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万見
- EMDB-4371: Cryo-EM map of the FCHSD2 F-BAR domain + SH3-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4371
タイトルCryo-EM map of the FCHSD2 F-BAR domain + SH3-1
マップデータFCHSD2 F-BAR SH3-1 domains.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: FCHSD2 F-BAR and SH3-1 domains
    • タンパク質・ペプチド: FCHSD2 F-BAR + SH3-1
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.2 Å
データ登録者Almeida-Souza L / Frank R / Garcia-Nafria J / Colussi A / Gunawardana N / Johnson CM / Yu M / Howard G / Andrews B / Vallis Y / McMahon HT
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: A Flat BAR Protein Promotes Actin Polymerization at the Base of Clathrin-Coated Pits.
著者: Leonardo Almeida-Souza / Rene A W Frank / Javier García-Nafría / Adeline Colussi / Nushan Gunawardana / Christopher M Johnson / Minmin Yu / Gillian Howard / Byron Andrews / Yvonne Vallis / Harvey T McMahon /
要旨: Multiple proteins act co-operatively in mammalian clathrin-mediated endocytosis (CME) to generate endocytic vesicles from the plasma membrane. The principles controlling the activation and ...Multiple proteins act co-operatively in mammalian clathrin-mediated endocytosis (CME) to generate endocytic vesicles from the plasma membrane. The principles controlling the activation and organization of the actin cytoskeleton during mammalian CME are, however, not fully understood. Here, we show that the protein FCHSD2 is a major activator of actin polymerization during CME. FCHSD2 deletion leads to decreased ligand uptake caused by slowed pit maturation. FCHSD2 is recruited to endocytic pits by the scaffold protein intersectin via an unusual SH3-SH3 interaction. Here, its flat F-BAR domain binds to the planar region of the plasma membrane surrounding the developing pit forming an annulus. When bound to the membrane, FCHSD2 activates actin polymerization by a mechanism that combines oligomerization and recruitment of N-WASP to PI(4,5)P, thus promoting pit maturation. Our data therefore describe a molecular mechanism for linking spatiotemporally the plasma membrane to a force-generating actin platform guiding endocytic vesicle maturation.
履歴
登録2018年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月25日-
マップ公開2018年6月13日-
更新2018年7月25日-
現状2018年7月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0123
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0123
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4371.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4371.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈FCHSD2 F-BAR SH3-1 domains.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 218 pix.
= 239.8 Å		1.1 Å/pix.
x 218 pix.
= 239.8 Å		1.1 Å/pix.
x 218 pix.
= 239.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0123 / ムービー #1: 0.0123
最小 - 最大-0.0067462223 - 0.064117916
平均 (標準偏差)0.00032454843 (±0.0027927621)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ218218218
Spacing218218218
セルA=B=C: 239.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z218218218
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z239.800239.800239.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS218218218
D min/max/mean-0.0070.0640.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : FCHSD2 F-BAR and SH3-1 domains

全体名称: FCHSD2 F-BAR and SH3-1 domains
要素
  • 細胞器官・細胞要素: FCHSD2 F-BAR and SH3-1 domains
    • タンパク質・ペプチド: FCHSD2 F-BAR + SH3-1

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超分子 #1: FCHSD2 F-BAR and SH3-1 domains

超分子名称: FCHSD2 F-BAR and SH3-1 domains / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 142 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 Rosetta (DE3)

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分子 #1: FCHSD2 F-BAR + SH3-1

分子名称: FCHSD2 F-BAR + SH3-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQPPPRKVKV TQELKNIQVE QMTKLQAKHQ AECDLLEDMR TFSQKKAAIE REYAQGMQKL ASQYLKRDWP GVKADDRNDY RSMYPVWKSF LEGTMQVAQS RMNICENYKN FISEPARTVR SLKEQQLKRC VDQLTKIQTE LQETVKDLAK GKKKYFETEQ MAHAVREKAD ...文字列:
MQPPPRKVKV TQELKNIQVE QMTKLQAKHQ AECDLLEDMR TFSQKKAAIE REYAQGMQKL ASQYLKRDWP GVKADDRNDY RSMYPVWKSF LEGTMQVAQS RMNICENYKN FISEPARTVR SLKEQQLKRC VDQLTKIQTE LQETVKDLAK GKKKYFETEQ MAHAVREKAD IEAKSKLSLF QSRISLQKAS VKLKARRSEC NSKATHARND YLLTLAAANA HQDRYYQTDL VNIMKALDGN VYDHLKDYLI AFSRTELETC QAVQNTFQFL LENSSKVVRD YNLQLFLQEN AVFHKPQPFQ FQPCDSDTSR QLESETGTTE EHSLNKEARK WATRVAREHK NIVHQQRVLN DLECHGAAVS EQSRAELEQK IDEARENIRK AEIIKLKAEA RLDLLKQIGV SVDTWLKSAM NQVMEELENE RWARPPAVTS NGTLHSLNAD TEREEGEEFE DNMDVFDDSS SSPSGTLRNY PLTCKVVYSY KASQPDELTI EEHEVLEVIE DGDMEDWVKA RNKVGQVGYV PEKYLQFPTS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 766 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 230954
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4dyl

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 30270
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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