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- EMDB-43616: Structure of HamB-DNA complex, conformation 2, from the Escherich... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43616
タイトルStructure of HamB-DNA complex, conformation 2, from the Escherichia coli Hachiman defense system
マップデータSharp map of conformation 2 of the HamB-DNA complex
試料
  • 複合体: HamB-DNA complex
    • DNA: DNA (40-MER)
    • タンパク質・ペプチド: HamB
キーワードHelicase-DNA complex / antiphage defense system / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / nucleic acid binding / hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DEAD/DEAH box helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Tuck OT / Doudna JA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Hachiman is a genome integrity sensor.
著者: Owen T Tuck / Benjamin A Adler / Emily G Armbruster / Arushi Lahiri / Jason J Hu / Julia Zhou / Joe Pogliano / Jennifer A Doudna /
要旨: Hachiman is a broad-spectrum antiphage defense system of unknown function. We show here that Hachiman comprises a heterodimeric nuclease-helicase complex, HamAB. HamA, previously a protein of unknown ...Hachiman is a broad-spectrum antiphage defense system of unknown function. We show here that Hachiman comprises a heterodimeric nuclease-helicase complex, HamAB. HamA, previously a protein of unknown function, is the effector nuclease. HamB is the sensor helicase. HamB constrains HamA activity during surveillance of intact dsDNA. When the HamAB complex detects DNA damage, HamB helicase activity liberates HamA, unleashing nuclease activity. Hachiman activation degrades all DNA in the cell, creating 'phantom' cells devoid of both phage and host DNA. We demonstrate Hachiman activation in the absence of phage by treatment with DNA-damaging agents, suggesting that Hachiman responds to aberrant DNA states. Phylogenetic similarities between the Hachiman helicase and eukaryotic enzymes suggest this bacterial immune system has been repurposed for diverse functions across all domains of life.
履歴
登録2024年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43616.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43616.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharp map of conformation 2 of the HamB-DNA complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 256 pix.
= 285.44 Å		1.12 Å/pix.
x 256 pix.
= 285.44 Å		1.12 Å/pix.
x 256 pix.
= 285.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.115 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-0.0017294913 - 2.0530934
平均 (標準偏差)0.0008136213 (±0.020492159)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 285.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43616_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map of conformation 2 of the HamB-DNA complex

ファイルemd_43616_additional_1.map
注釈Unsharpened map of conformation 2 of the HamB-DNA complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of conformation 2 of the HamB-DNA complex

ファイルemd_43616_half_map_1.map
注釈Half map A of conformation 2 of the HamB-DNA complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of conformation 2 of the HamB-DNA complex

ファイルemd_43616_half_map_2.map
注釈Half map B of conformation 2 of the HamB-DNA complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HamB-DNA complex

全体名称: HamB-DNA complex
要素
  • 複合体: HamB-DNA complex
    • DNA: DNA (40-MER)
    • タンパク質・ペプチド: HamB

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超分子 #1: HamB-DNA complex

超分子名称: HamB-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: ECOR31
分子量理論値: 155 KDa

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分子 #1: DNA (40-MER)

分子名称: DNA (40-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.154847 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG) (DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC) (DA)

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分子 #2: HamB

分子名称: HamB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: ECOR31
分子量理論値: 130.898453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPATADEIIE AIKEASAVGF RGRLIARGQA RSVIWRDGDL PPDAPEFSAL LSQDLQGYAY ALIDLGLRLR ELNGDDAYAR IAFEQAGTA LESAIAKGKR DSRDTDFHFV MAAASYHLAH LSARAYSLLA MVGQDDNFSP IERALTQLIR RDLRTLRDNA L GFRLRGDG ...文字列:
MPATADEIIE AIKEASAVGF RGRLIARGQA RSVIWRDGDL PPDAPEFSAL LSQDLQGYAY ALIDLGLRLR ELNGDDAYAR IAFEQAGTA LESAIAKGKR DSRDTDFHFV MAAASYHLAH LSARAYSLLA MVGQDDNFSP IERALTQLIR RDLRTLRDNA L GFRLRGDG SDVKITEILQ ARLNLPQDEN GDSESEEDIL FDGLDLALTD AYMSAISLYL LAVERGESRL LSRAIEKLRI SL SICAQFN MLPQWWLNFI TIHLLSDLWS DTFHERLPLV PVGGDAAEWP ALRELFIALL QRRPRAEIDL WPSQREAAGR SVN DNDDLV VSLPTSAGKT RIAELCILRC LAGGKRVVFI TPLRALSAQT EATLSRTFGP LGKTISMLYG SIGVSGMDED AIRQ RDIVV ATPEKLDFAL RNDPSIINDV GLFIFDEGHM IGADEREVRY EVQIQRLLRR QDADTRRIVC LSAILPDGEQ LDDFA GWLR RDKPGGPIKN NWRPTRLQFG EVIWSAPAGR LNLSVGYEAA WVSRFIVSRQ PPKVKLPNKK QRTKMFPSDN KELCLA TAW RLIEDGQTVL IYCPLRRSVE PFAETIVDLH QRGLLPSLFD AAPDILDTAI SLGEEWLGAH SPILACLRLG VALHHGA LP TAYRKEIERL LRDGVLKVTI SSPTLAQGLN LSATAIVMHS LHRNRELIKV SEFRNVIGRA GRAYVDVEGL VIYPIFDK V NKRQTNWHTL TSDTGAREME SGLIQLVCVL LIRMHTRLGG DLKALTEYVT NNAVAWEFPE IMTESPQERD IAQAIWEKQ LSTLDTAILS LLGENDIPDD QIETALDDIL QSSLWQRSLQ RYRDENERIL LKSGLLSRSR YIWQRSTAAG RRGYFLSGVG LTTGLRLDA IAAKANQLLI DANAAIMGGD AEEAIAAITA LAEEVFTFYP FIPDPLPGDW RGILRSWLLG EPMTNVANTQ A SETLQFVE NGLVYRLPWA MEAIRVRATA NGDLIGDTDT TLDDYELGFA VAAVETGTLS RSSSLLIQAG FSSRLAAIKV VT DTTADFQ SGQELRRWLN SEEVISHTDN HDWPTPETRV MWLEFLGSLS PKGSQVWSRH RYNGMVDWRD TPAVIGTPLQ LYT VDGIHH VLADDGTPLG SINGRINTNR RGLLRVEVDD ENGRAMFDYL GPDDFIST

UniProtKB: DEAD/DEAH box helicase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
100.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMC9H15O6PTCEP
0.5 %C3H8O3glycerol
2.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMC10H16N5O13P3adenosine triphosphate
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9133 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 18254957
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab initio model
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 249313
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: v1.4.0
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8vxc:
Structure of HamB-DNA complex, conformation 2, from the Escherichia coli Hachiman defense system

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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