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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43545 | |||||||||
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タイトル | L5A7 Fab bound to 28H6E11 anti-idiotype Fab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | influenza / antibody / anti-idiotype / ANTIVIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Olia AS / Morano NC / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Immunol / 年: 2024 タイトル: Anti-idiotype isolation of a broad and potent influenza A virus-neutralizing human antibody. 著者: Adam S Olia / Madhu Prabhakaran / Darcy R Harris / Crystal Sao-Fong Cheung / Rebecca A Gillespie / Jason Gorman / Abigayle Hoover / Nicholas C Morano / Amine Ourahmane / Abhinaya Srikanth / ...著者: Adam S Olia / Madhu Prabhakaran / Darcy R Harris / Crystal Sao-Fong Cheung / Rebecca A Gillespie / Jason Gorman / Abigayle Hoover / Nicholas C Morano / Amine Ourahmane / Abhinaya Srikanth / Shuishu Wang / Weiwei Wu / Tongqing Zhou / Sarah F Andrews / Masaru Kanekiyo / Lawrence Shapiro / Adrian B McDermott / Peter D Kwong / 要旨: The VH6-1 class of antibodies includes some of the broadest and most potent antibodies that neutralize influenza A virus. Here, we elicit and isolate anti-idiotype antibodies against germline ...The VH6-1 class of antibodies includes some of the broadest and most potent antibodies that neutralize influenza A virus. Here, we elicit and isolate anti-idiotype antibodies against germline versions of VH6-1 antibodies, use these to sort human leukocytes, and isolate a new VH6-1-class member, antibody L5A7, which potently neutralized diverse group 1 and group 2 influenza A strains. While its heavy chain derived from the canonical IGHV6-1 heavy chain gene used by the class, L5A7 utilized a light chain gene, IGKV1-9, which had not been previously observed in other VH6-1-class antibodies. The cryo-EM structure of L5A7 in complex with Indonesia 2005 hemagglutinin revealed a nearly identical binding mode to other VH6-1-class members. The structure of L5A7 bound to the isolating anti-idiotype antibody, 28H6E11, revealed a shared surface for binding anti-idiotype and hemagglutinin that included two critical L5A7 regions: an FG motif in the third heavy chain-complementary determining region (CDR H3) and the CDR L1 loop. Surprisingly, the chemistries of L5A7 interactions with hemagglutinin and with anti-idiotype were substantially different. Overall, we demonstrate anti-idiotype-based isolation of a broad and potent influenza A virus-neutralizing antibody, revealing that anti-idiotypic selection of antibodies can involve features other than chemical mimicry of the target antigen. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43545.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43545-v30.xml emd-43545.xml | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_43545.png | 34.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43545.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_43545_half_map_1.map.gz emd_43545_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43545 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43545 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43545_validation.pdf.gz | 848.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43545_full_validation.pdf.gz | 848.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43545_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43545_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43545 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43545 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43545.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43545_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43545_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of L5A7 Fab and 28H6E11 Fab
全体 | 名称: Complex of L5A7 Fab and 28H6E11 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of L5A7 Fab and 28H6E11 Fab
超分子 | 名称: Complex of L5A7 Fab and 28H6E11 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: 28H6E11 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: 28H6E11 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.499348 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLQQSGPE VVRPGVSVKI SCKGSGYTFT DHAMHWVKQS HAKSLEWIGV FNTYNGDTNY NQKFEDKATM TIDKSSSTAY LELARLTSE DSAIYYCVRL GLLGFYALDY WGQGTSVTVS SAKTTPPSVY PLAPGSAAQT NSMVTLGCLV KGYFPEPVTV T WNSGSLSS ...文字列: QVQLQQSGPE VVRPGVSVKI SCKGSGYTFT DHAMHWVKQS HAKSLEWIGV FNTYNGDTNY NQKFEDKATM TIDKSSSTAY LELARLTSE DSAIYYCVRL GLLGFYALDY WGQGTSVTVS SAKTTPPSVY PLAPGSAAQT NSMVTLGCLV KGYFPEPVTV T WNSGSLSS GVHTFPAVLQ SDLYTLSSSV TVPSSPRPSE TVTCNVAHPA SSTKVDKKIV |
-分子 #2: 28H6E11 Fab Light Chain
分子 | 名称: 28H6E11 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.146812 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DVLMTQTPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSIV HSNGNTYLEW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYYCFQGSHV PLTFGAGTKL ELKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE R QNGVLNSW ...文字列: DVLMTQTPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSIV HSNGNTYLEW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYYCFQGSHV PLTFGAGTKL ELKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE R QNGVLNSW TDQDSKDSTY SMSSTLTLTK DEYERHNSYT CEATHKTSTS PIVKSFNRNE C |
-分子 #3: L5A7 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: L5A7 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.642494 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLQQSGPG LVKPSQTLSL TCGISGDSVS SDAAAWDWIR QSPSRGLEWL GRTFYRSRWH HDYSESVKNR ITINADTSKN QFSLQLTSV TPEDTATYYC ARAGVRVFGI IVNSLDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列: QVQLQQSGPG LVKPSQTLSL TCGISGDSVS SDAAAWDWIR QSPSRGLEWL GRTFYRSRWH HDYSESVKNR ITINADTSKN QFSLQLTSV TPEDTATYYC ARAGVRVFGI IVNSLDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SC |
-分子 #4: L5A7 Fab Light Chain
分子 | 名称: L5A7 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.716301 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AIQLTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQATS SYLAWYQQKP GKAPKLLIYA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTITSLQP EDFATYYCQ LSKTFGPGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV T EQDSKDST ...文字列: AIQLTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQATS SYLAWYQQKP GKAPKLLIYA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTITSLQP EDFATYYCQ LSKTFGPGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV T EQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 215254 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |