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- EMDB-43589: The base complex of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (Class 2,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43589
タイトルThe base complex of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (Class 2, localised reconstruction)
マップデータSharpened map
試料
  • ウイルス: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid-associated protein VP80
    • タンパク質・ペプチド: Occlusion-derived virus envelope protein E27
    • タンパク質・ペプチド: Protein C42
    • タンパク質・ペプチド: Protein AC109
    • タンパク質・ペプチド: Protein AC142
    • タンパク質・ペプチド: 38K (AC98)
  • リガンド: ZINC ION
キーワードNucleocapsid / Base / baculovirus / virus / AcMNPV / VP39 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of viral material towards nucleus / exit of virus from host cell nucleus by nuclear egress / host cell nuclear matrix / nuclear capsid assembly / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / virion component / viral capsid / host cell / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm ...transport of viral material towards nucleus / exit of virus from host cell nucleus by nuclear egress / host cell nuclear matrix / nuclear capsid assembly / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / virion component / viral capsid / host cell / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral envelope / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / protein homodimerization activity / DNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF694 / Protein of unknown function (DUF705) / Baculovirus Y142 protein / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), Orf109 / Nucleopolyhedrovirus capsid P80/P87 / Baculovirus Y142 protein / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV) protein / Nucleopolyhedrovirus capsid protein P87 / HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIC / Baculovirus occlusion-derived virus envelope EC27 ...Protein of unknown function DUF694 / Protein of unknown function (DUF705) / Baculovirus Y142 protein / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), Orf109 / Nucleopolyhedrovirus capsid P80/P87 / Baculovirus Y142 protein / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV) protein / Nucleopolyhedrovirus capsid protein P87 / HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIC / Baculovirus occlusion-derived virus envelope EC27 / Baculovirus occlusion-derived virus envelope protein EC27 / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), C42 / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), Orf101 / Baculovirus major capsid protein VP39 / Baculovirus major capsid protein VP39 / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / Uncharacterized 38.0 kDa protein in P143-LEF5 intergenic region / Protein C42 / Protein AC109 / Protein AC142 / Occlusion-derived virus envelope protein E27 / Capsid-associated protein VP80
類似検索 - 構成要素
生物種Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.78 Å
データ登録者Johnstone BA / Koszalka P / Ha J / Venugopal H / Coulibaly F
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC)DP210103388 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: The nucleocapsid architecture and structural atlas of the prototype baculovirus define the hallmarks of a new viral realm.
著者: Bronte A Johnstone / Joshua M Hardy / Jungmin Ha / Anamarija Butkovic / Paulina Koszalka / Cathy Accurso / Hariprasad Venugopal / Alex de Marco / Mart Krupovic / Fasséli Coulibaly /
要旨: Baculovirus is the most studied insect virus owing to a broad ecological distribution and ease of engineering for biotechnological applications. However, its structure and evolutionary place in the ...Baculovirus is the most studied insect virus owing to a broad ecological distribution and ease of engineering for biotechnological applications. However, its structure and evolutionary place in the virosphere remain enigmatic. Using cryo-electron microscopy, we show that the nucleocapsid forms a covalently cross-linked helical tube protecting a highly compacted 134-kilobase pair DNA genome. The ends of the tube are sealed by the base and cap substructures, which share a 126-subunit hub but differ in components that promote actin tail-mediated propulsion and nuclear entry of the nucleocapsid, respectively. Unexpectedly, sensitive searches for hidden evolutionary links show that the morphogenetic machinery and conserved oral infectivity factors originated within the lineage of baculo-like viruses (class ). The unique viral architecture and structural atlas of hallmark proteins firmly place these viruses into a separate new realm, the highest taxonomy rank, and provide a structural framework to expand their use as sustainable bioinsecticides and biomedical tools.
履歴
登録2024年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_43589.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.41 Å/pix.
x 384 pix.
= 541.44 Å		1.41 Å/pix.
x 384 pix.
= 541.44 Å		1.41 Å/pix.
x 384 pix.
= 541.44 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.41 Å
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表面レベル登録者による: 0.294
最小 - 最大-0.81570506 - 1.6152053
平均 (標準偏差)-0.00017493716 (±0.07947818)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 541.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43589_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Raw, unsharpened map

ファイルemd_43589_additional_1.map
注釈Raw, unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_43589_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_43589_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

全体名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
要素
  • ウイルス: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid-associated protein VP80
    • タンパク質・ペプチド: Occlusion-derived virus envelope protein E27
    • タンパク質・ペプチド: Protein C42
    • タンパク質・ペプチド: Protein AC109
    • タンパク質・ペプチド: Protein AC142
    • タンパク質・ペプチド: 38K (AC98)
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

超分子名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
詳細: Recombinant AcMNPV (BacToBac, Invitrogen) viruses containing the Bombyx mori cytoplasmic virus polyhedrin gene were amplified in Sf9 cells in suspension culture.
NCBI-ID: 307456
生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Lepidoptera (昆虫)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Nucleocapsid / 直径: 500.0 Å

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 38.991109 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MALVPVGMAP RQMRVNRCIF ASIVSFDACI TYKSPCSPDA YHDDGWFICN NHLIKRFKMS KMVLPIFDED DNQFKMTIAR HLVGNKERG IKRILIPSAT NYQDVFNLNS MMQAEQLIFH LIYNNENAVN TICDNLKYTE GFTSNTQRVI HSVYATTKSI L DTTNPNTF ...文字列:
MALVPVGMAP RQMRVNRCIF ASIVSFDACI TYKSPCSPDA YHDDGWFICN NHLIKRFKMS KMVLPIFDED DNQFKMTIAR HLVGNKERG IKRILIPSAT NYQDVFNLNS MMQAEQLIFH LIYNNENAVN TICDNLKYTE GFTSNTQRVI HSVYATTKSI L DTTNPNTF CSRVSRDELR FFDVTNARAL RGGAGDQLFN NYSGFLQNLI RRAVAPEYLQ IDTEELRFRN CATCIIDETG LV ASVPDGP ELYNPIRSSD IMRSQPNRLQ IRNVLKFEGD TRELDRTLSG YEEYPTYVPL FLGYQIINSE NNFLRNDFIP RAN PNATLG GGAVAGPAPG VAGEAGGGIA V

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: Capsid-associated protein VP80

分子名称: Capsid-associated protein VP80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 79.974469 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNDSNSLLIT RLAAQILSRN MQTVDVIVDD KTLSLEEKID TLTSMVLAVN SPPQSPPRVT SSDLAASIIK NNSKMVGNDF EMRYNVLRM AVVFVKHYPK YYNETTAGLV AEIESNLLQY QNYVNQGNYQ NIEGYDSLLN KAEECYVKID RLFKESIKKI M DDTEAFER ...文字列:
MNDSNSLLIT RLAAQILSRN MQTVDVIVDD KTLSLEEKID TLTSMVLAVN SPPQSPPRVT SSDLAASIIK NNSKMVGNDF EMRYNVLRM AVVFVKHYPK YYNETTAGLV AEIESNLLQY QNYVNQGNYQ NIEGYDSLLN KAEECYVKID RLFKESIKKI M DDTEAFER EQEAERLRAE QTAANALLER RAQTSADDVV NRADANIPTA FSDPLPGPSA PRYMYESSES DTYMETARRT AE HYTDQDK DYNAAYTADE YNSLVKTVLL RLIEKALATL KNRLHITTID QLKKFRDYLN SDADAGEFQI FLNQEDCVIL KNL SNLASK FFNVRCVADT LEVMLEALRN NIELVQPESD AVRRIVIKMT QEIKDSSTPL YNIAMYKSDY DAIKNKNIKT LFDL YNDRL PINFLDTSAT SPVRKTSGKR SAEDDLLPTR SSKRANRPEI NVISSEDEQE DDDVEDVDYE KESKRRKLED EDFLK LKAL EFSKDIVNEK LQKIIVVTDG MKRLYEYCNC KNSLETLPSA ANYGSLLKRL NLYNLDHIEM NVNFYELLFP LTLYND NDN SDKTLSHQLV NYIFLASNYF QNCAKNFNYM RETFNVFGPF KQIDFMVMFV IKFNFLCDMR NFAKLIDELV PNKQPNM RI HSVLVMRDKI VKLAFSNLQF QTFSKKDKSR NTKHLQRLIM LMNANYNVI

