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- EMDB-44142: Artemia franciscana ATP synthase state 2 (composite structure), pH 8.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44142
タイトルArtemia franciscana ATP synthase state 2 (composite structure), pH 8.0
マップデータArtemia franciscana ATP synthase state 2 (composite structure), pH 8.0
試料
  • 複合体: Mitochondrial ATP synthase
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
  • リガンド: x 3種
キーワードATP synthesis / Complex V / mitochondria / oxidative-phosphorylation / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP biosynthetic process / proton-transporting ATP synthase complex / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / mitochondrial membrane / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase protein 8 / ATP synthase subunit a
類似検索 - 構成要素
生物種Artemia franciscana (甲殻類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Mnatsakanyan N / Mello JFR
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)RF1AG072484 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R21NS137275 米国
引用ジャーナル: Cell Death Differ / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the brine shrimp mitochondrial ATP synthase suggests an inactivation mechanism for the ATP synthase leak channel.
著者: Amrendra Kumar / Juliana da Fonseca Rezende E Mello / Yangyu Wu / Daniel Morris / Ikram Mezghani / Erin Smith / Stephane Rombauts / Peter Bossier / Juno Krahn / Fred J Sigworth / Nelli Mnatsakanyan /
要旨: Mammalian mitochondria undergo Ca-induced and cyclosporinA (CsA)-regulated permeability transition (mPT) by activating the mitochondrial permeability transition pore (mPTP) situated in mitochondrial ...Mammalian mitochondria undergo Ca-induced and cyclosporinA (CsA)-regulated permeability transition (mPT) by activating the mitochondrial permeability transition pore (mPTP) situated in mitochondrial inner membranes. Ca-induced prolonged openings of mPTP under certain pathological conditions result in mitochondrial swelling and rupture of the outer membrane, leading to mitochondrial dysfunction and cell death. While the exact molecular composition and structure of mPTP remain unknown, mammalian ATP synthase was reported to form voltage and Ca-activated leak channels involved in mPT. Unlike in mammals, mitochondria of the crustacean Artemia franciscana have the ability to accumulate large amounts of Ca without undergoing the mPT. Here, we performed structural and functional analysis of A. franciscana ATP synthase to study the molecular mechanism of mPTP inhibition in this organism. We found that the channel formed by the A. franciscana ATP synthase dwells predominantly in its inactive state and is insensitive to Ca, in contrast to porcine heart ATP synthase. Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis revealed distinct structural features in A. franciscana ATP synthase compared with mammals. The stronger density of the e-subunit C-terminal region and its enhanced interaction with the c-ring were found in A. franciscana ATP synthase. These data suggest an inactivation mechanism of the ATP synthase leak channel and its possible contribution to the lack of mPT in this organism.
履歴
登録2024年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44142.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44142.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Artemia franciscana ATP synthase state 2 (composite structure), pH 8.0
投影像・断面図

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明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.816 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.816 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.816 Å

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投影像

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断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.55
最小 - 最大-62.934510000000003 - 80.275899999999993
平均 (標準偏差)-0.005026648 (±1.0204294)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 546.816 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Artemia franciscana ATP synthase state 2, pH 8.0

ファイルemd_44142_additional_1.map
注釈Artemia franciscana ATP synthase state 2, pH 8.0
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Artemia franciscana ATP synthase state 2, pH 8.0

ファイルemd_44142_half_map_1.map
注釈Artemia franciscana ATP synthase state 2, pH 8.0
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Artemia franciscana ATP synthase state 2, pH 8.0

ファイルemd_44142_half_map_2.map
注釈Artemia franciscana ATP synthase state 2, pH 8.0
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial ATP synthase

全体名称: Mitochondrial ATP synthase
要素
  • 複合体: Mitochondrial ATP synthase
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit c
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit b
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase coupling factor 6, F6
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit d
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit a
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit OSCP
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit 6.8PL
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase protein 8
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit f
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit g
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit e
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CARDIOLIPIN

+
超分子 #1: Mitochondrial ATP synthase

超分子名称: Mitochondrial ATP synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)

+
分子 #1: ATP synthase subunit c

分子名称: ATP synthase subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 13.250408 KDa
配列文字列:
MYTIARIATR AAVSQGSQAY LRPVSSAVLS QKVIVEAPVA TQARSLQTSA VQRDIDSAAK FIGAGAATVG VAGSGAGIGS VFGSLIIGY ARNPSLKQQL FSYAILGFAL SEAMGLFCLM MAFLLLFAF

+
分子 #2: ATP synthase subunit alpha

分子名称: ATP synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 59.7065 KDa
配列文字列: MALSTARIVS TVARQLPRGV QKVAARTAPV ATIAARKLHV SSANNAAEIS AVLEEKILGA APKENLEETG RVLSIGDGIA RVYGLKNIQ AEEMVEFSSG LKGMALNLEP DNVGIVVFGN DKHIKEGDIV KRTGAIVDVP VGEELLGRVV DALGNPIDGK G PIGSKTRQ ...文字列:
MALSTARIVS TVARQLPRGV QKVAARTAPV ATIAARKLHV SSANNAAEIS AVLEEKILGA APKENLEETG RVLSIGDGIA RVYGLKNIQ AEEMVEFSSG LKGMALNLEP DNVGIVVFGN DKHIKEGDIV KRTGAIVDVP VGEELLGRVV DALGNPIDGK G PIGSKTRQ RVGVKAPGII PRVSVREPMQ TGMKAVDSLV PIGRGQRELI IGDRQTGKTA IAIDAIINQK RFNDAQDEKK KL YCVYVAI GQKRSTVAQI VKRLTDTDAM RYTIVVSATA SDAAPLQYLA PYSGCAMGEF FRDNGKHALI IYDDLSKQAV AYR QMSLLL RRPPGREAYP GDVFYLHSRL LERAAKMSES NGGGSLTALP VIETQAGDVS AYIPTNVISI TDGQIFLETE LFYK GIRPA INVGLSVSRV GSAAQTRAMK QVAGSMKLEL AQYREVAAFA QFGSDLDAST QQLLSRGVRL TELLKQGQYV PMAIE DQVA IIYCGVRGHL DKVEPSKITK FEKEFSQHIK TSHRDILDTI AKEGQISPDT DAKLKKVVTD FLSTFQA

+
分子 #3: ATP synthase subunit beta

分子名称: ATP synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 55.88477 KDa
配列文字列: MLGAVGRASL KVLTASKPSI ELTKAVPAAL SSRSVHAGQV DSAAAAAKAQ AAANTSNGQI TAVIGAVVDV QFEDQLPPIL NALEVQGRS PRLILEVAQH LGENTVRTIA MDGTEGLVRG QNVLDTGAPI KIPVGPETLG RIMNVIGEPI DERGPIVTDK F AAIHADAP ...文字列:
MLGAVGRASL KVLTASKPSI ELTKAVPAAL SSRSVHAGQV DSAAAAAKAQ AAANTSNGQI TAVIGAVVDV QFEDQLPPIL NALEVQGRS PRLILEVAQH LGENTVRTIA MDGTEGLVRG QNVLDTGAPI KIPVGPETLG RIMNVIGEPI DERGPIVTDK F AAIHADAP EFVEMSVQQE ILVTGIKVVD LLAPYAKGGK IGLFGGAGVG KTVLIMELIN NVAKAHGGYS VFAGVGERTR EG NDLYHEM IESGVISLKD KTSKVALVYG QMNEPPGARA RVALTGLTVA EYFRDQEGQD VLLFIDNIFR FTQAGSEVSA LLG RIPSAV GYQPTLATDM GTMQERITTT KKGSITSVQA IYVPADDLTD PAPATTFAHL DATTVLSRAI AELGIYPAVD PLDS TSRIL DPNIIGEEHY NIARGVQKIL QDYKSLQDII AILGMDELSE EDKLIVSRAR KIQRFLSQPF QVAEVFTGHA GKLVP IKDT IKGFKMILNG ELDHLPEVAF YMVGPIEEVV AKAEKIAESQ

