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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Full-length cross-linked Contactin 2 (CNTN2) | |||||||||
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![]() | contactins / adhesion molecule / protein structure / conformational changes / homodimer / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() establishment of protein localization to juxtaparanode region of axon / presynaptic membrane organization / reduction of food intake in response to dietary excess / L1CAM interactions / clustering of voltage-gated potassium channels / protein localization to juxtaparanode region of axon / dendrite self-avoidance / NrCAM interactions / cell-cell adhesion mediator activity / axon initial segment ...establishment of protein localization to juxtaparanode region of axon / presynaptic membrane organization / reduction of food intake in response to dietary excess / L1CAM interactions / clustering of voltage-gated potassium channels / protein localization to juxtaparanode region of axon / dendrite self-avoidance / NrCAM interactions / cell-cell adhesion mediator activity / axon initial segment / node of Ranvier / juxtaparanode region of axon / NCAM1 interactions / fat cell differentiation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / side of membrane / synapse organization / axon guidance / brain development / myelin sheath / postsynaptic membrane / cell adhesion / axon / synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å | |||||||||
![]() | Liu JL / Fan SF / Ren GR / Rudenko GR | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanism of Contactin 2 homophilic interaction 著者: Fan SF / Liu JL / Chofflett NC / Bailey AB / Russell WR / Zhang ZZ / Takahashi HT / Ren GR / Rudenko GR | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 100.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 65.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 736.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 736.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_44395_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_44395_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Contactin-2 full length (Ig1-FN4)
全体 | 名称: Contactin-2 full length (Ig1-FN4) |
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要素 |
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-超分子 #1: Contactin-2 full length (Ig1-FN4)
超分子 | 名称: Contactin-2 full length (Ig1-FN4) / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Contactin-2
分子 | 名称: Contactin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 108.697281 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ELGTGLESQT TFGPVFEDQP LSVLFPEEST EEQVLLACRA RASPPATYRW KMNGTEMKLE PGSRHQLVGG NLVIMNPTKA QDAGVYQCL ASNPVGTVVS REAILRFGFL QEFSKEERDP VKAHEGWGVM LPCNPPAHYP GLSYRWLLNE FPNFIPTDGR H FVSQTTGN ...文字列: ELGTGLESQT TFGPVFEDQP LSVLFPEEST EEQVLLACRA RASPPATYRW KMNGTEMKLE PGSRHQLVGG NLVIMNPTKA QDAGVYQCL ASNPVGTVVS REAILRFGFL QEFSKEERDP VKAHEGWGVM LPCNPPAHYP GLSYRWLLNE FPNFIPTDGR H FVSQTTGN LYIARTNASD LGNYSCLATS HMDFSTKSVF SKFAQLNLAA EDTRLFAPSI KARFPAETYA LVGQQVTLEC FA FGNPVPR IKWRKVDGSL SPQWTTAEPT LQIPSVSFED EGTYECEAEN SKGRDTVQGR IIVQAQPEWL KVISDTEADI GSN LRWGCA AAGKPRPTVR WLRNGEPLAS QNRVEVLAGD LRFSKLSLED SGMYQCVAEN KHGTIYASAE LAVQALAPDF RLNP VRRLI PAARGGEILI PCQPRAAPKA VVLWSKGTEI LVNSSRVTVT PDGTLIIRNI SRSDEGKYTC FAENFMGKAN STGIL SVRD ATKITLAPSS ADINLGDNLT LQCHASHDPT MDLTFTWTLD DFPIDFDKPG GHYRRTNVKE TIGDLTILNA QLRHGG KYT CMAQTVVDSA SKEATVLVRG PPGPPGGVVV RDIGDTTIQL SWSRGFDNHS PIAKYTLQAR TPPAGKWKQV RTNPANI EG NAETAQVLGL TPWMDYEFRV IASNILGTGE PSGPSSKIRT REAAPSVAPS GLSGGGGAPG ELIVNWTPMS REYQNGDG F GYLLSFRRQG STHWQTARVP GADAQYFVYS NESVRPYTPF EVKIRSYNRR GDGPESLTAL VYSAEEEPRV APTKVWAKG VSSSEMNVTW EPVQQDMNGI LLGYEIRYWK AGDKEAAADR VRTAGLDTSA RVSGLHPNTK YHVTVRAYNR AGTGPASPSA NATTMKPPP RRPPGNISWT FSSSSLSIKW DPVVPFRNES AVTGYKMLYQ NDLHLTPTLH LTGKNWIEIP VPEDIGHALV Q IRTTGPGG DGIPAEVHIV RNGSASTSHH HHHH UniProtKB: Contactin-2 |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 10 mM HEPES pH 8.0, 50 mM NaCl | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9049 / 平均露光時間: 7.39 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-9ba4: |