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万見
- EMDB-43673: Cryo-EM Structure of the BRAF WT monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43673
タイトルCryo-EM Structure of the BRAF WT monomer
マップデータ
試料
  • 複合体: BRAF WT - 14.3.3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase B-raf
    • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein zeta/delta
  • リガンド: ZINC ION
キーワードBRAF Kinase Monomer / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic target recognition / Golgi reassembly / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / respiratory system process / myeloid progenitor cell differentiation ...synaptic target recognition / Golgi reassembly / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / respiratory system process / myeloid progenitor cell differentiation / head morphogenesis / regulation of synapse maturation / ARMS-mediated activation / tube formation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / negative regulation of protein localization to nucleus / regulation of T cell differentiation / mitogen-activated protein kinase kinase binding / Negative feedback regulation of MAPK pathway / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / GP1b-IX-V activation signalling / Frs2-mediated activation / positive regulation of axon regeneration / stress fiber assembly / face development / MAP kinase kinase activity / synaptic vesicle exocytosis / thyroid gland development / Regulation of localization of FOXO transcription factors / somatic stem cell population maintenance / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / phosphoserine residue binding / MAP kinase kinase kinase activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to glucose starvation / response to cAMP / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / ERK1 and ERK2 cascade / substrate adhesion-dependent cell spreading / protein sequestering activity / cellular response to calcium ion / negative regulation of innate immune response / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / thymus development / animal organ morphogenesis / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / lung development / RAF activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / visual learning / response to peptide hormone / centriolar satellite / long-term synaptic potentiation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / intracellular protein localization / melanosome / cellular response to xenobiotic stimulus / presynapse / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / T cell differentiation in thymus / cell body / scaffold protein binding / angiogenesis / DNA-binding transcription factor binding / vesicle / blood microparticle
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase B-raf / 14-3-3 protein zeta/delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å
データ登録者Lavoie H / Lajoie D / Jin T / Decossas M / Maisonneuve P / Therrien M
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-388023 カナダ
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: BRAF oncogenic mutants evade autoinhibition through a common mechanism.
著者: Hugo Lavoie / Ting Jin / Driss Lajoie / Marion Decossas / Patrick Gendron / Bing Wang / Frantisek Filandr / Malha Sahmi / Chang Hwa Jo / Sandra Weber / Geneviève Arseneault / Sasmita ...著者: Hugo Lavoie / Ting Jin / Driss Lajoie / Marion Decossas / Patrick Gendron / Bing Wang / Frantisek Filandr / Malha Sahmi / Chang Hwa Jo / Sandra Weber / Geneviève Arseneault / Sasmita Tripathy / Pierre Beaulieu / Doris A Schuetz / David C Schriemer / Anne Marinier / William J Rice / Pierre Maisonneuve / Marc Therrien /
要旨: Uncontrolled activation of the rat sarcoma (RAS)-extracellular signal-regulated kinase (ERK) pathway drives tumor growth, often because of oncogenic BRAF mutations. BRAF regulation, involving ...Uncontrolled activation of the rat sarcoma (RAS)-extracellular signal-regulated kinase (ERK) pathway drives tumor growth, often because of oncogenic BRAF mutations. BRAF regulation, involving monomeric autoinhibition and activation by dimerization, has been intensely scrutinized, but mechanisms enabling oncogenic mutants to evade regulation remain unclear. By using cryo-electron microscopy, we solved the three-dimensional structures of the three oncogenic BRAF mutant classes, including the common V600E variant. These mutations disrupted wild-type BRAF's autoinhibited state, mediated by interactions between the cysteine-rich domain and kinase domain, thereby shifting the kinase domain into a preactivated conformation. This structural change likely results from helix αC displacement. PLX8394, a BRAF inhibitor that stabilizes helix αC in an inactive conformation, restored the autoinhibited conformation of oncogenic BRAF, explaining the properties of this class of compounds.
履歴
登録2024年2月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43673.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43673.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17
最小 - 最大-0.87954175 - 1.3282354
平均 (標準偏差)0.0032938148 (±0.03918298)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43673_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43673_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BRAF WT - 14.3.3 complex

全体名称: BRAF WT - 14.3.3 complex
要素
  • 複合体: BRAF WT - 14.3.3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase B-raf
    • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein zeta/delta
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: BRAF WT - 14.3.3 complex

超分子名称: BRAF WT - 14.3.3 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: BRAF complex purified by Flag affinity purification followed by TEV elution from FREEStyle 293F cells
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 141 KDa

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase B-raf

分子名称: Serine/threonine-protein kinase B-raf / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84.754742 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GMAALSGGGG GGAEPGQALF NGDMEPEAGA GAGAAASSAA DPAIPEEVWN IKQMIKLTQE HIEALLDKFG GEHNPPSIYL EAYEEYTSK LDALQQREQQ LLESLGNGTD FSVSSSASMD TVTSSSSSSL SVLPSSLSVF QNPTDVARSN PKSPQKPIVR V FLPNKQRT ...文字列:
GMAALSGGGG GGAEPGQALF NGDMEPEAGA GAGAAASSAA DPAIPEEVWN IKQMIKLTQE HIEALLDKFG GEHNPPSIYL EAYEEYTSK LDALQQREQQ LLESLGNGTD FSVSSSASMD TVTSSSSSSL SVLPSSLSVF QNPTDVARSN PKSPQKPIVR V FLPNKQRT VVPARCGVTV RDSLKKALMM RGLIPECCAV YRIQDGEKKP IGWDTDISWL TGEELHVEVL ENVPLTTHNF VR KTFFTLA FCDFCRKLLF QGFRCQTCGY KFHQRCSTEV PLMCVNYDQL DLLFVSKFFE HHPIPQEEAS LAETALTSGS SPS APASDS IGPQILTSPS PSKSIPIPQP FRPADEDHRN QFGQRDRSS(SEP) APNVHINTIE PVNIDDLIRD QGFRGDGGST TGLSATPPA SLPGSLTNVK ALQKSPGPQR ERKSSSSSED RNRMKTLGRR DSSDDWEIPD GQITVGQRIG SGSFGTVYKG K WHGDVAVK MLNVTAPTPQ QLQAFKNEVG VLRKTRHVNI LLFMGYSTKP QLAIVTQWCE GSSLYHHLHI IETKFEMIKL ID IARQTAQ GMDYLHAKSI IHRDLKSNNI FLHEDLTVKI GDFGLATVKS RWSGSHQFEQ LSGSILWMAP EVIRMQDKNP YSF QSDVYA FGIVLYELMT GQLPYSNINN RDQIIFMVGR GYLSPDLSKV RSNCPKAMKR LMAECLKKKR DERPLFPQIL ASIE LLARS LPKIHRSA(SEP)E PSLNRAGFQT EDFSLYACAS PKTPIQAGGY GAFPVH

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase B-raf

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分子 #2: 14-3-3 protein zeta/delta

分子名称: 14-3-3 protein zeta/delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.185566 KDa
配列文字列: DKNELVQKAK LAEQAERYDD MAACMKSVTE QGAELSNEER NLLSVAYKNV VGARRSSWRV VSSIEQKTEG AEKKQQMARE YREKIETEL RDICNDVLSL LEKFLIPNAS QAESKVFYLK MKGDYYRYLA EVAAGDDKKG IVDQSQQAYQ EAFEISKKEM Q PTHPIRLG ...文字列:
DKNELVQKAK LAEQAERYDD MAACMKSVTE QGAELSNEER NLLSVAYKNV VGARRSSWRV VSSIEQKTEG AEKKQQMARE YREKIETEL RDICNDVLSL LEKFLIPNAS QAESKVFYLK MKGDYYRYLA EVAAGDDKKG IVDQSQQAYQ EAFEISKKEM Q PTHPIRLG LALNFSVFYY EILNSPEKAC SLAKTAFDEA IAELDTLSEE SYKDSTLIMQ LLRDNLTLWT S

UniProtKB: 14-3-3 protein zeta/delta

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H17N2NaO4SHEPES
137.0 mMNaClSodium Chloride
5.0 mMMgCl2Magnesium chloride
1.0 mMC9H15O6PTCEP
0.0005 mMC10H12Li4N5O12P3SATPgammaS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 詳細: Chameleon system (SPT Labtech).

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.66 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7mfe

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: Resolution corresponds to the FSC 0.143 cut-off of the masked map.
使用した粒子像数: 45060
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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