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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43924 | |||||||||
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タイトル | Bovine adult muscle nAChR resting state | |||||||||
マップデータ | sharp | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bovine muscle nicotinic acetylcholine receptor / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / postsynaptic membrane organization / skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / neuromuscular synaptic transmission / acetylcholine-gated channel complex / behavioral response to nicotine / muscle cell development ...Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / postsynaptic membrane organization / skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / neuromuscular synaptic transmission / acetylcholine-gated channel complex / behavioral response to nicotine / muscle cell development / acetylcholine receptor activity / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine binding / postsynaptic specialization membrane / acetylcholine receptor signaling pathway / nervous system process / channel activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / neuromuscular junction development / muscle cell cellular homeostasis / monoatomic cation transport / membrane depolarization / skeletal muscle contraction / neuronal action potential / muscle contraction / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / response to nicotine / neuromuscular junction / neuron cellular homeostasis / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / cell surface / signal transduction / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.09 Å | |||||||||
データ登録者 | Li H / Hibbs RE | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Structural switch in acetylcholine receptors in developing muscle 著者: Li H / Teng JF / Hibbs RE | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43924.map.gz | 483.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43924-v30.xml emd-43924.xml | 23.2 KB 23.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_43924_fsc.xml | 16.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_43924.png | 51.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43924.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_43924_additional_1.map.gz emd_43924_additional_2.map.gz emd_43924_half_map_1.map.gz emd_43924_half_map_2.map.gz | 258.5 MB 428.4 MB 474.5 MB 474.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43924 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43924 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43924_validation.pdf.gz | 983.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43924_full_validation.pdf.gz | 983.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43924_validation.xml.gz | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43924_validation.cif.gz | 34.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43924 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43924 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43924.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharp | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.935 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: unsharp
ファイル | emd_43924_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharp | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: EMhancer
ファイル | emd_43924_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EMhancer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: adult resting halfmapA
ファイル | emd_43924_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | adult_resting_halfmapA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: adult resting halfmapB
ファイル | emd_43924_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | adult_resting_halfmapB | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Bovine muscle nicotinic acetylcholine receptor
全体 | 名称: Bovine muscle nicotinic acetylcholine receptor |
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要素 |
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-超分子 #1: Bovine muscle nicotinic acetylcholine receptor
