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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4439 | |||||||||
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タイトル | Full MloK1 consensus map from single particle analysis of 2D crystals | |||||||||
マップデータ | Full MloK1 consensus map from single particle analysis of 2D crystals comprising 2x2 unit cells, sharpened. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Mesorhizobium loti MAFF303099 (根粒菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Righetto R / Biyani N / Kowal J / Chami M / Stahlberg H | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Retrieving high-resolution information from disordered 2D crystals by single-particle cryo-EM. 著者: Ricardo D Righetto / Nikhil Biyani / Julia Kowal / Mohamed Chami / Henning Stahlberg / 要旨: Electron crystallography can reveal the structure of membrane proteins within 2D crystals under close-to-native conditions. High-resolution structural information can only be reached if crystals are ...Electron crystallography can reveal the structure of membrane proteins within 2D crystals under close-to-native conditions. High-resolution structural information can only be reached if crystals are perfectly flat and highly ordered. In practice, such crystals are difficult to obtain. Available image unbending algorithms correct for disorder, but only perform well on images of non-tilted, flat crystals, while out-of-plane distortions are not addressed. Here, we present an approach that employs single-particle refinement procedures to locally unbend crystals in 3D. With this method, density maps of the MloK1 potassium channel with a resolution of 4 Å were obtained from images of 2D crystals that do not diffract beyond 10 Å. Furthermore, 3D classification allowed multiple structures to be resolved, revealing a series of MloK1 conformations within a single 2D crystal. This conformational heterogeneity explains the poor diffraction observed and is related to channel function. The approach is implemented in the FOCUS package. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4439.map.gz | 116.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4439-v30.xml emd-4439.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4439_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4439.png | 68.7 KB | ||
その他 | emd_4439_half_map_1.map.gz emd_4439_half_map_2.map.gz | 47.5 MB 47.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4439 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4439 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4439_validation.pdf.gz | 471.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4439_full_validation.pdf.gz | 470.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4439_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4439 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4439 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4432C 4441C 4513C 4514C 4515C 4516C 4517C 4518C 4519C 6i9dC 6iaxC 6qcyC 6qczC 6qd0C 6qd1C 6qd2C 6qd3C 6qd4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full MloK1 consensus map from single particle analysis of 2D crystals comprising 2x2 unit cells, sharpened. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4439_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4439_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : MloK1 potassium channel in lipidic bilayer of 2D crystals
全体 | 名称: MloK1 potassium channel in lipidic bilayer of 2D crystals |
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要素 |
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-超分子 #1: MloK1 potassium channel in lipidic bilayer of 2D crystals
超分子 | 名称: MloK1 potassium channel in lipidic bilayer of 2D crystals タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mesorhizobium loti MAFF303099 (根粒菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 160 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 2D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 20 mM KCl, 20 mM Tris-HCl pH 7.6, 1 mM BaCl2, 1 mM EDTA, 0.2 mM cAMP |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 270 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 詳細: The dataset of 346 movies recorded and processed for Kowal et al. (2018) 2 was employed. As reported, the data were collected on an FEI Titan Krios TEM equipped with a Gatan K2 DED. Total ...詳細: The dataset of 346 movies recorded and processed for Kowal et al. (2018) 2 was employed. As reported, the data were collected on an FEI Titan Krios TEM equipped with a Gatan K2 DED. Total dose: 40 e-/A^2 distributed over 40 movie frames. Pixel size: 1.3 A on the sample level (counting mode). Nominal tilt range: -55 to +55 degrees. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |