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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the avian great tit TRPM8 channel in complex with the antagonist TC-I 2014 | |||||||||
![]() | The final full map sharpened with a B factor of -60 | |||||||||
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![]() | TRPM8 / menthol receptor / cold receptor / PI(4 / 5)P2 / cooling agonists / temperature sensing / ion channel / sensory transduction / transient receptor potential ion channel / TRPM8 activation / TRPM8 inhibition / TRPM8 desensitization / TRPM8 antagonists / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | |||||||||
![]() | Yin Y / Park C-G / Zhang F / Fedor J / Feng S / Suo Y / Im W / Lee S-Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanisms of sensory adaptation and inhibition of the cold and menthol receptor TRPM8. 著者: Ying Yin / Cheon-Gyu Park / Feng Zhang / Justin G Fedor / Shasha Feng / Yang Suo / Wonpil Im / Seok-Yong Lee / ![]() 要旨: Our sensory adaptation to cold and chemically induced coolness is mediated by the intrinsic property of TRPM8 channels to desensitize. TRPM8 is also implicated in cold-evoked pain disorders and ...Our sensory adaptation to cold and chemically induced coolness is mediated by the intrinsic property of TRPM8 channels to desensitize. TRPM8 is also implicated in cold-evoked pain disorders and migraine, highlighting its inhibitors as an avenue for pain relief. Despite the importance, the mechanisms of TRPM8 desensitization and inhibition remained unclear. We found, using cryo-electron microscopy, electrophysiology, and molecular dynamics simulations, that TRPM8 inhibitors bind selectively to the desensitized state of the channel. These inhibitors were used to reveal the overlapping mechanisms of desensitization and inhibition and that cold and cooling agonists share a common desensitization pathway. Furthermore, we identified the structural determinants crucial for the conformational change in TRPM8 desensitization. Our study illustrates how receptor-level conformational changes alter cold sensation, providing insights into therapeutic development. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 64.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 133.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The final full map sharpened with a B factor of -60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A of the final 3D reconstruction
ファイル | emd_44260_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of the final 3D reconstruction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of the final 3D reconstruction
ファイル | emd_44260_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of the final 3D reconstruction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
全体 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 |
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要素 |
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-超分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
超分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 131.966203 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAIAEGVLGH ILETLVSMGS MRHRRNGNFE SSRLLYSSMS RSIDVACSDA DLANFIQENF KKRECVFFTK DTKSMGNLCK CGYPENQHI EGTQVNTTEK WNYKKHTKEL PTDAFGDIQF ENLGKRGKYI RLSCDTDSET LYDLMTQHWH LKTPNLVISV T GGAKNFAL ...文字列: MAIAEGVLGH ILETLVSMGS MRHRRNGNFE SSRLLYSSMS RSIDVACSDA DLANFIQENF KKRECVFFTK DTKSMGNLCK CGYPENQHI EGTQVNTTEK WNYKKHTKEL PTDAFGDIQF ENLGKRGKYI RLSCDTDSET LYDLMTQHWH LKTPNLVISV T GGAKNFAL KPRMRKIFSR LIYIAQSKGA WIFTGGTHYG LMKYIGEVVR DNTISRSSEE NVVAIGIAAW GMISNRETLI RT ADSDGSF LARYIMDDLK RDPLYCLDNN HTHLLLVDNG THGHPTTEAK VRTQLEKYIS ERVIPESNYG GKIPIVCFAQ GGG KETLKS INVAIKSKIP CVVVEGSGRI ADVIASLVEA EGTLASSCVK ESLLRFLPRT ISRLSEEETE SWIKWIKEVL ESPH LLTVI KIEEAGDEIV SNAISFALYK AFSTNEHDRD NWNGQLKLLL EWNQLDLASD EIFTNDRNWE SADLQDVMFT ALVKD RPKF VRLFLENGLN LRKFLTTEVL RELYTNNFSS LVFKNLQIAK NSYNDALLTF VWKMVEDFRR GFKRDYKNSK DEMEIQ LSE ECPITRHPLQ ALFIWSVLQN KKELSKVIWE QTRGCTLAAL GASKLLKSMA KVKNDINAAG ESEELANEYE TRAVELF TE CYSNDEDLAE QLLTYSCEAW GGSNCLELAV EARDQQFIAQ PGVQNFLSKQ WYGEISRDTK NWKIIMCLFF FPLIGCGF I SFRKKPVEKS KKLFLYYVSF FTSPFVVFSW NVIFYIAFLL LFAYVLLMDF QKEPTALEII LYVLVFVLLC DEWYMNGSK YFSDLWNVMD TLAIFYFIAG IVFRLHSDES SWYSGRVIFC LDYIVFTLRL IHIFTVSRNL GPKIIMLQRM MIDVFFFLFL FAVWMVAFG VARQGILRKN EHRWEWIFRS VIYEPYLAMF GQYPDDIDGT TYNFDRCTFS GNESKPLCVE LDANNQPRFP E WITIPLVC IYMLSTNILL VNLLVAMFGY TVGSVQENND QVWKFQRFFL VQEYCSRLTI PFPFVIFAYI FMVMRKCFKC CC NKESKEP SICCSRNEDN EILAWEAVMK ENYLVKINTK ANDSSEEMVH RFRQLDAKLS DLKGLLKEIS SKIKSNSLEV LFQ GPDYKD DDDKAHHHHH HHHHH |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-Y01: |
-分子 #4: 3-{7-(trifluoromethyl)-5-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-benzimida...
分子 | 名称: 3-{7-(trifluoromethyl)-5-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-benzimidazol-2-yl}-1-oxa-2-azaspiro[4.5]dec-2-ene タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: T14 |
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分子量 | 理論値: 467.407 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-T14: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
ソフトウェア | 名称: Latitude |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 10266 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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ソフトウェア | 名称: ![]() | |||||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT | |||||||||
得られたモデル | ![]() PDB-9b6i: |