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- EMDB-43277: cryoEM structure of human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43277
タイトルcryoEM structure of human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3 variant with the C edge loop from Arrestin2 inserted
マップデータ
試料
  • 複合体: human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3
    • タンパク質・ペプチド: Fab7 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab7 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Atypical chemokine receptor 3
    • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-2
キーワードGPCR / arrestin / signaling / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oculomotor nerve development / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / C-X-C chemokine binding / angiotensin receptor binding / C-X-C chemokine receptor activity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / C-C chemokine receptor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding ...oculomotor nerve development / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / C-X-C chemokine binding / angiotensin receptor binding / C-X-C chemokine receptor activity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / C-C chemokine receptor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / G protein-coupled receptor internalization / inositol hexakisphosphate binding / Chemokine receptors bind chemokines / scavenger receptor activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / vasculogenesis / coreceptor activity / clathrin-coated pit / phosphatidylinositol binding / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / recycling endosome / receptor internalization / protein transport / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / angiogenesis / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / cell adhesion / immune response / external side of plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / cell surface / signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Atypical chemokine receptor 3 / : / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain ...Atypical chemokine receptor 3 / : / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Atypical chemokine receptor 3 / Beta-arrestin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chen Q / Tesmer JJG
資金援助 米国, 12件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA254402 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117372 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI161880 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA221289 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA023168 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137505 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL071818 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM151033 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA023168 米国
Walther Cancer Foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM151033 米国
Ralph W. and Grace M. Showalter Research Trust 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Effect of phosphorylation barcodes on arrestin binding to a chemokine receptor.
著者: Qiuyan Chen / Christopher T Schafer / Somnath Mukherjee / Kai Wang / Martin Gustavsson / James R Fuller / Katelyn Tepper / Thomas D Lamme / Yasmin Aydin / Parth Agrawal / Genki Terashi / Xin- ...著者: Qiuyan Chen / Christopher T Schafer / Somnath Mukherjee / Kai Wang / Martin Gustavsson / James R Fuller / Katelyn Tepper / Thomas D Lamme / Yasmin Aydin / Parth Agrawal / Genki Terashi / Xin-Qiu Yao / Daisuke Kihara / Anthony A Kossiakoff / Tracy M Handel / John J G Tesmer /
要旨: Unique phosphorylation 'barcodes' installed in different regions of an active seven-transmembrane receptor by different G-protein-coupled receptor (GPCR) kinases (GRKs) have been proposed to promote ...Unique phosphorylation 'barcodes' installed in different regions of an active seven-transmembrane receptor by different G-protein-coupled receptor (GPCR) kinases (GRKs) have been proposed to promote distinct cellular outcomes, but it is unclear whether or how arrestins differentially engage these barcodes. Here, to address this, we developed an antigen-binding fragment (Fab7) that recognizes both active arrestin2 (β-arrestin1) and arrestin3 (β-arrestin2) without interacting with bound receptor polypeptides. We used Fab7 to determine the structures of both arrestins in complex with atypical chemokine receptor 3 (ACKR3) phosphorylated in different regions of its C-terminal tail by either GRK2 or GRK5 (ref. ). The GRK2-phosphorylated ACKR3 resulted in more heterogeneous 'tail-mode' assemblies, whereas phosphorylation by GRK5 resulted in more rigid 'ACKR3-adjacent' assemblies. Unexpectedly, the finger loops of both arrestins engaged the micelle surface rather than the receptor intracellular pocket, with arrestin3 being more dynamic, partly because of its lack of a membrane-anchoring motif. Thus, both the region of the barcode and the arrestin isoform involved can alter the structure and dynamics of GPCR-arrestin complexes, providing a possible mechanistic basis for unique downstream cellular effects, such as the efficiency of chemokine scavenging and the robustness of arrestin binding in ACKR3.
履歴
登録2024年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43277.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43277.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 337.28 Å		1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 337.28 Å		1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 337.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.054 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.126
最小 - 最大-1.2170221 - 1.8153596
平均 (標準偏差)-0.0001849145 (±0.019624734)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 337.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43277_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43277_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3

