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- EMDB-43586: Structure of the baculovirus major nucleocapsid protein VP39 (loc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43586
タイトルStructure of the baculovirus major nucleocapsid protein VP39 (localised reconstruction)
マップデータStructure of the baculovirus major nucleocapsid protein VP39 (localised reconstruction)
試料
  • ウイルス: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
  • リガンド: ZINC ION
キーワードCapsid / helical assembly / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Baculovirus major capsid protein VP39 / Baculovirus major capsid protein VP39 / host cell nuclear matrix / virion component / viral capsid / structural molecule activity / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Johnstone BA / Hardy JM / Ha JH / Venugopal H / Coulibaly F
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC)DP210103388 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2008096 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: The nucleocapsid architecture and structural atlas of the prototype baculovirus define the hallmarks of a new viral realm.
著者: Bronte A Johnstone / Joshua M Hardy / Jungmin Ha / Anamarija Butkovic / Paulina Koszalka / Cathy Accurso / Hariprasad Venugopal / Alex de Marco / Mart Krupovic / Fasséli Coulibaly /
要旨: Baculovirus is the most studied insect virus owing to a broad ecological distribution and ease of engineering for biotechnological applications. However, its structure and evolutionary place in the ...Baculovirus is the most studied insect virus owing to a broad ecological distribution and ease of engineering for biotechnological applications. However, its structure and evolutionary place in the virosphere remain enigmatic. Using cryo-electron microscopy, we show that the nucleocapsid forms a covalently cross-linked helical tube protecting a highly compacted 134-kilobase pair DNA genome. The ends of the tube are sealed by the base and cap substructures, which share a 126-subunit hub but differ in components that promote actin tail-mediated propulsion and nuclear entry of the nucleocapsid, respectively. Unexpectedly, sensitive searches for hidden evolutionary links show that the morphogenetic machinery and conserved oral infectivity factors originated within the lineage of baculo-like viruses (class ). The unique viral architecture and structural atlas of hallmark proteins firmly place these viruses into a separate new realm, the highest taxonomy rank, and provide a structural framework to expand their use as sustainable bioinsecticides and biomedical tools.
履歴
登録2024年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43586.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43586.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the baculovirus major nucleocapsid protein VP39 (localised reconstruction)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 256 pix.
= 340.48 Å		1.33 Å/pix.
x 256 pix.
= 340.48 Å		1.33 Å/pix.
x 256 pix.
= 340.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.168
最小 - 最大-2.4036603 - 2.869338
平均 (標準偏差)0.004798008 (±0.06634347)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 340.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_43586_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_43586_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

全体名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
要素
  • ウイルス: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

超分子名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Recombinant AcMNPV (BacToBac, Invitrogen) viruses containing the Bombyx mori cytoplasmic virus polyhedrin gene were amplified in Sf9 cells in suspension culture.
NCBI-ID: 307456
生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Lepidoptera (昆虫)
分子量理論値: 50 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Nucleocapsid / 直径: 500.0 Å

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 38.991109 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MALVPVGMAP RQMRVNRCIF ASIVSFDACI TYKSPCSPDA YHDDGWFICN NHLIKRFKMS KMVLPIFDED DNQFKMTIAR HLVGNKERG IKRILIPSAT NYQDVFNLNS MMQAEQLIFH LIYNNENAVN TICDNLKYTE GFTSNTQRVI HSVYATTKSI L DTTNPNTF ...文字列:
MALVPVGMAP RQMRVNRCIF ASIVSFDACI TYKSPCSPDA YHDDGWFICN NHLIKRFKMS KMVLPIFDED DNQFKMTIAR HLVGNKERG IKRILIPSAT NYQDVFNLNS MMQAEQLIFH LIYNNENAVN TICDNLKYTE GFTSNTQRVI HSVYATTKSI L DTTNPNTF CSRVSRDELR FFDVTNARAL RGGAGDQLFN NYSGFLQNLI RRAVAPEYLQ IDTEELRFRN CATCIIDETG LV ASVPDGP ELYNPIRSSD IMRSQPNRLQ IRNVLKFEGD TRELDRTLSG YEEYPTYVPL FLGYQIINSE NNFLRNDFIP RAN PNATLG GGAVAGPAPG VAGEAGGGIA V

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.7
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNH2C(CH2OH)3.HClTris-HCl
0.5 mM(HO2CCH2)2NCH2CH2N(CH2CO2H)2Ethylenedinitrilotetraacetic acid (EDTA)

詳細: 50 mM Tris, 0.5 mM EDTA, pH 8.7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Grid was blotted using zero incubation time, blot time of 2 s, blot force of -10 and drain time of 1 s..
詳細A suspension of AcMNPV viruses was purified from cell culture supernatant using sucrose gradient ultracentrifugation. Sucrose was removed after purification through dialysis.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-70 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1847 / 平均露光時間: 14.0 sec. / 平均電子線量: 47.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The movies were imported into cryoSPARC and binned two times by Fourier cropping, and subjected to motion correction and CTF estimation using patch motion correction and patch CTF estimation
粒子像選択選択した数: 2165694
詳細: Manually selected particles in EMAN2 were used to create a 2D template in cryoSPARC for automated filament tracing resulting in 77,356 particles. After helical refinement and symmetry ...詳細: Manually selected particles in EMAN2 were used to create a 2D template in cryoSPARC for automated filament tracing resulting in 77,356 particles. After helical refinement and symmetry expansion, 2,165,694 subparticles were extracted.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
詳細: Defocus values were estimated using patch CTF estimation, and CTF correction was performed during 3D reconstruction
タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: A sub-tomogram average reconstruction was used as an initial reference for helical reconstruction
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
詳細: Final reconstruction was generated using local refinement in cryoSPARC.
使用した粒子像数: 1002951
初期 角度割当タイプ: OTHER
ソフトウェア:
名称詳細
SPRING (ver. 0.84.1470)Used for Fourier-Bessel indexing
RELION (ver. 2.1)Used to test helical and cyclic symmetries

詳細: Helical symmetry determination was performed using Fourier-Bessel indexing and projection matching in SPRING. Reconstruction tests in RELION were used to refine the cyclical and helical ...詳細: Helical symmetry determination was performed using Fourier-Bessel indexing and projection matching in SPRING. Reconstruction tests in RELION were used to refine the cyclical and helical symmetry values (C14, a rise 43.22 angstroms, and a twist of -18.56 degrees).
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 433139 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
詳細: 3D classification was performed without re-alignment of the subparticles
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細ChimeraX was used to perform rigid-body fitting of an AlphaFold2 model. Flexible modeling was performed using Coot and refined in Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8vwh:
Structure of the baculovirus major nucleocapsid protein VP39 (localised reconstruction)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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