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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4389 | |||||||||
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タイトル | P22 CellB loaded Wiffleball | |||||||||
マップデータ | P22 CelB loaded wiffleball | |||||||||
試料 |
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生物種 | Enterobacteria phage P22 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.3 Å | |||||||||
データ登録者 | McCoy K / Selivanovitch E / Luque D / Lee B / Edwards E / Caston JR / Douglas T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2018 タイトル: Cargo Retention inside P22 Virus-Like Particles. 著者: Kimberly McCoy / Ekaterina Selivanovitch / Daniel Luque / Byeongdu Lee / Ethan Edwards / José R Castón / Trevor Douglas / 要旨: Viral protein cages, with their regular and programmable architectures, are excellent platforms for the development of functional nanomaterials. The ability to transform a virus into a material with ...Viral protein cages, with their regular and programmable architectures, are excellent platforms for the development of functional nanomaterials. The ability to transform a virus into a material with intended structure and function relies on the existence of a well-understood model system, a noninfectious virus-like particle (VLP) counterpart. Here, we study the factors important to the ability of P22 VLP to retain or release various protein cargo molecules depending on the nature of the cargo, the capsid morphology, and the environmental conditions. Because the interaction between the internalized scaffold protein (SP) and the capsid coat protein (CP) is noncovalent, we have studied the efficiency with which a range of SP variants can dissociate from the interior of different P22 VLP morphologies and exit by traversing the porous capsid. Understanding the types of cargos that are either retained or released from the P22 VLP will aid in the rational design of functional nanomaterials. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4389.map.gz | 20.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4389-v30.xml emd-4389.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4389.png | 230.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4389 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4389 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4389_validation.pdf.gz | 296 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4389_full_validation.pdf.gz | 295.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4389_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4389 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4389 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4389.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | P22 CelB loaded wiffleball | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Enterobacteria phage P22
全体 | 名称: Enterobacteria phage P22 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Enterobacteria phage P22
超分子 | 名称: Enterobacteria phage P22 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10754 / 生物種: Enterobacteria phage P22 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) |
Host system | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |