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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-44453 | ||||||||||||
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タイトル | MicroED structure of bovine liver catalase with missing cone solved by suspended drop | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Heme-containing enzyme / OXIDOREDUCTASE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / peroxisomal matrix / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process ...catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / peroxisomal matrix / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / peroxisome / heme binding / enzyme binding / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gillman C / Bu G / Gonen T | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Eliminating the Missing Cone Challenge through Innovative Approaches 著者: Gillman C / Bu G / Danelius E / Hattne J / Nannenga BL / Gonen T | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_44453.map.gz | 1.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-44453-v30.xml emd-44453.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_44453.png | 234.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-44453.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44453 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44453 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_44453_validation.pdf.gz | 621.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_44453_full_validation.pdf.gz | 620.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_44453_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_44453_validation.cif.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44453 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44453 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9bdjMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_44453.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 1.32 Å / Y: 1.313 Å / Z: 1.305 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bovine liver catalase
全体 | 名称: Bovine liver catalase |
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要素 |
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-超分子 #1: Bovine liver catalase
超分子 | 名称: Bovine liver catalase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-分子 #1: Catalase
分子 | 名称: Catalase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: from bovine liver / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: catalase |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 59.99916 KDa |
配列 | 文字列: MADNRDPASD QMKHWKEQRA AQKPDVLTTG GGNPVGDKLN SLTVGPRGPL LVQDVVFTDE MAHFDRERIP ERVVHAKGAG AFGYFEVTH DITRYSKAKV FEHIGKRTPI AVRFSTVAGE SGSADTVRDP RGFAVKFYTE DGNWDLVGNN TPIFFIRDAL L FPSFIHSQ ...文字列: MADNRDPASD QMKHWKEQRA AQKPDVLTTG GGNPVGDKLN SLTVGPRGPL LVQDVVFTDE MAHFDRERIP ERVVHAKGAG AFGYFEVTH DITRYSKAKV FEHIGKRTPI AVRFSTVAGE SGSADTVRDP RGFAVKFYTE DGNWDLVGNN TPIFFIRDAL L FPSFIHSQ KRNPQTHLKD PDMVWDFWSL RPESLHQVSF LFSDRGIPDG HRHMNGYGSH TFKLVNANGE AVYCKFHYKT DQ GIKNLSV EDAARLAHED PDYGLRDLFN AIATGNYPSW TLYIQVMTFS EAEIFPFNPF DLTKVWPHGD YPLIPVGKLV LNR NPVNYF AEVEQLAFDP SNMPPGIEPS PDKMLQGRLF AYPDTHRHRL GPNYLQIPVN CPYRARVANY QRDGPMCMMD NQGG APNYY PNSFSAPEHQ PSALEHRTHF SGDVQRFNSA NDDNVTQVRT FYLKVLNEEQ RKRLCENIAG HLKDAQLFIQ KKAVK NFSD VHPEYGSRIQ ALLDKYNEEK PKNAVHTYVQ HGSHLSAREK ANL UniProtKB: Catalase |
-分子 #2: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子 | 名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: HEM |
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分子量 | 理論値: 616.487 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEM: |
-分子 #3: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子 | 名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NDP |
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分子量 | 理論値: 745.421 Da |
Chemical component information | ChemComp-NDP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.3 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 0.0025 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 0.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0 µm / カメラ長: 2941 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Molecular replacement | ソフトウェア - 名称: MOLREP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystallography statistics | Number intensities measured: 89263 / Number structure factors: 18157 / Fourier space coverage: 94.859 / R merge: 65.2 / Overall phase residual: 0 / Phase error rejection criteria: Rfree / High resolution: 4.0 Å 殻:
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-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-9bdj: |