+
分子 #4: ATP synthase subunit gamma

分子名称: ATP synthase subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 31.976818 KDa
配列文字列: MFGRTSVLVL SQCNAAEQVR GMATLKAVSI RLKSVKNIQK ITQSMKMVSA AKYTKAEREL RVAKPYGQGA MKFYEKTELK GKEEKPSQL IIAISSDRGL CGAVHSSVGR QLKADLAANP DTMVICVGDK IRNILQRLYG NNLAMVCNDF GRRPPVFEDA T KVARAVLE ...文字列:
MFGRTSVLVL SQCNAAEQVR GMATLKAVSI RLKSVKNIQK ITQSMKMVSA AKYTKAEREL RVAKPYGQGA MKFYEKTELK GKEEKPSQL IIAISSDRGL CGAVHSSVGR QLKADLAANP DTMVICVGDK IRNILQRLYG NNLAMVCNDF GRRPPVFEDA T KVARAVLE SGMEFTNGKI VYNAFRSVVS FRTTDIPVFS KNAIESADSI AAYDSLDSDV IQSYVEYSLA SLIYYTMKEN AT SEQSSRM TAMDNASKNA GEMIDKLTMT FNRTRQAVIT RELIEIISGA SAL

+
分子 #5: ATP synthase subunit delta

分子名称: ATP synthase subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 17.565455 KDa
配列文字列:
MVSLTGDVST VVGPTEVDSA EVGFADVSSA WDNQMAFTFA APSQVFYNNA NIRQVDVPSF SGSFGILPAH VATLAVLKPG VVTVYQEDG STKKYFVSSG TVTVNDDSSV QVLAEEAVPV ENLDLQAARD ILSKAQSDVT SAGADMLKLA EGQIAVEVGE A LVKAAEGQ L

+
分子 #6: ATP synthase subunit epsilon

分子名称: ATP synthase subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 7.464596 KDa
配列文字列:
VRSNFASISG SGRRGRHVDF GASVDFEVHM MRRALKPELR NEAIKREESL LKVTPWKDGK PVKAAQ

+
分子 #7: ATP synthase subunit b

分子名称: ATP synthase subunit b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 29.944416 KDa
配列文字列: MLSRIAVQSA RPIAALQSVR PVQTSSTKTS EVASASVAPV VQFKGPNEGV ERDHVGFPRP LRPVNPGKVR VGFVPEEWFT FFYNKTGVT GPYVLGAGAL TFLLSKEIYV VEHEFYTGVA IAIMGTYGVK KFGKQIADYA DKGIGEIEQS FKEYQDSSKI G FEEAITLE ...文字列:
MLSRIAVQSA RPIAALQSVR PVQTSSTKTS EVASASVAPV VQFKGPNEGV ERDHVGFPRP LRPVNPGKVR VGFVPEEWFT FFYNKTGVT GPYVLGAGAL TFLLSKEIYV VEHEFYTGVA IAIMGTYGVK KFGKQIADYA DKGIGEIEQS FKEYQDSSKI G FEEAITLE ERAQKSAEAQ IMLFQAKREN VQFQLEAAYR ARLHHVNNEI KKRLDYHLET ERAQRQIKQK NMVDWIVRNV MK SITPEQE RLMLSKCISD LKAMSIKA

+
分子 #8: ATP synthase coupling factor 6, F6

分子名称: ATP synthase coupling factor 6, F6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 11.140879 KDa
配列文字列:
MLAPRISVAL RRSFSTSLPV VQKAVDPIQK LFLDKIKEYD QKSKAAGGKL LEASTEIQRE LDAELDKLKK MYGGDTADLS KFPSFHFED PVVDPINMQK

+
分子 #9: ATP synthase subunit d

分子名称: ATP synthase subunit d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 25.422525 KDa
配列文字列: MASKRIARSS IDWAKMAESV PESQKAMYNQ FKAKSDGYIR KALSYPEQPS PINWEHYRKS LTNPAMVDAF KKQYEALKVP YPEDKVSSQ IDAQEAEAKK EITKFIQESR GRIENYKAEL GKLGQMIPFE HMTLEDFFEA FPEKVLNPDP PSPNVKKKPF K NNSWHLIQ ...文字列:
MASKRIARSS IDWAKMAESV PESQKAMYNQ FKAKSDGYIR KALSYPEQPS PINWEHYRKS LTNPAMVDAF KKQYEALKVP YPEDKVSSQ IDAQEAEAKK EITKFIQESR GRIENYKAEL GKLGQMIPFE HMTLEDFFEA FPEKVLNPDP PSPNVKKKPF K NNSWHLIQ KIPNHFGLIL KKTLWNSKRR NSGNLEMNTI KSILLLDIIF KSFIGIKMCK L

