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- EMDB-43610: Human OGG1 bound at the nucleosomal super helical location -5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43610
タイトルHuman OGG1 bound at the nucleosomal super helical location -5
マップデータHuman OGG1 binds nucleosome at SHL -5
試料
  • 複合体: Complex of Human OGG1 with a 35 bp DNA duplex containing 8-oxoG
    • タンパク質・ペプチド: OGG1
キーワードNucleosome core particle containing 8-oxoG DNA damage / DNA BINDING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å
データ登録者You Q / Li H
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ES011858 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM131754 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Human 8-oxoguanine glycosylase OGG1 binds nucleosome at the dsDNA ends and the super-helical locations.
著者: Qinglong You / Xiang Feng / Yi Cai / Stephen B Baylin / Huilin Li /
要旨: The human glycosylase OGG1 extrudes and excises the oxidized DNA base 8-oxoguanine (8-oxoG) to initiate base excision repair and plays important roles in many pathological conditions such as cancer, ...The human glycosylase OGG1 extrudes and excises the oxidized DNA base 8-oxoguanine (8-oxoG) to initiate base excision repair and plays important roles in many pathological conditions such as cancer, inflammation, and neurodegenerative diseases. Previous structural studies have used a truncated protein and short linear DNA, so it has been unclear how full-length OGG1 operates on longer DNA or on nucleosomes. Here we report cryo-EM structures of human OGG1 bound to a 35-bp long DNA containing an 8-oxoG within an unmethylated Cp-8-oxoG dinucleotide as well as to a nucleosome with an 8-oxoG at super-helical location (SHL)-5. The 8-oxoG in the linear DNA is flipped out by OGG1, consistent with previous crystallographic findings with a 15-bp DNA. OGG1 preferentially binds near dsDNA ends at the nucleosomal entry/exit sites. Such preference may underlie the enzyme's function in DNA double-strand break repair. Unexpectedly, we find that OGG1 bends the nucleosomal entry DNA, flips an undamaged guanine, and binds to internal nucleosomal DNA sites such as SHL-5 and SHL+6. We suggest that the DNA base search mechanism by OGG1 may be chromatin context-dependent and that OGG1 may partner with chromatin remodelers to excise 8-oxoG at the nucleosomal internal sites.
履歴
登録2024年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43610.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43610.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human OGG1 binds nucleosome at SHL -5
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.66 Å/pix.
x 160 pix.
= 264.96 Å		1.66 Å/pix.
x 160 pix.
= 264.96 Å		1.66 Å/pix.
x 160 pix.
= 264.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.656 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.018758833 - 0.0671569
平均 (標準偏差)-0.000092200265 (±0.0037376347)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 264.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Human OGG1 binds nucleosome at SHL -5 half map 1

ファイルemd_43610_half_map_1.map
注釈Human OGG1 binds nucleosome at SHL -5 half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human OGG1 binds nucleosome at SHL -5 half map 2

ファイルemd_43610_half_map_2.map
注釈Human OGG1 binds nucleosome at SHL -5 half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Human OGG1 with a 35 bp DNA duplex containing 8-oxoG

全体名称: Complex of Human OGG1 with a 35 bp DNA duplex containing 8-oxoG
要素
  • 複合体: Complex of Human OGG1 with a 35 bp DNA duplex containing 8-oxoG
    • タンパク質・ペプチド: OGG1

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超分子 #1: Complex of Human OGG1 with a 35 bp DNA duplex containing 8-oxoG

超分子名称: Complex of Human OGG1 with a 35 bp DNA duplex containing 8-oxoG
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: OGG1

分子名称: OGG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHDY KDHDGDYKDH DIDYKDDDDK ENLYFQGGGG GSDPARALLP RRMGHRTLAS TPALWASIPC PRSELRLDLV LPSGQSFRWR EQSPAHWSGV LADQVWTLTQ TEEQLHCTVY RGDKSQASRP TPDELEAVRK YFQLDVTLAQ LYHHWGSVDS HFQEVAQKFQ ...文字列:
MGHHHHHHDY KDHDGDYKDH DIDYKDDDDK ENLYFQGGGG GSDPARALLP RRMGHRTLAS TPALWASIPC PRSELRLDLV LPSGQSFRWR EQSPAHWSGV LADQVWTLTQ TEEQLHCTVY RGDKSQASRP TPDELEAVRK YFQLDVTLAQ LYHHWGSVDS HFQEVAQKFQ GVRLLRQDPI ECLFSFICSS NNNIARITGM VERLCQAFGP RLIQLDDVTY HGFPSLQALA GPEVEAHLRK LGLGYRARYV SASARAILEE QGGLAWLQQL RESSYEEAHK ALCILPGVGT QVADCICLMA LDKPQAVPVD VHMWHIAQRD YSWHPTTSQA KGPSPQTNKE LGNFFRSLWG PYAGWAQAVL FSADLRQSRH AQEPPAKRRK GSKGPEG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6fq5

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 51710
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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