UniProtKB: Capsid-associated protein VP80

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分子 #3: Occlusion-derived virus envelope protein E27

分子名称: Occlusion-derived virus envelope protein E27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 33.568152 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKRIKCNKVR TVTEIVNSDE KIQKTYELAE FDLKNLSSLE SYETLKIKLA LSKYMAMLST LEMTQPLLEI FRNKADTRQI AAVVFSTLA FIHNRFHPLV TNFTNKMEFV VTETNDTSIP GEPILFTENE GVLLCSVDRP SIVKMLSREF DTEALVNFEN D NCNVRIAK ...文字列:
MKRIKCNKVR TVTEIVNSDE KIQKTYELAE FDLKNLSSLE SYETLKIKLA LSKYMAMLST LEMTQPLLEI FRNKADTRQI AAVVFSTLA FIHNRFHPLV TNFTNKMEFV VTETNDTSIP GEPILFTENE GVLLCSVDRP SIVKMLSREF DTEALVNFEN D NCNVRIAK TFGASKRKNT TRSDDYESNK QPNYDMDLSD FSITEVEATQ YLTLLLTVEH AYLHYYIFKN YGVFEYCKSL TD HSLFTNK LRSTMSTKTS NLLLSKFKFT IEDFDKINSN SVTSGFNIYN FNK

UniProtKB: Occlusion-derived virus envelope protein E27

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分子 #4: Protein C42

分子名称: Protein C42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 41.583594 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSAIALYLEI NKLRLKIDEP MQLAIWPQLF PLLCDEHQSV QLNTDVLINF MMHVARKSQN TILNNNAAIA SQYAAGNADV VAAPASAQP TPRPVINLFA RANAAAPAQP SEELINMRRY RNAARKLIHH YSLNSTSSTE YKISDVVMTM IFLLRSEKYH S LFKLLETT ...文字列:
MSAIALYLEI NKLRLKIDEP MQLAIWPQLF PLLCDEHQSV QLNTDVLINF MMHVARKSQN TILNNNAAIA SQYAAGNADV VAAPASAQP TPRPVINLFA RANAAAPAQP SEELINMRRY RNAARKLIHH YSLNSTSSTE YKISDVVMTM IFLLRSEKYH S LFKLLETT FDDYTCRPQM TQVQTDTLLD AVRSLLEMPS TTIDLTTVDI MRSSFARCFN SPIMRYAKIV LLQNVALQRD KR TTLEELL IERGEKIQML QPQQYINSGT EIPFCDDAEF LNRLLKHIDP YPLSRMYYNA ANTMFYTTME NYAVSNCKFN IED YNNIFK VMENIRKHSN KNSNDQDELN IYLGVQSSNA KRKKY

UniProtKB: Protein C42

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分子 #5: Protein AC109

分子名称: Protein AC109 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 44.851441 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MECPFQIQVC ISDRFFAFPH NLVEPQSDVG NKLIENLIVY VPTDDDRLYI DKKQFPKFNS VLVYRHEHDV NIDSRSPKKT ASATIVYWN PLVPITEIGA GETRVFSVLL TNNLFYCNTM IVHHENPKCP IEFTYPETDM QSACSALLKN RNGQSVPPPI K SNLRPIAC ...文字列:
MECPFQIQVC ISDRFFAFPH NLVEPQSDVG NKLIENLIVY VPTDDDRLYI DKKQFPKFNS VLVYRHEHDV NIDSRSPKKT ASATIVYWN PLVPITEIGA GETRVFSVLL TNNLFYCNTM IVHHENPKCP IEFTYPETDM QSACSALLKN RNGQSVPPPI K SNLRPIAC EIPLSHFKEL VESNDFLLCF NLETSTMVKI LSLKRIFCIF QYRKQPARYV INLPHEEIDN LYNKLNWERT RR LMKGDVP SNCATVNRSS LKYIKQAQSL LGIPDYSQTV VDFVKMFQKI IFPYQLVPNV IIKLNNFDQM VSSAPNKAEP YKK IRLFCK NDSIAISSSG IVPINMPDFS PPNTFDYSDY ANRTNINFVT QRVLTDGGFS SGITVTPVKY NYYL

