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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of synthetic claudin-4 complex with Clostridium perfringens enterotoxin C-terminal domain, sFab COP-2, and Nanobody | |||||||||
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![]() | Claudin / Fab / Toxin / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSYTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / toxin activity / extracellular region / Heat-labile enterotoxin B chain![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.16 Å | |||||||||
![]() | Vecchio AJ | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Computational design of soluble and functional membrane protein analogues. 著者: Casper A Goverde / Martin Pacesa / Nicolas Goldbach / Lars J Dornfeld / Petra E M Balbi / Sandrine Georgeon / Stéphane Rosset / Srajan Kapoor / Jagrity Choudhury / Justas Dauparas / ...著者: Casper A Goverde / Martin Pacesa / Nicolas Goldbach / Lars J Dornfeld / Petra E M Balbi / Sandrine Georgeon / Stéphane Rosset / Srajan Kapoor / Jagrity Choudhury / Justas Dauparas / Christian Schellhaas / Simon Kozlov / David Baker / Sergey Ovchinnikov / Alex J Vecchio / Bruno E Correia / ![]() ![]() 要旨: De novo design of complex protein folds using solely computational means remains a substantial challenge. Here we use a robust deep learning pipeline to design complex folds and soluble analogues of ...De novo design of complex protein folds using solely computational means remains a substantial challenge. Here we use a robust deep learning pipeline to design complex folds and soluble analogues of integral membrane proteins. Unique membrane topologies, such as those from G-protein-coupled receptors, are not found in the soluble proteome, and we demonstrate that their structural features can be recapitulated in solution. Biophysical analyses demonstrate the high thermal stability of the designs, and experimental structures show remarkable design accuracy. The soluble analogues were functionalized with native structural motifs, as a proof of concept for bringing membrane protein functions to the soluble proteome, potentially enabling new approaches in drug discovery. In summary, we have designed complex protein topologies and enriched them with functionalities from membrane proteins, with high experimental success rates, leading to a de facto expansion of the functional soluble fold space. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 114.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.4 KB 23.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 52.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 213 MB 213 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9beiMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.884 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_44479_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_44479_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Synthetic human claudin-4 complex with Clostridium perfringens en...
全体 | 名称: Synthetic human claudin-4 complex with Clostridium perfringens enterotoxin C-terminal domain, sFab COP-2, and nanobody against COP-2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Synthetic human claudin-4 complex with Clostridium perfringens en...
超分子 | 名称: Synthetic human claudin-4 complex with Clostridium perfringens enterotoxin C-terminal domain, sFab COP-2, and nanobody against COP-2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Assembled complex of 5 proteins (Fab is 2 proteins) expressed from insect cells and E coli |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 103 KDa |
-分子 #1: Claudin-4
分子 | 名称: Claudin-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 22.078986 KDa |
配列 | 文字列: MSSLETFREA RRLAREGLEL VREAARLPMW RVTAFIGSNI VTSQTIWEGL WMNCVVQSTG QMQCKVYDSL LALPEDLRRA RESFERAIE VAEKALELLE IGDPDSDAIE DEEERLQTIH EAGELLLKAA ELAREPTEAI ADRIIQDFYN PLVASGQKRE M GASLALAR ...文字列: MSSLETFREA RRLAREGLEL VREAARLPMW RVTAFIGSNI VTSQTIWEGL WMNCVVQSTG QMQCKVYDSL LALPEDLRRA RESFERAIE VAEKALELLE IGDPDSDAIE DEEERLQTIH EAGELLLKAA ELAREPTEAI ADRIIQDFYN PLVASGQKRE M GASLALAR RGAELLEEAG RKLLGLEGGS LEHHHHHH |
-分子 #2: Heat-labile enterotoxin B chain
分子 | 名称: Heat-labile enterotoxin B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 14.591295 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSTDIEKEIL DLAAATERLN LTDALNSNPA GNLYDWRSSN SYPWTQKLNL HLTITATGQK YRILASKIVD FNIYSNNFNN LVKLEQSLG DGVKDHYVDI SLDAGQYVLV MKANSSYSGN YPYSILFQKF UniProtKB: Heat-labile enterotoxin B chain |
-分子 #3: COP-2 Fab Heavy chain
分子 | 名称: COP-2 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 25.26301 KDa |
配列 | 文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSYSGY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYWSWYNSS HYIYSALDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV ...文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSYSGY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYWSWYNSS HYIYSALDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSCDKTHT |
-分子 #4: Anti-fab nanobody
分子 | 名称: Anti-fab nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.175438 KDa |
配列 | 文字列: GSVQLQESGG GLVQPGGSLR LSCAASGRTI SRYAMSWFRQ APGKEREFVA VARRSGDGAF YADSVQGRFT VSRDDAKNTV YLQMNSLKP EDTAVYYCAI DSDTFYSGSY DYWGQGTQVT VS |
-分子 #5: COP-2 Fab Light chain
分子 | 名称: COP-2 Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.517057 KDa |
配列 | 文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSYEWAPVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSYEWAPVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER 詳細: UltraAuFoil 1.2/1.3 grids (Quantifoil) were glow discharged for 30 s at 15 mA in a Pelco easiGlow (Ted Pella Inc) instrument | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: LEICA EM GP 詳細: 3.5 microL of complex was applied onto grids and blotted for 3 s at 4 degrees C under 100 percent humidity then plunge frozen into liquid ethane cooled by liquid nitrogen.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1159 / 平均電子線量: 49.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 322 | |||||||||||||||
得られたモデル | ![]() PDB-9bei: |