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- EMDB-43238: NPM2-H1.8 isolated from Xenopus egg extract -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43238
タイトルNPM2-H1.8 isolated from Xenopus egg extract
マップデータ
試料
  • 細胞: NPM2 complexed with H1.8
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoplasmin isoform X1
キーワードH1 / Xenopus egg extract / MagIC-cryo-EM / Histone chaperone / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


single fertilization / positive regulation of DNA replication / histone binding / chromatin remodeling / chromatin binding / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoplasmin core domain / Nucleoplasmin core domain superfamily / Nucleoplasmin/nucleophosmin domain / Nucleoplasmin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoplasmin isoform X1
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Arimura Y / Funabiki H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: MagIC-Cryo-EM, structural determination on magnetic beads for scarce macromolecules in heterogeneous samples.
著者: Yasuhiro Arimura / Hide A Konishi / Hironori Funabiki /
要旨: Cryo-EM single-particle analyses typically require target macromolecule concentration at 0.05~5.0 mg/ml, which is often difficult to achieve. Here, we devise netic solation and oncentration (MagIC)- ...Cryo-EM single-particle analyses typically require target macromolecule concentration at 0.05~5.0 mg/ml, which is often difficult to achieve. Here, we devise netic solation and oncentration (MagIC)-cryo-EM, a technique enabling direct structural analysis of targets captured on magnetic beads, thereby reducing the targets' concentration requirement to <0.0005 mg/mL. Adapting MagIC-cryo-EM to a Chromatin Immunoprecipitation protocol, we characterized structural variations of the linker histone H1.8-associated nucleosomes that were isolated from interphase and metaphase chromosomes in egg extract. Combining plicated election o xclude ubbish particles (DuSTER), a particle curation method that excludes low signal-to-noise ratio particles, we also resolved the 3D cryo-EM structures of nucleoplasmin NPM2 co-isolated with the linker histone H1.8 and revealed distinct open and closed structural variants. Our study demonstrates the utility of MagIC-cryo-EM for structural analysis of scarce macromolecules in heterogeneous samples and provides structural insights into the cell cycle-regulation of H1.8 association to nucleosomes.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: MagIC-Cryo-EM: Structural determination on magnetic beads for scarce macromolecules in heterogeneous samples
著者: Arimura Y / Konishi HA / Funabiki H
履歴
登録2024年1月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43238.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43238.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 19.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 172 pix.
= 185.76 Å		1.08 Å/pix.
x 172 pix.
= 185.76 Å		1.08 Å/pix.
x 172 pix.
= 185.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.06731387 - 0.37438715
平均 (標準偏差)0.0006285855 (±0.012908843)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ172172172
Spacing172172172
セルA=B=C: 185.76001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_43238_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43238_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43238_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NPM2 complexed with H1.8

全体名称: NPM2 complexed with H1.8
要素
  • 細胞: NPM2 complexed with H1.8
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoplasmin isoform X1

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超分子 #1: NPM2 complexed with H1.8

超分子名称: NPM2 complexed with H1.8 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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分子 #1: Nucleoplasmin isoform X1

分子名称: Nucleoplasmin isoform X1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 21.949467 KDa
配列文字列: MASTVSNTSK LEKPVSLIWG CELNEQNKTF EFKVEDDEEK CEHQLALRTV CLGDKAKDEF HIVEIVTQEE GAEKSVPIAT LKPSILPMA TMVGIELTPP VTFRLKAGSG PLYISGQHVA MEEDYSWAEE EDEGEAEGEE EEEEEEDQES PPKAVKRPAA T KKAGQAKK ...文字列:
MASTVSNTSK LEKPVSLIWG CELNEQNKTF EFKVEDDEEK CEHQLALRTV CLGDKAKDEF HIVEIVTQEE GAEKSVPIAT LKPSILPMA TMVGIELTPP VTFRLKAGSG PLYISGQHVA MEEDYSWAEE EDEGEAEGEE EEEEEEDQES PPKAVKRPAA T KKAGQAKK KLDKEDESSE EDSPTKKGKG AGRGRKPAAK K

UniProtKB: Nucleoplasmin isoform X1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 10mM HEPES-KOH (pH 7.4), 30 mM KCl, 1 mM EGTA, 10 ng/microL leupeptin, 10 ng/microL pepstatin, 10 ng/microL chymostatin, 1 mM sodium butyrate, 1 mM beta-glycerophosphate, trehalose, and 1,6-hexanediol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE
詳細: The grid was incubated on the 40 x 20 mm N52 neodymium disc magnets for 5 minutes and vitrified using the Vitrobot Mark IV (FEI) with a 2-second blotting time at room temperature under 100% humidity conditions.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 45.3 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 51.92 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 92428
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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