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万見
- EMDB-43494: avb8/L-TGF-b1/GARP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43494
タイトルavb8/L-TGF-b1/GARP
マップデータL-TGF-b1/GARP/avb8
試料
  • 複合体: avb8/L-TGF-b1/GARP complex
    • 複合体: avb8 complex
      • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-V heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-8
    • 複合体: L-TGF-b1/GARP complex
      • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta activator LRRC32
      • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta-1 proprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードIntegrin / Complex / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of protein localization to extracellular region / ganglioside metabolic process / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / secondary palate development / opsonin binding ...establishment of protein localization to extracellular region / ganglioside metabolic process / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / secondary palate development / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / placenta blood vessel development / Laminin interactions / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / receptor ligand inhibitor activity / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / negative regulation of lipid transport / hard palate development / regulation of phagocytosis / Elastic fibre formation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / filopodium membrane / cartilage development / extracellular matrix binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / apoptotic cell clearance / integrin complex / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / Molecules associated with elastic fibres / negative regulation of cytokine production / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / negative chemotaxis / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / positive regulation of osteoblast proliferation / microvillus membrane / cell-substrate adhesion / negative regulation of activated T cell proliferation / endodermal cell differentiation / PECAM1 interactions / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of intracellular signal transduction / lamellipodium membrane / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / vasculogenesis / voltage-gated calcium channel activity / specific granule membrane / coreceptor activity / phagocytic vesicle / ERK1 and ERK2 cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extracellular matrix / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of cell adhesion / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein kinase C binding / cell-matrix adhesion / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cell-cell adhesion / calcium ion transmembrane transport / VEGFA-VEGFR2 Pathway / response to virus / ruffle membrane / integrin binding / positive regulation of angiogenesis / cell migration / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / virus receptor activity / protease binding / angiogenesis / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / negative regulation of gene expression / external side of plasma membrane / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / symbiont entry into host cell / cell surface / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Teneurin-like EGF domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. ...Teneurin-like EGF domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / Leucine-rich repeats, bacterial type / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin alpha-V / Integrin beta-8 / Transforming growth factor beta activator LRRC32
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jin M / Cheng Y / Nishimura SL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL134183 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Dynamic allostery drives autocrine and paracrine TGF-β signaling.
著者: Mingliang Jin / Robert I Seed / Guoqing Cai / Tiffany Shing / Li Wang / Saburo Ito / Anthony Cormier / Stephanie A Wankowicz / Jillian M Jespersen / Jody L Baron / Nicholas D Carey / Melody G ...著者: Mingliang Jin / Robert I Seed / Guoqing Cai / Tiffany Shing / Li Wang / Saburo Ito / Anthony Cormier / Stephanie A Wankowicz / Jillian M Jespersen / Jody L Baron / Nicholas D Carey / Melody G Campbell / Zanlin Yu / Phu K Tang / Pilar Cossio / Weihua Wen / Jianlong Lou / James Marks / Stephen L Nishimura / Yifan Cheng /
要旨: TGF-β, essential for development and immunity, is expressed as a latent complex (L-TGF-β) non-covalently associated with its prodomain and presented on immune cell surfaces by covalent association ...TGF-β, essential for development and immunity, is expressed as a latent complex (L-TGF-β) non-covalently associated with its prodomain and presented on immune cell surfaces by covalent association with GARP. Binding to integrin αvβ8 activates L-TGF-β1/GARP. The dogma is that mature TGF-β must physically dissociate from L-TGF-β1 for signaling to occur. Our previous studies discovered that αvβ8-mediated TGF-β autocrine signaling can occur without TGF-β1 release from its latent form. Here, we show that mice engineered to express TGF-β1 that cannot release from L-TGF-β1 survive without early lethal tissue inflammation, unlike those with TGF-β1 deficiency. Combining cryogenic electron microscopy with cell-based assays, we reveal a dynamic allosteric mechanism of autocrine TGF-β1 signaling without release where αvβ8 binding redistributes the intrinsic flexibility of L-TGF-β1 to expose TGF-β1 to its receptors. Dynamic allostery explains the TGF-β3 latency/activation mechanism and why TGF-β3 functions distinctly from TGF-β1, suggesting that it broadly applies to other flexible cell surface receptor/ligand systems.
履歴
登録2024年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43494.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈L-TGF-b1/GARP/avb8
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1742 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.4487923 - 2.5538673
平均 (標準偏差)-0.00048373707 (±0.058661763)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 601.1904 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : avb8/L-TGF-b1/GARP complex

