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タイトルStructural dynamics of human fatty acid synthase in the condensing cycle.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 641, Issue 8062, Page 529-536, Year 2025
掲載日2025年2月20日
著者Wooyoung Choi / Chengmin Li / Yifei Chen / YongQiang Wang / Yifan Cheng /
PubMed 要旨Long-chain fatty acids are the building blocks of fat in human bodies. In mammals, fatty acid synthase (FASN) contains multiple enzymatic domains to catalyse all chemical reactions needed for de novo ...Long-chain fatty acids are the building blocks of fat in human bodies. In mammals, fatty acid synthase (FASN) contains multiple enzymatic domains to catalyse all chemical reactions needed for de novo fatty acid synthesis. Although the chemical reactions carried out by these enzymatic domains are well defined, how the dimeric FASN with an open architecture continuously catalyses such reactions to synthesize a complete fatty acid remains elusive. Here, using a strategy of tagging and purifying endogenous FASN in HEK293T cells for single-particle cryo-electron microscopy studies, we characterized the structural dynamics of endogenous human FASN. We captured conformational snapshots of various functional substates in the condensing cycle and developed a procedure to analyse the particle distribution landscape of FASN with different orientations between its condensing and modifying wings. Together, our findings reveal that FASN function does not require a large rotational motion between its two main functional domains during the condensing cycle, and that the catalytic reactions in the condensing cycle carried out by the two monomers are unsynchronized. Our data thus provide a new composite view of FASN dynamics during the fatty acid synthesis condensing cycle.
リンクNature / PubMed:39978408 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2 - 3.3 Å
構造データ

EMDB-44230: Human endogenous FASN alone - Class 1" to "Human endogenous FASN alone - Class 1 composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-44231: Human endogenous FASN alone - Class 1 consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-44263: Human endogenous FASN alone - Class 1 focused modifying wing
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-44264: Human endogenous FASN alone - Class 1 focused condensing wing
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-44267: Human endogenous FASN with Orlistat - composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-44268: Human endogenous FASN with Orlistat - consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-44269: Human endogenous FASN with Orlistat - focused modifying wing
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-44270: Human endogenous FASN with Orlistat - focused condensing wing
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-44295: Human endogenous FASN with 1,3-DBP - Class 2 composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-44296: Human endogenous FASN with 1,3-DBP - Class 2 consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-44297: Human endogenous FASN with 1,3-DPB - Class 2 focused modifying wing
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-44298: Human endogenous FASN with 1,3-DBP - Class 2 focused condensing wing
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-44300: Human endogenous FASN with 1,3-DBP - Class 1 composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-44301: Human endogenous FASN with 1,3-DBP - Class 1 consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-44329, PDB-9b7z:
Human endogenous FASN with 1,3-DBP - Class 1 focused condensing wing
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-44330, PDB-9b80:
Human endogenous FASN with 1,3-DBP - Class 1 focused modifying wing
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-44371: Human endogenous FASN - combined class1 modifying wing with classification
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-44378: Human endogenous FASN - combined class1 condensing wing with classification
PDB-9mj9: Condensing wing of FASN with phosphopantetheine-modified partial ACP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / De novo fatty acid synthesis Fatty acid synthase / TRANSFERASE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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