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- EMDB-44371: Human endogenous FASN - combined class1 modifying wing with class... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44371
タイトルHuman endogenous FASN - combined class1 modifying wing with classification
マップデータHuman endogenous FASN combined - class 1 focused modifying domain map
試料
  • 複合体: Human endogenous FASN with 1,3-DBP
    • タンパク質・ペプチド: Human endogenous fatty acid synthase
キーワードDe novo fatty acid synthesis Fatty acid synthase / BIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Choi W / Li C / Chen Y / Wang Y / Cheng Y
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM140847 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI170792 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structural dynamics of human fatty acid synthase in the condensing cycle.
著者: Wooyoung Choi / Chengmin Li / Yifei Chen / YongQiang Wang / Yifan Cheng /
要旨: Long-chain fatty acids are the building blocks of fat in human bodies. In mammals, fatty acid synthase (FASN) contains multiple enzymatic domains to catalyse all chemical reactions needed for de novo ...Long-chain fatty acids are the building blocks of fat in human bodies. In mammals, fatty acid synthase (FASN) contains multiple enzymatic domains to catalyse all chemical reactions needed for de novo fatty acid synthesis. Although the chemical reactions carried out by these enzymatic domains are well defined, how the dimeric FASN with an open architecture continuously catalyses such reactions to synthesize a complete fatty acid remains elusive. Here, using a strategy of tagging and purifying endogenous FASN in HEK293T cells for single-particle cryo-electron microscopy studies, we characterized the structural dynamics of endogenous human FASN. We captured conformational snapshots of various functional substates in the condensing cycle and developed a procedure to analyse the particle distribution landscape of FASN with different orientations between its condensing and modifying wings. Together, our findings reveal that FASN function does not require a large rotational motion between its two main functional domains during the condensing cycle, and that the catalytic reactions in the condensing cycle carried out by the two monomers are unsynchronized. Our data thus provide a new composite view of FASN dynamics during the fatty acid synthesis condensing cycle.
履歴
登録2024年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44371.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44371.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human endogenous FASN combined - class 1 focused modifying domain map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 300.6 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 300.6 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 300.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.003
最小 - 最大-0.006816366 - 0.02067966
平均 (標準偏差)0.00004274571 (±0.0005780563)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 300.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Class 3 - well-resolved intact pseudo domain

ファイルemd_44371_additional_1.map
注釈Class 3 - well-resolved intact pseudo domain
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Class 4 - broken pseudo domain

ファイルemd_44371_additional_2.map
注釈Class 4 - broken pseudo domain
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Class 2 - broken pseudo domain

ファイルemd_44371_additional_3.map
注釈Class 2 - broken pseudo domain
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Class 1 - well-resolved intact pseudo domain

ファイルemd_44371_additional_4.map
注釈Class 1 - well-resolved intact pseudo domain
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human endogenous FASN combined - class 1 focused...

ファイルemd_44371_half_map_1.map
注釈Human endogenous FASN combined - class 1 focused modifying domain half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human endogenous FASN combined - class 1 focused...

ファイルemd_44371_half_map_2.map
注釈Human endogenous FASN combined - class 1 focused modifying domain half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human endogenous FASN with 1,3-DBP

全体名称: Human endogenous FASN with 1,3-DBP
要素
  • 複合体: Human endogenous FASN with 1,3-DBP
    • タンパク質・ペプチド: Human endogenous fatty acid synthase

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超分子 #1: Human endogenous FASN with 1,3-DBP

超分子名称: Human endogenous FASN with 1,3-DBP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Human endogenous fatty acid synthase