+
分子 #10: ATP synthase subunit a

分子名称: ATP synthase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 24.422471 KDa
配列文字列: MMASLFSVFD PTSSFLSNWL SMLIPLLFMV MSFWLIPSRP QFLAKSVLMG LNREMSLLMG PASFGANILV IALFLFILFN NFIGLFPYI FTATSHLAVT LSLAVPLWIS FILYTWIKET TNALAHLVPL GTPAPLMPFM VLMEIISNMI RPITLSVRLA A NMIAGHLL ...文字列:
MMASLFSVFD PTSSFLSNWL SMLIPLLFMV MSFWLIPSRP QFLAKSVLMG LNREMSLLMG PASFGANILV IALFLFILFN NFIGLFPYI FTATSHLAVT LSLAVPLWIS FILYTWIKET TNALAHLVPL GTPAPLMPFM VLMEIISNMI RPITLSVRLA A NMIAGHLL LTLLGAQGTL ENLYVTSIVV FSQIILLMLE FSVAIIQSYV FMTLMTLYAS E

UniProtKB: ATP synthase subunit a

+
分子 #11: ATP synthase subunit OSCP

分子名称: ATP synthase subunit OSCP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 22.563432 KDa
配列文字列: MNDVSQAARQ FSTTSAATQL VKAPIQVFGI EGRYATALYS AAVKQKKLEA VEKDLVQLNA SLKKFPRLGE LLKNPTLSRQ LKKDAIGSM LKEQKAVDLT SNFLDLLTEN NRLKMVDGVI NAFKTIMAAH RGEVICEVTS AKPLDEAARK DLEVALKGFL K PGQNIKLT ...文字列:
MNDVSQAARQ FSTTSAATQL VKAPIQVFGI EGRYATALYS AAVKQKKLEA VEKDLVQLNA SLKKFPRLGE LLKNPTLSRQ LKKDAIGSM LKEQKAVDLT SNFLDLLTEN NRLKMVDGVI NAFKTIMAAH RGEVICEVTS AKPLDEAARK DLEVALKGFL K PGQNIKLT LKTDPAIIGG LVVSIGDRFV DMSIGTKIKR YTAALKTAV

+
分子 #12: ATP synthase subunit 6.8PL

分子名称: ATP synthase subunit 6.8PL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 3.762629 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #13: ATP synthase protein 8

分子名称: ATP synthase protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 6.351719 KDa
配列文字列:
MPQMMPLPWI MVFLVSMALL WAIMTMVFFL YQPRSVSSAK GFSDRTVYLN WKW

UniProtKB: ATP synthase protein 8

+
分子 #14: ATP synthase subunit f

分子名称: ATP synthase subunit f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 13.6978 KDa
配列文字列:
MGFGDYPAEY NPKVHGPYDP ARFYGKADVP LGQVKLGELS QWLGRRNKNP QAVAAAVSRG WWRWQHKYVL PRKGGIAPYI QLIVGCSIF FYAINYGKMV AHRQRKYHCR KTHSISHSNI

+
分子 #15: ATP synthase subunit g

分子名称: ATP synthase subunit g / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 11.236328 KDa
配列文字列:
MSALAKKIAT SGPVVLKNTI AVTRPKLATF LKYAKVELTP PGPADVPKIQ EGIQNLIHSA KTGKWKQVSV REAWLNTLIV TEIAMWFFV GECIGKGSVI GYRV

+
分子 #16: ATP synthase subunit e

分子名称: ATP synthase subunit e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 9.557997 KDa
配列文字列:
MSFAPPVNVS PLIRAGRYGA LVVGIVYGSY RFGSLQKREN EWRVEEARRK VIRDALNAEN KAKATREEML YLAKETGVKV PENF

+
分子 #17: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 4 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #18: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #19: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 15.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 302409
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: integrative model / 詳細: Genome annotation and AlphaFold
得られたモデル

PDB-9b3j:
Artemia franciscana ATP synthase state 2 (composite structure), pH 8.0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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