全体名称: human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3
要素
  • 複合体: human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3
    • タンパク質・ペプチド: Fab7 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab7 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Atypical chemokine receptor 3
    • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-2

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超分子 #1: human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3

超分子名称: human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Fab7 heavy chain

分子名称: Fab7 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.720758 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSSSYIHWV RQAPGKGLEW VASISSYYGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARKSMYHRGW GWLSWVYGAM DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSSSYIHWV RQAPGKGLEW VASISSYYGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARKSMYHRGW GWLSWVYGAM DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT HT

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分子 #2: Fab7 light chain

分子名称: Fab7 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.471031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSYYYPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSYYYPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #3: Atypical chemokine receptor 3

分子名称: Atypical chemokine receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.356367 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GAPDLHLFDY SEPGNFSDIS WPCNSSDCIV VDTVMCPNMP NKSVLLYTLS FIYIFIFVIG MIANSVVVWV NIQAKTTGYD THCYILNLA IADLWVVLTI PVWVVSLVQH NQWPMGELTC KVTHLIFSIN LFGSIFFLTC MSVDRYLSIT YFTNTPSSRK K MVRRVVCI ...文字列:
GAPDLHLFDY SEPGNFSDIS WPCNSSDCIV VDTVMCPNMP NKSVLLYTLS FIYIFIFVIG MIANSVVVWV NIQAKTTGYD THCYILNLA IADLWVVLTI PVWVVSLVQH NQWPMGELTC KVTHLIFSIN LFGSIFFLTC MSVDRYLSIT YFTNTPSSRK K MVRRVVCI LVWLLAFCVS LPDTYYLKTV TSASNNETYC RSFYPEHSIK EWLIGMELVS VVLGFAVPFS IIAVFYFLLA RA ISASSDQ EKHSSRKIIF SYVVVFLVCW LPYHVAVLLD IFSILHYIPF TCRLEHALFT ALHVTQCLSL VHCCVNPVLY SFI NRNYRY ELMKAFIFKY SAK(TPO)GL(TPO)KLI DASRVSETEY SALEQSTKGR PLEVLFQGPH HHHHHHHHHD YKDDDD K

UniProtKB: Atypical chemokine receptor 3

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分子 #4: Beta-arrestin-2

分子名称: Beta-arrestin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 44.863176 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGEKPGTRVF KKSSPNCKLT VYLGKRDFVD HLDKVDPVDG VVLVDPDYLK DRKVFVTLTC AFRYGREDLD VLGLSFRKDL FIANYQAFP PTPNPPRPPT RLQERLLRKL GQHAHPFFFT IPQNLPCSVT LQPGPEDTGK ACGVDFEIRA FCAKSLEEKS H KRNSVRLV ...文字列:
MGEKPGTRVF KKSSPNCKLT VYLGKRDFVD HLDKVDPVDG VVLVDPDYLK DRKVFVTLTC AFRYGREDLD VLGLSFRKDL FIANYQAFP PTPNPPRPPT RLQERLLRKL GQHAHPFFFT IPQNLPCSVT LQPGPEDTGK ACGVDFEIRA FCAKSLEEKS H KRNSVRLV IRKVQFAPEK PGPQPSAETT RHFLMSDRSL HLEASLDKEL YYHGEPLNVN VHVTNNSTKT VKKIKVSVRQ YA DICLFST AQYKCPVAQV EQDDQVSPSS TFCKVYTITP LLSNNREKRG LALDGKLKHE DTNLASSTIV KEGANKEVLG ILV SYRVKV KLVVSRGGLL GDLASSDVSV ELPFVLMHPK PHDHIALPRP QSAVPETDAP VDTNLIEFET NYATDDDIVF EDFA

UniProtKB: Beta-arrestin-2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 214953
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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