[日本語] English
万見
- EMDB-47700: ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with arrestin2 and Fab7 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47700
タイトルACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with arrestin2 and Fab7
マップデータ
試料
  • 複合体: human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3
    • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-1
    • タンパク質・ペプチド: SDF-1-beta(3-72)
    • タンパク質・ペプチド: Fab7 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab7 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Atypical chemokine receptor 3
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードcomplex / GPCR / arrestin / signaling / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / oculomotor nerve development / MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / regulation of actin polymerization or depolymerization / telencephalon cell migration ...TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / oculomotor nerve development / MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / regulation of actin polymerization or depolymerization / telencephalon cell migration / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / C-X-C chemokine binding / chemokine receptor binding / response to ultrasound / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / AP-2 adaptor complex binding / Ub-specific processing proteases / clathrin coat of coated pit / clathrin heavy chain binding / CXCR chemokine receptor binding / C-X-C chemokine receptor activity / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of vasculature development / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion / Signaling by ROBO receptors / induction of positive chemotaxis / Clathrin-mediated endocytosis / C-C chemokine receptor activity / integrin activation / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / clathrin-dependent endocytosis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / chemokine-mediated signaling pathway / cellular response to chemokine / C-C chemokine binding / G protein-coupled receptor internalization / acetylcholine receptor binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / inositol hexakisphosphate binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / blood circulation / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / scavenger receptor activity / G alpha (s) signalling events / clathrin binding / positive regulation of calcium ion import / small molecule binding / pseudopodium / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of receptor internalization / negative regulation of Notch signaling pathway / animal organ regeneration / positive regulation of T cell migration / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / vasculogenesis / Nuclear signaling by ERBB4 / coreceptor activity / clathrin-coated pit / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of neuron differentiation / axon guidance / adult locomotory behavior / cell chemotaxis / growth factor activity / G protein-coupled receptor binding / calcium-mediated signaling / defense response / recycling endosome / response to virus / receptor internalization / response to peptide hormone / intracellular calcium ion homeostasis / neuron migration / chemotaxis / integrin binding / protein transport / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / : / G alpha (i) signalling events / angiogenesis / molecular adaptor activity / Estrogen-dependent gene expression / early endosome / response to hypoxia / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Atypical chemokine receptor 3 / : / CXC Chemokine domain / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain ...Atypical chemokine receptor 3 / : / CXC Chemokine domain / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-arrestin-1 / Atypical chemokine receptor 3 / Stromal cell-derived factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chen Q / Fuller J / Tesmer JJG
資金援助 米国, デンマーク, 12件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA254402 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117372 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI161880 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA221289 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA023168 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137505 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL071818 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA023168 米国
Walther Cancer Foundation 米国
The Robertson FoundationIrvington Postdoctoral Fellowship 米国
Villum Fonden00025326 デンマーク
Ralph W. and Grace M. Showalter Research Trust4480108 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ACKR3-arrestin2/3 complexes reveal molecular consequences of GRK-dependent barcoding
著者: Chen Q / Tesmer JJG
履歴
登録2024年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_47700.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47700.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 384 pix.
= 404.736 Å		1.05 Å/pix.
x 384 pix.
= 404.736 Å		1.05 Å/pix.
x 384 pix.
= 404.736 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.054 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.148
最小 - 最大-1.3723519 - 1.9638036
平均 (標準偏差)0.00021634834 (±0.012477437)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 404.73642 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_47700_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_47700_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3

全体名称: human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3
要素
  • 複合体: human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3
    • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-1
    • タンパク質・ペプチド: SDF-1-beta(3-72)
    • タンパク質・ペプチド: Fab7 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab7 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Atypical chemokine receptor 3
  • リガンド: CHOLESTEROL

-
超分子 #1: human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3

超分子名称: human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

-
分子 #1: Beta-arrestin-1

分子名称: Beta-arrestin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 47.055469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVEPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTCA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPCSVTL QPGPEDTGKA CGVDYEVKAF CAENLEEKIH K RNSVRLVI ...文字列:
MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVEPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTCA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPCSVTL QPGPEDTGKA CGVDYEVKAF CAENLEEKIH K RNSVRLVI RKVQYAPERP GPQPTAETTR QFLMSDKPLH LEASLDKEIY YHGEPISVNV HVTNNTNKTV KKIKISVRQY AD ICLFNTA QYKCPVAMEE ADDTVAPSST FCKVYTLTPF LANNREKRGL ALDGKLKHED TNLASSTLLR EGANREILGI IVS YKVKVK LVVSRGGLLG DLASSDVAVE LPFTLMHPKP KEEPPHREVP EHETPVDTNL IELDTNDDDA AAEDFARQRL KGMK DDKEE EEDGTGSPRL NDR

UniProtKB: Beta-arrestin-1

-
分子 #2: SDF-1-beta(3-72)

分子名称: SDF-1-beta(3-72) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.189663 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
LRHQSLSYRC PCRFFESHVA RANVKHLKIL NTPNCALQIV ARLKNNNRQV CIDPKLKWIQ EYLEKALNK

UniProtKB: Stromal cell-derived factor 1

-
分子 #3: Fab7 heavy chain

分子名称: Fab7 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.720758 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSSSYIHWV RQAPGKGLEW VASISSYYGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARKSMYHRGW GWLSWVYGAM DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSSSYIHWV RQAPGKGLEW VASISSYYGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARKSMYHRGW GWLSWVYGAM DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT HT

-
分子 #4: Fab7 light chain

分子名称: Fab7 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.471031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSYYYPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSYYYPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

-
分子 #5: Atypical chemokine receptor 3

分子名称: Atypical chemokine receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.356367 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GAPDLHLFDY SEPGNFSDIS WPCNSSDCIV VDTVMCPNMP NKSVLLYTLS FIYIFIFVIG MIANSVVVWV NIQAKTTGYD THCYILNLA IADLWVVLTI PVWVVSLVQH NQWPMGELTC KVTHLIFSIN LFGSIFFLTC MSVDRYLSIT YFTNTPSSRK K MVRRVVCI ...文字列:
GAPDLHLFDY SEPGNFSDIS WPCNSSDCIV VDTVMCPNMP NKSVLLYTLS FIYIFIFVIG MIANSVVVWV NIQAKTTGYD THCYILNLA IADLWVVLTI PVWVVSLVQH NQWPMGELTC KVTHLIFSIN LFGSIFFLTC MSVDRYLSIT YFTNTPSSRK K MVRRVVCI LVWLLAFCVS LPDTYYLKTV TSASNNETYC RSFYPEHSIK EWLIGMELVS VVLGFAVPFS IIAVFYFLLA RA ISASSDQ EKHSSRKIIF SYVVVFLVCW LPYHVAVLLD IFSILHYIPF TCRLEHALFT ALHVTQCLSL VHCCVNPVLY SFI NRNYRY ELMKAFIFKY SAK(TPO)GL(TPO)KLI DASRVSETEY SALEQSTKGR PLEVLFQGPH HHHHHHHHHD YKDDDD K

UniProtKB: Atypical chemokine receptor 3

-
分子 #6: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 104555
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る