分子名称: Human endogenous fatty acid synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Modifying domain / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEEVVIAGMS GKLPESENLQ EFWDNLIGGV DMVTDDDRRW KAGLYGLPRR SGKLKDLSRF DASFFGVHP KQAHTMDPQL RLLLEVTYEA IVDGGINPDS LRGTHTGVWV GVSGSETSEA L SRDPETLV GYSMVGCQRA MMANRLSFFF DFRGPSIALD TACSSSLMAL ...文字列:
MEEVVIAGMS GKLPESENLQ EFWDNLIGGV DMVTDDDRRW KAGLYGLPRR SGKLKDLSRF DASFFGVHP KQAHTMDPQL RLLLEVTYEA IVDGGINPDS LRGTHTGVWV GVSGSETSEA L SRDPETLV GYSMVGCQRA MMANRLSFFF DFRGPSIALD TACSSSLMAL QNAYQAIHSG QC PAAIVGG INVLLKPNTS VQFLRLGMLS PEGTCKAFDT AGNGYCRSEG VVAVLLTKKS LAR RVYATI LNAGTNTDGF KEQGVTFPSG DIQEQLIRSL YQSAGVAPES FEYIEAHGTG TKVG DPQEL NGITRALCAT RQEPLLIGST KSNMGHPEPA SGLAALAKVL LSLEHGLWAP NLHFH SPNP EIPALLDGRL QVVDQPLPVR GGNVGINSFG FGGSNVHIIL RPNTQPPPAP APHATL PRL LRASGRTPEA VQKLLEQGLR HSQDLAFLSM LNDIAAVPAT AMPFRGYAVL GGERGGP EV QQVPAGERPL WFICSGMGTQ WRGMGLSLMR LDRFRDSILR SDEAVKPFGL KVSQLLLS T DESTFDDIVH SFVSLTAIQI GLIDLLSCMG LRPDGIVGHS LGEVACGYAD GCLSQEEAV LAAYWRGQCI KEAHLPPGAM AAVGLSWEEC KQRCPPGVVP ACHNSKDTVT ISGPQAPVFE FVEQLRKEG VFAKEVRTGG MAFHSYFMEA IAPPLLQELK KVIREPKPRS ARWLSTSIPE A QWHSSLAR TSSAEYNVNN LVSPVLFQEA LWHVPEHAVV LEIAPHALLQ AVLKRGLKPS CT IIPLMKK DHRDNLEFFL AGIGRLHLSG IDANPNALFP PVEFPAPRGT PLISPLIKWD HSL AWDVPA AEDFPNGSGS PSAAIYNIDT SSESPDHYLV DHTLDGRVLF PATGYLSIVW KTLA RALGL GVEQLPVVFE DVVLHQATIL PKTGTVSLEV RLLEASRAFE VSENGNLVVS GKVYQ WDDP DPRLFDHPES PTPNPTEPLF LAQAEVYKEL RLRGYDYGPH FQGILEASLE GDSGRL LWK DNWVSFMDTM LQMSILGSAK HGLYLPTRVT AIHIDPATHR QKLYTLQDKA QVADVVV SR WLRVTVAGGV HISGLHTESA PRRQQEQQVP ILEKFCFTPH TEEGCLSERA ALQEELQL C KGLVQALQTK VTQQGLKMVV PGLDGAQIPR DPSQQELPRL LSAACRLQLN GNLQLELAQ VLAQERPKLP EDPLLSGLLD SPALKACLDT AVENMPSLKM KVVEVLAGHG HLYSRIPGLL SPHPLLQLS YTATDRHPQA LEAAQAELQQ HDVAQGQWDP ADPAPSALGS ADLLVCNCAV A ALGDPASA LSNMVAALRE GGFLLLHTLL RGHPLGDIVA FLTSTEPQYG QGILSQDAWE SL FSRVSLR LVGLKKSFYG STLFLCRRPT PQDSPIFLPV DDTSFRWVES LKGILADEDS SRP VWLKAI NCATSGVVGL VNCLRREPGG NRLRCVLLSN LSSTSHVPEV DPGSAELQKV LQGD LVMNV YRDGAWGAFR HFLLEEDKPE EPTAHAFVST LTRGDLSSIR WVCSSLRHAQ PTCPG AQLC TVYYASLNFR DIMLATGKLS PDAIPGKWTS QDSLLGMEFS GRDASGKRVM GLVPAK GLA TSVLLSPDFL WDVPSNWTLE EAASVPVVYS TAYYALVVRG RVRPGETLLI HSGSGGV GQ AAIAIALSLG CRVFTTVGSA EKRAYLQARF PQLDSTSFAN SRDTSFEQHV LWHTGGKG V DLVLNSLAEE KLQASVRCLA THGRFLEIGK FDLSQNHPLG MAIFLKNVTF HGVLLDAFF NESSADWREV WALVQAGIRD GVVRPLKCTV FHGAQVEDAF RYMAQGKHIG KVVVQVLAEE PEAVLKGAK PKLMSAISKT FCPAHKSYII AGGLGGFGLE LAQWLIQRGV QKLVLTSRSG I RTGYQAKQ VRRWRRQGVQ VQVSTSNISS LEGARGLIAE AAQLGPVGGV FNLAVVLRDG LL ENQTPEF FQDVCKPKYS GTLNLDRVTR EACPELDYFV VFSSVSCGRG NAGQSNYGFA NSA MERICE KRRHEGLPGL AVQWGAIGDV GILVETMSTN DTIVSGTLPQ RMASCLEVLD LFLN QPHMV LSSFVLAEKA AAYRDRDSQR DLVEAVAHIL GIRDLAAVNL DSSLADLGLD SLMSV EVRQ TLERELNLVL SVREVRQLTL RKLQELSSKA DEASELACPT PKEDGLAQQQ TQLNLR SLL VNPEGPTLMR LNSVQSSERP LFLVHPIEGS TTVFHSLASR LSIPTYGLQC TRAAPLD SI HSLAAYYIDC IRQVQPEGPY RVAGYSYGAC VAFEMCSQLQ AQQSPAPTHN SLFLFDGS P TYVLAYTQSY RAKLTPGCEA EAETEAICFF VQQFTDMEHN RVLEALLPLK GLEERVAAA VDLIIKSHQG LDRQELSFAA RSFYYKLRAA EQYTPKAKYH GNVMLLRAKT GGAYGEDLGA DYNLSQVCD GKVSVHVIEG DHRTLLEGSG LESIISIIHS SLAEPRVSVR EG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 752729
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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