全体名称: avb8/L-TGF-b1/GARP complex
要素
  • 複合体: avb8/L-TGF-b1/GARP complex
    • 複合体: avb8 complex
      • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-V heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-8
    • 複合体: L-TGF-b1/GARP complex
      • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta activator LRRC32
      • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta-1 proprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: avb8/L-TGF-b1/GARP complex

超分子名称: avb8/L-TGF-b1/GARP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / 詳細: mixture of avb8 and L-TGF-b1/GARP
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

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超分子 #2: avb8 complex

超分子名称: avb8 complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: L-TGF-b1/GARP complex

超分子名称: L-TGF-b1/GARP complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transforming growth factor beta activator LRRC32

分子名称: Transforming growth factor beta activator LRRC32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.344055 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: CKMVDKKVSC QVLGLLQVPS VLPPDTETLD LSGNQLRSIL ASPLGFYTAL RHLDLSTNEI SFLQPGAFQA LTHLEHLSLA HNRLAMATA LSAGGLGPLP RVTSLDLSGN SLYSGLLERL LGEAPSLHTL SLAENSLTRL TRHTFRDMPA LEQLDLHSNV L MDIEDGAF ...文字列:
CKMVDKKVSC QVLGLLQVPS VLPPDTETLD LSGNQLRSIL ASPLGFYTAL RHLDLSTNEI SFLQPGAFQA LTHLEHLSLA HNRLAMATA LSAGGLGPLP RVTSLDLSGN SLYSGLLERL LGEAPSLHTL SLAENSLTRL TRHTFRDMPA LEQLDLHSNV L MDIEDGAF EGLPRLTHLN LSRNSLTCIS DFSLQQLRVL DLSCNSIEAF QTASQPQAEF QLTWLDLREN KLLHFPDLAA LP RLIYLNL SNNLIRLPTG PPQDSKGIHA PSEGWSALPL SAPSGNASGR PLSQLLNLDL SYNEIELIPD SFLEHLTSLC FLN LSRNCL RTFEARRLGS LPCLMLLDLS HNALETLELG ARALGSLRTL LLQGNALRDL PPYTFANLAS LQRLNLQGNR VSPC GGPDE PGPSGCVAFS GITSLRSLSL VDNEIELLRA GAFLHTPLTE LDLSSNPGLE VATGALGGLE ASLEVLALQG NGLMV LQVD LPCFICLKRL NLAENRLSHL PAWTQAVSLE VLDLRNNSFS LLPGSAMGGL ETSLRRLYLQ GNPLSCCGNG WLAAQL HQG RVD

UniProtKB: Transforming growth factor beta activator LRRC32

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分子 #2: Integrin alpha-V heavy chain

