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万見
- PDB-8vhj: NPM2-H1.8 isolated from Xenopus egg extract (Bent form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vhj
タイトルNPM2-H1.8 isolated from Xenopus egg extract (Bent form)
要素Nucleoplasmin isoform X1
キーワードCHAPERONE / H1 / Xenopus egg extract / MagIC-cryo-EM / Histone chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


single fertilization / positive regulation of DNA replication / histone binding / chromatin remodeling / chromatin binding / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoplasmin core domain / Nucleoplasmin core domain superfamily / Nucleoplasmin/nucleophosmin domain / Nucleoplasmin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Arimura, Y. / Funabiki, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM132111 米国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: MagIC-Cryo-EM, structural determination on magnetic beads for scarce macromolecules in heterogeneous samples.
著者: Yasuhiro Arimura / Hide A Konishi / Hironori Funabiki /
要旨: Cryo-EM single-particle analyses typically require target macromolecule concentration at 0.05~5.0 mg/ml, which is often difficult to achieve. Here, we devise netic solation and oncentration (MagIC)- ...Cryo-EM single-particle analyses typically require target macromolecule concentration at 0.05~5.0 mg/ml, which is often difficult to achieve. Here, we devise netic solation and oncentration (MagIC)-cryo-EM, a technique enabling direct structural analysis of targets captured on magnetic beads, thereby reducing the targets' concentration requirement to <0.0005 mg/mL. Adapting MagIC-cryo-EM to a Chromatin Immunoprecipitation protocol, we characterized structural variations of the linker histone H1.8-associated nucleosomes that were isolated from interphase and metaphase chromosomes in egg extract. Combining plicated election o xclude ubbish particles (DuSTER), a particle curation method that excludes low signal-to-noise ratio particles, we also resolved the 3D cryo-EM structures of nucleoplasmin NPM2 co-isolated with the linker histone H1.8 and revealed distinct open and closed structural variants. Our study demonstrates the utility of MagIC-cryo-EM for structural analysis of scarce macromolecules in heterogeneous samples and provides structural insights into the cell cycle-regulation of H1.8 association to nucleosomes.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: MagIC-Cryo-EM: Structural determination on magnetic beads for scarce macromolecules in heterogeneous samples
著者: Arimura, Y. / Konishi, H.A. / Funabiki, H.
履歴
登録2024年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月11日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月4日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / em_software
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoplasmin isoform X1
B: Nucleoplasmin isoform X1
C: Nucleoplasmin isoform X1
D: Nucleoplasmin isoform X1
E: Nucleoplasmin isoform X1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,7475
ポリマ－109,7475
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Nucleoplasmin isoform X1


分子量: 21949.467 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: A0A1L8H245
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NPM2 complexed with H1.8 / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
緩衝液pH: 7.4
詳細: 10mM HEPES-KOH (pH 7.4), 30 mM KCl, 1 mM EGTA, 10 ng/microL leupeptin, 10 ng/microL pepstatin, 10 ng/microL chymostatin, 1 mM sodium butyrate, 1 mM beta-glycerophosphate, trehalose, and 1,6-hexanediol
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1145.3GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
2151.92GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
8PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC4.4初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.4最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.4３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35684 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0034395
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7215945
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.019565
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.049685
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.008770

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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