超分子 | 名称: Bovine muscle nicotinic acetylcholine receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-分子 #1: Acetylcholine receptor subunit alpha
分子 | 名称: Acetylcholine receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 49.949828 KDa |
配列 | 文字列: SEHETRLVAK LFEDYNSVVR PVEDHRQAVE VTVGLQLIQL INVDEVNQIV TTNVRLKQQW VDYNLKWNPD DYGGVKKIHI PSEKIWRPD LVLYNNADGD FAIVKFTKVL LDYTGHITWT PPAIFKSYCE IIVTHFPFDE QNCSMKLGTW TYDGSVVVIN P ESDQPDLS ...文字列: SEHETRLVAK LFEDYNSVVR PVEDHRQAVE VTVGLQLIQL INVDEVNQIV TTNVRLKQQW VDYNLKWNPD DYGGVKKIHI PSEKIWRPD LVLYNNADGD FAIVKFTKVL LDYTGHITWT PPAIFKSYCE IIVTHFPFDE QNCSMKLGTW TYDGSVVVIN P ESDQPDLS NFMESGEWVI KESRGWKHWV FYACCPSTPY LDITYHFVMQ RLPLYFIVNV IIPCLLFSFL TGLVFYLPTD SG EKMTLSI SVLLSLTVFL LVIVELIPST SSAVPLIGKY MLFTMVFVIA SIIITVIVIN THHRSPSTHV MPEWVRKVFI DTI PNIMFF STMKRPSREK QDKKIFTEDI DISDISGKPG PPPMGFHSPL IKHPEVKSAI EGIKYIAETM KSDQESNNAA EEWK YVAMV MDHILLAVFM LVCIIGTLAV FAGRLIELNQ QG UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit alpha |
-分子 #2: Acetylcholine receptor subunit beta
分子 | 名称: Acetylcholine receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 55.111832 KDa |
配列 | 文字列: SEAEGRLREK LFSGYDSTVR PAREVGDRVW VSIGLTLAQL ISLNEKDEEM STKVYLDLEW TDYRLSWDPE EHEGIDSLRI SAESVWLPD VVLLNNNDGN FDVALDINVV VSSDGSMRWQ PPGIYRSSCS IQVTYFPFDW QNCTMVFSSY SYDSSEVSLQ T GLSPEGQE ...文字列: SEAEGRLREK LFSGYDSTVR PAREVGDRVW VSIGLTLAQL ISLNEKDEEM STKVYLDLEW TDYRLSWDPE EHEGIDSLRI SAESVWLPD VVLLNNNDGN FDVALDINVV VSSDGSMRWQ PPGIYRSSCS IQVTYFPFDW QNCTMVFSSY SYDSSEVSLQ T GLSPEGQE RQEVYIHEGT FIENGQWEII HKPSRLIQPS VDPRGGGEGR REEVTFYLII RRKPLFYLVN VIAPCILITL LA IFVFYLP PDAGEKMGLS IFALLTLTVF LLLLADKVPE TSLSVPIIIK YLMFTMVLVT FSVILSVVVL NLHHRSPHTH QMP LWVRQI FIHKLPLYLG LKRPKPERDQ MQEPPSIAPR DSPGSGWGRG TDEYFIRKPP NDFLFPKPNR FQPELSAPDL RRFI DGPNR AVGLPPELRE VVSSISYIAR QLQEQEDHDV LKEDWQFVAM VVDRLFLWTF IIFTSVGTLV IFLDATYHLP PADPF P UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit beta |
-分子 #3: Acetylcholine receptor subunit delta
分子 | 名称: Acetylcholine receptor subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 56.543926 KDa |
配列 | 文字列: LNEEERLIRH LFEEKAYNKE LRPAAHKESV EISLALTLSN LISLKEVEET LTTNVWIEQG WTDSRLQWDA EDFGNISVLR LPADMVWLP EIVLENNNDG SFQISYSCNV LIYPSGSVYW LPPAIFRSSC PISVTYFPFD WQNCSLKFSS LKYTTKEITL S LKQAEEDG ...文字列: LNEEERLIRH LFEEKAYNKE LRPAAHKESV EISLALTLSN LISLKEVEET LTTNVWIEQG WTDSRLQWDA EDFGNISVLR LPADMVWLP EIVLENNNDG SFQISYSCNV LIYPSGSVYW LPPAIFRSSC PISVTYFPFD WQNCSLKFSS LKYTTKEITL S LKQAEEDG RSYPVEWIII DPEGFTENGE WEIVHRPARV NVDPSVPLDS PNRQDVTFYL IIRRKPLFYV INILVPCVLI SF MINLVFY LPADCGEKTS MAISVLLAQS VFLLLISKRL PATSMAIPLI GKFLLFGMVL VTMVVVICVI VLNIHFRTPS THV LSEPVK KLFLETLPEI LHMSRPAEDG PSPGTLIRRS SSLGYISKAE EYFSLKSRSD LMFEKQSERH GLARRLTTAR RPPA GSEQA QQELFSELKP AVDGANFIVN HMKDQNNYNE EKDCWNRVAR TVDRLCLFVV TPIMVVGTAW IFLQGAYNQP PPQPF PGDP FSYLEKDKRF I UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit delta |
-分子 #4: Acetylcholine receptor subunit epsilon
分子 | 名称: Acetylcholine receptor subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 52.613262 KDa |
配列 | 文字列: KNEELRLYHY LFDTYDPGRR PVQEPEDTVT ISLKVTLTNL ISLNEKEETL TTSVWIGIDW QDYRLNYSKG DFGGVETLRV PSELVWLPE IVLENNIDGQ FGVAYEANVL VSEGGYLSWL PPAIYRSTCA VEVTYFPFDW QNCSLVFRSQ TYNAEEVEFV F AVDDEGKT ...文字列: KNEELRLYHY LFDTYDPGRR PVQEPEDTVT ISLKVTLTNL ISLNEKEETL TTSVWIGIDW QDYRLNYSKG DFGGVETLRV PSELVWLPE IVLENNIDGQ FGVAYEANVL VSEGGYLSWL PPAIYRSTCA VEVTYFPFDW QNCSLVFRSQ TYNAEEVEFV F AVDDEGKT ISKIDIDTEA YTENGEWAID FCPGVIRRHD GDSAGGPGET DVIYSLIIRR KPLFYVINII VPCVLISGLV LL AYFLPAQ AGGQKCTVSI NVLLAQTVFL FLIAQKTPET SLSVPLLGRY LIFVMVVATL IVMNCVIVLN VSLRTPTTHA MSP RLRYVL LELLPQLLGS GAPPEIPRAA SPPRRASSLG LLLRAEELIL KKPRSELVFE QQRHRHGTWT ATLCQNLGAA APEI RCCVD AVNFVASSTR DQEATGEEVS DWVRMGKALD SICFWAALVL FLVGSSLIFL GAYFNRVPQL PYPPCM UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit epsilon |
-分子 #5: Toxin
分子 | 名称: Toxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 6.993089 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSMICYNQQS SQPPTTKTCS ETSCYKKTWR DHRGTIIERG CGCPKVKPGI KLHCCRTDKC NN |
-分子 #10: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 8 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: cryosparc ab initial model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | PDB-9avv: |