分子名称: Integrin alpha-V heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.268188 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: FNLDVDSPAE YSGPEGSYFG FAVDFFVPSA SSRMFLLVGA PKANTTQPGI VEGGQVLKCD WSSTRRCQPI EFDATGNRDY AKDDPLEFK SHQWFGASVR SKQDKILACA PLYHWRTEMK QEREPVGTCF LQDGTKTVEY APCRSQDIDA DGQGFCQGGF S IDFTKADR ...文字列:
FNLDVDSPAE YSGPEGSYFG FAVDFFVPSA SSRMFLLVGA PKANTTQPGI VEGGQVLKCD WSSTRRCQPI EFDATGNRDY AKDDPLEFK SHQWFGASVR SKQDKILACA PLYHWRTEMK QEREPVGTCF LQDGTKTVEY APCRSQDIDA DGQGFCQGGF S IDFTKADR VLLGGPGSFY WQGQLISDQV AEIVSKYDPN VYSIKYNNQL ATRTAQAIFD DSYLGYSVAV GDFNGDGIDD FV SGVPRAA RTLGMVYIYD GKNMSSLYNF TGEQMAAYFG FSVAATDING DDYADVFIGA PLFMDRGSDG KLQEVGQVSV SLQ RASGDF QTTKLNGFEV FARFGSAIAP LGDLDQDGFN DIAIAAPYGG EDKKGIVYIF NGRSTGLNAV PSQILEGQWA ARSM PPSFG YSMKGATDID KNGYPDLIVG AFGVDRAILY RARPVITVNA GLEVYPSILN QDNKTCSLPG TALKVSCFNV RFCLK ADGK GVLPRKLNFQ VELLLDKLKQ KGAIRRALFL YSRSPSHSKN MTISRGGLMQ CEELIAYLRD ESEFRDKLTP ITIFME YRL DYRTAADTTG LQPILNQFTP ANISRQAHIL

UniProtKB: Integrin alpha-V

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分子 #3: Integrin beta-8

分子名称: Integrin beta-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.574234 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: INTQVTPGEV SIQLRPGAEA NFMLKVHPLK KYPVDLYYLV DVSASMHNNI EKLNSVGNDL SRKMAFFSRD FRLGFGSYVD KTVSPYISI HPERIHNQCS DYNLDCMPPH GYIHVLSLTE NITEFEKAVH RQKISGNIDT PEGGFDAMLQ AAVCESHIGW R KEAKRLLL ...文字列:
INTQVTPGEV SIQLRPGAEA NFMLKVHPLK KYPVDLYYLV DVSASMHNNI EKLNSVGNDL SRKMAFFSRD FRLGFGSYVD KTVSPYISI HPERIHNQCS DYNLDCMPPH GYIHVLSLTE NITEFEKAVH RQKISGNIDT PEGGFDAMLQ AAVCESHIGW R KEAKRLLL VMTDQTSHLA LDSKLAGIVV PNDGNCHLKN NVYVKSTTME HPSLGQLSEK LIDNNINVIF AVQGKQFHWY KD LLPLLPG TIAGEIESKA ANLNNLVVEA YQKLISEVKV QVENQVQGIY FNITAICPDG SRKPGMEGCR NVTSNDEVLF NVT VTMKKC DVTGGKNYAI IKPIGFNETA KIHIHRNC

UniProtKB: Integrin beta-8

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分子 #4: Transforming growth factor beta-1 proprotein

分子名称: Transforming growth factor beta-1 proprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.323219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LSTCKTIDME LVKRKRIEAI RGQILSKLRL ASPPSQGEVP PGPLPEAVLA LYNSTRDRVA GESAEPEPEP EADYYAKEVT RVLMVETHN EIYDKFKQST HSIYMFFNTS ELREAVPEPV LLSRAELRLL RLKLKVEQHV ELYQKYSNNS WRYLSNRLLA P SDSPEWLS ...文字列:
LSTCKTIDME LVKRKRIEAI RGQILSKLRL ASPPSQGEVP PGPLPEAVLA LYNSTRDRVA GESAEPEPEP EADYYAKEVT RVLMVETHN EIYDKFKQST HSIYMFFNTS ELREAVPEPV LLSRAELRLL RLKLKVEQHV ELYQKYSNNS WRYLSNRLLA P SDSPEWLS FDVTGVVRQW LSRGGEIEGF RLSAHCSCDS RDNTLQVDIN GFTTGRRGDL ATIHGMNRPF LLLMATPLER AQ HLQSSRH RRALDTNYCF SSTEKNCCVR QLYIDFRKDL GWKWIHEPKG YHANFCLGPC PYIWSLDTQY SKVLALYNQH NPG ASAAPC CVPQALEPLP IVYYVGRKPK VEQLSNMIVR SCKCS

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #8: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 68.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46771
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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