Tag, Amino acid 129-610 Mycobacterium tuberculosis EfpA (truncated from 48 N terminal amino acid) with mutation of Proline at position 171 to Arginine, Amino acid 611-612 SS linker, Amino acid 613-619 TEV site, Amino acid 620-629 10XHis.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 66.602242 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MGSSDYKDDD DKSSGLVPRG SMADLEDNWE TLNDNLKVIE KADNAAQVKD ALTKMRAAAL DAQKATPPKL EDKSPDSPEM KDFRHGFDI LVGQIDDALK LANEGKVKEA QAAAEQLKTT RNAYIQKYLR SFIAAVIAIG GMQLLATMDS TVAIVALPKI Q NELSLSDA ...文字列:
MGSSDYKDDD DKSSGLVPRG SMADLEDNWE TLNDNLKVIE KADNAAQVKD ALTKMRAAAL DAQKATPPKL EDKSPDSPEM KDFRHGFDI LVGQIDDALK LANEGKVKEA QAAAEQLKTT RNAYIQKYLR SFIAAVIAIG GMQLLATMDS TVAIVALPKI Q NELSLSDA GRSWVITAYV LTFGGLMLLG GRLGDTIGRK RTFIVGVALF TISSVLCAVA WDEATLVIAR LSQGVGSAIA SP TGLALVA TTFRKGPARN AATAVFAAMT AIGSVMGLVV GGALTEVSWR WAFLVNVPIG LVMIYLARTA LRETNKERMK LDA TGAILA TLACTAAVFA FSIGPEKGWM SGITIGSGLV ALAAAVAFVI VERTAENPVV PFHLFRDRNR LVTFSAILLA GGVM FSLTV CIGLYVQDIL GYSALRAGVG FIPFVIAMGI GLGVSSQLVS RFSPRVLTIG GGYLLFGAML YGSFFMHRGV PYFPN LVMP IVVGGIGIGM AVVPLTLSAI AGVGFDQIGP VSAIALMLQS LGGPLVLAVI QAVITSRTLY LGGTTGPVKF MNDVQL AAL DHAYTYGLLW VAGAAIIVGG MALFIGYTPQ QVAHAQEVKE AIDAGELSSE NLYFQGHHHH HHHHHH

UniProtKB: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA

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分子 #2: (1S,3S)-N-[6-bromo-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-2-yl]-2,2-dimethyl-3...

分子名称: (1S,3S)-N-[6-bromo-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-2-yl]-2,2-dimethyl-3-(2-methylprop-1-en-1-yl)cyclopropane-1-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: A1AQR
分子量理論値: 401.3 Da

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分子 #3: [(2~{R})-3-[[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphory...

分子名称: [(2~{R})-3-[[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-hexadecanoyloxy-propyl] octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: A1H2V
分子量理論値: 751.023 Da

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分子 #4: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.91 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClSodium chloride
50.0 mMTrisTris

詳細: 50mM Tris-HCL, 300 mM NaCL, 0.02% GDN, 0.002 %CHS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 気圧: 0.033 kPa / 詳細: 30 sec glow 30 sec hold at 15mA.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Protein incubated with BRD-8000.3 100 micro molar final concentration on ice for 15 and used for grid preparation.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10235 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5484905
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1) / 使用した粒子像数: 121230
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9bin:
BRD-8000.3 bound EFPA transporter of Mycobacterium tuberculosis

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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