UniProtKB: Protein AC109

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分子 #6: Protein AC142

分子名称: Protein AC142 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 55.480898 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSGGGNLLTL ERDHFKYLFL TSYFDLKDNE HVPSEPMAFI RNYLNCTFDL LDDAVLMNYF NYLQSMQLKH LVGSTSTNIF KFVKPQFRF VCDRTTVDIL EFDTRMYIKP GTPVYATNLF TSNPRKMMAF LYAEFGKVFK NKIFVNINNY GCVLAGSAGF L FDDAYVDW ...文字列:
MSGGGNLLTL ERDHFKYLFL TSYFDLKDNE HVPSEPMAFI RNYLNCTFDL LDDAVLMNYF NYLQSMQLKH LVGSTSTNIF KFVKPQFRF VCDRTTVDIL EFDTRMYIKP GTPVYATNLF TSNPRKMMAF LYAEFGKVFK NKIFVNINNY GCVLAGSAGF L FDDAYVDW NGVRMCAAPR LDNNMHPFRL YLLGEDMAKH FVDNNILPPH PSNAKTRKIN NSMFMLKNFY KGLPLFKSKY TV VNSTKIV TRKPNDIFNE IDKELNGNCP FIKFIQRDYI FDAQFPPDLL DLLNEYMTKS SIMKIITKFV IEENPAMSGE MSR EIILDR YSVDNYRKLY IKMEITNQFP VMYDHESSYI FVSKDFLQLK GTMNAFYAPK QRILSILAVN RLFGATETID FHPN LLVYR QSSPPVRLTG DVYVVDKNEK VFLVKHVFSN TVPAYLLIRG DYESSSDLKS LRDLNPWVQN TLLKLLIPDS VQ

UniProtKB: Protein AC142

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分子 #7: 38K (AC98)

分子名称: 38K (AC98) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 38.0705 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASSLQSKWI CLRLNDAIIK RHVLVLSEYA DLKYLGFEKY KFFEYVIFQF CNDPQLCKII ENNYNYCMQI FKAPADDMRD IRHNIKRAF KTPVLGHMCV LSNKPPMYSF LKEWFLLPHY KVVSLKSESL TWGFPHVVVF DLDSTLITEE EQVEIRDPFV Y DSLQELHE ...文字列:
MASSLQSKWI CLRLNDAIIK RHVLVLSEYA DLKYLGFEKY KFFEYVIFQF CNDPQLCKII ENNYNYCMQI FKAPADDMRD IRHNIKRAF KTPVLGHMCV LSNKPPMYSF LKEWFLLPHY KVVSLKSESL TWGFPHVVVF DLDSTLITEE EQVEIRDPFV Y DSLQELHE MGCVLVLWSY GSRDHVAHSM RDVDLEGYFD IIISEGSTVQ EERSDLVQNS HNAIVDYNLK KRFIENKFVF DI HNHRSDN NIPKSPKIVI KYLSDKNVNF FKSITLVDDL PTNNYAYDFY VKVKRCPTPV QDWEHYHNEI IQNIMDYEQY FIK

UniProtKB: Uncharacterized 38.0 kDa protein in P143-LEF5 intergenic region

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分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 12 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10 mM HEPES pH 7.4, 500 mM potassium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細A suspension of AcMNPV viruses was purified from cell culture supernatant using sucrose gradient ultracentrifugation. Sucrose was removed after purification through dialysis.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11439 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 64000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 143933
詳細: Particles were picked using a trained Topaz model, trained using manual picking of nucleocapsid ends from 700 micrographs
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / 使用した粒子像数: 53750
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8vwj:
The base complex of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (Class 2, localised reconstruction)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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